从文献《管子·水地》中可见，五行学说最早进入医学与五脏的粗略对应，至《吕氏春秋·十二纪》有更详尽注释。直到《素问·金匮真言论》问世，五行五脏的对应配置关系才算定型，并一直沿用至今，说明了五行学说的发展有一个过程。虽然五行之说进入医学甚早，但它被实际运用，大约在《金匮真言论》成篇之时。
章太炎曾诟病中医的五行说，从《尚书》与《黄帝内经》的五行对应五脏都有不同，得出中国的五行说错误百出，中医所依赖之理论不足为信的结果。章太炎虽为国学大师，也有其无知之处。要知道事物都是发展变化的，五行理论也有个发展完善的过程，即使是《黄帝内经》，开始于战国时期，成书于西汉年间，不同的作者，前后时期的理论仍有不同，更何况《尚书》始于周朝，成书于战国时期，与《黄帝内经》相距千年以上，有点发展变化才是正常的。
《尚书》中的五行配五脏还处于对世界、对人体认识的初始萌芽状态，是对事物认知的表面看法。《尚书》并不是一部医书，而是一部史书，一部以史载道载德的书，所以《尚书》以此言道并不为过。《尚书》的五行对应五脏关系从方位出发：
肝脏木：木星身体的东方也即左侧，古人取他视图，我们现在的右侧就是古人的左侧。肝居体左为东方，故取木行。
心脏土：土星身体的中央。
脾脏金：金星身体的西方也即右侧，古人取他视图，我们的左侧就是古人的右侧，脾靠体右故为西方，取金行。
肺脏火：火星身体的南方，古人以上为南，肺居体上，故为南方，取火行。
肾脏水：水星身体的北方，古人以下为北，肾居五脏最下，故为北方，取水行。
《黄帝内经》的五行配五脏已经进入了对事物认知的实质阶段，更注重于医学的对应，主要以五脏的颜色、功能为准则（取自《黄帝内经·金匮真言论》）。
脏器五行星辰五方五谷五畜
肝脏木：木星东方麦子鸡；
心脏火：火星南方糜子羊；
脾脏土：土星中央高粱牛；
肺脏金：金星西方稻米马；
肾脏水：水星北方黄豆猪。
肝脏色青属木色，主条达，主升气，通木性，故五行属木。
心脏色红属火色，主上炎，主热，通火性，故五行属火。
脾脏色黄属土色，主运化，主升清降浊，养其他四脏，母脏也，母为坤土，通土性，故五行属土。
肺脏色白属金色，主肃杀，主降气，通金性，故五行属金。
肾脏色黑属水色，主通条水道，主运水，通水性，故五行属水。
古人观察到：肝的汁液、胆汁，颜色发绿，肝、胆古人认为是一体，肝脏本体发紫色，古人把紫色、绿色归为蓝色，即青色。总是愤怒可使肝脏受伤，而酸味药草多可安神定智，平消愤怒。得了肝病、黄疸病，眼睛会最先发黄，肝对眼睛的影响大，所以肝开窍于目（现在人都说肝是储存维生素A最多的地方，如果得了雀目，只要吃一些鱼肝油就会好转，因为维生素A会帮助视网膜内的杆体细胞看到夜晚的微光）。青色，酸味，主怒，都是属于东方木，所以肝对应东方木。
心脏色红，寒凉的气候对心脏不利，温热利于血液循环，但太热则使伤害血脉，用寒可以抑制。味苦的药草对心脏的影响最大。红色，苦味，温热，属南方火，所以心脏对应南方火。
脾（包含现代的胰），色为土黄色，甜味食物对脾的影响最大，但也最易伤害脾胃（我们都知道，饥饿、疲劳时，吃一点糖可迅速缓解不适，但吃多则易得糖尿病）。酸味药物可以帮助抑制甜食对脾胃造成的伤害。黄色，甘味，属中央土，所以脾对应中央土。
肺是白色的，辛味药可治疗肺病，对肺的影响最大，服食太多辛辣之品也可伤及肺气，损及皮毛。白色、辛味等属西方金，所以肺对应西方金。
肾是颜色最深的脏器，偏于黑色。恐惧、战栗与肾脏有关（人体在寒冷环境或恐惧时，轻轻战栗，肾上腺素则成倍增加，肾上腺在古人同时归纳为肾脏功能的一部分）。咸味对肾功能的影响最大（盐吃多了易患肾性高血压、钠潴留等问题）。黑色，恐惧，战栗，属北方水，所以肾对应北方水。
以上这些就是《黄帝内经》中五脏对应五行的排列来源与根据，可以看出，《尚书》和《黄帝内经》的五脏排列都不是错误的，只是由所对应的相关内容决定的，偏重有所不同。
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