刘师培作为经学大师，在继承《左氏》家学的同时，善于把近代西方社会科学研究方法和成果，吸收到中国传统文化研究中来，开拓了传统文化研究的新境界，成果很多。他运用进化论思想研究古代社会生活的《论小学与社会学之关系》、《读书随笔》、《国学发微》、《小学发微补》等，具有开创意义；关于《左传》的研究成果，有《春秋左氏传古例诠征》、《春秋左氏传例略》、《春秋左氏传答问》、《春秋左氏传时月日古例考》、《读左札记》等。他研究《周礼》所著的《周礼古注集疏》、《礼经旧说考略》、《逸礼考》以及《古书疑义举例补》、《论文札记》等，都有较高的学术地位。
在日本时，他与章太炎（字枚叔）齐名，当时有“二叔”的说法。他在北京大学时编的《中国中古文学史》讲义，鲁迅先生在1928年时说：“我看过的已刊的书（指中国文学史一类），无一册好。只有刘申叔的《中古文学史》倒要算好的，可惜错字太多。”在《魏晋风度及文章与药及酒之关系》的著名演讲中，鲁迅推荐说：“研究那时的文学，现在较为容易了，因为已经有人做过工作……辑录这时代文学讲座有刘师培的《中国中古文学史》……对于我们的研究有很大的帮助。”同时声明：“我今天所讲，倘若刘先生的书里已详的，我就略一点；反之，刘先生所略的，我就详一点。”
刘师培对清初汤斌等人的伪道学也有清醒的认识，使这些以道学之名博取显宦名位的伎俩曝露于阳光之下：清初汤斌、陆陇其“以伪行宋学”，而“配享仲尼”，从此“伪学之风昌”，把理学称为“伪学”，还预备专门立有“学案”；魏象枢、李光地等人，“鬻道于虏，炫宠弋荣”；阎若璩、胡渭、毛奇龄，“以博学自鸣”，投靠清廷，“行尤卑”；段玉裁、洪亮吉、孙星衍入仕“以贪黩名”、“嗜利若渴”。
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