（1）正确处理好村委会与村党支部的关系 在现实生活中，有两种错误倾向应当纠正：①有的村委会不能自觉接受村党支部的领导，把村民委员会引导民主自治同党支部的政治领导和保障作用对立起来（过分自治化）。②各种村级组织的权力过分集中到党支部，村委会和村民会议的自治权力实际上被悬空（附属行政化）。由于村党支部与村委会是性质不同的而又共同存在于各村的两种组织，因而要在职责上分开，各司其职，各负其责。在村民自治、村级民主管理中，村党支部对村委会应是在政治上、思想上和重大问题、重大环节上进行领导，而不是包办代替、取而代之。同时，村委会应主动接受村党支部的领导，凡是关系到村民切身利益的大事，都要向党支部报告，以得到党支部的支持。该由党支部组织的工作，就以党支部的名义，通过党员的先锋模范作用，带领群众去实施；该由村委会组织的工作，就以村委会的名义，运用村委会的职权，组织村民去完成。另外，近几年来，各地注重在村级组织换届选举中提倡村委会和村党支部成员交叉任职，取得了较好的成效。两委交叉任职，特别是村支书参加村主任选举的深刻意义在于，不仅进一步稳固了农村基层党组织的权威基础，而且对农村基层民主自治也将产生影响。
（2）正确处理好村委会与乡镇政府的关系 当前，有两个问题值得注意：①乡镇政府的侵权行为，对本属于民主自治范围的事项采取行政手段横加干预，把“指导”变成了“领导”。②村委会片面理解民主自治，不服从乡镇领导的指导，不协助乡镇完成国家任务。《村民委员会组织法》规定乡镇政府与村委会之间应当是指导与协助的关系，而不是领导与被领导的关系。因而，乡镇政府应当用政策、法律手段指导村委会的工作，但不得干预依法属于民主自治范围内的事情，村委会则要在上级政府的指导下，积极协助乡镇政府开展工作，在本村落实国家的方针政策和各项任务。
（3）正确处理好村委会与村集体经济组织的关系 当前，少数村委会将自治组织混同于经济组织，取代集体经济组织的基本职能。《村民委员会组织法》规定，村民委员会应当尊重集体经济组织依法独立进行经济活动的自主权。村集体经济组织是独立的法人实体，村委会作为自治组织，毕竟不是经济组织，不便从事经营活动，村里的经营活动应当由集体经济组织依法独立地进行，村委会应当“尊重”“保障”。目前，一些村党支部、村委会、村集体经济组织实际上是一套人马，但应依法行事，该以具有法人资格的集体经济组织名义出面的事，党支部和村委会都不可越俎代庖。随着社会主义市场经济的发展，经济活动的主体应当是各种经济法人，集体经济组织应当健全制度、取得法人地位，承担应有的经济职能和责任，充分发挥其生产服务、协调管理、资金积累、资源开发等职能作用。
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