上海生物信息技术研究中心

上海生物信息技术研究中心成立于2002年，隶属于上海科学院，是由上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等11家科研单位，整合上海生物信息学主要研究力量投入1140万元资金，正式组建了上海生物信息技术研究中心（以下简称“中心”）。中心是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的，专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位，是上海市生物信息学会的依托单位。2006年成立博士后科研工作站。

中心旨在开展和促进生物信息技术领域的原始性创新研究，建立具有广泛应用前景和国际先进水平的生物信息分析、数据挖掘和知识发现的技术体系，促进上海乃至全国生命科学、生物技术和生物医药产业的发展。

中心的主要任务包括生物信息资源的收集和管理服务、生物信息学研究、技术开发、学术交流和人才培养等几个主要方面。中心要迅速建立起包括国际、国内主要生物信息资源数据库在内的整合的数据库体系并建立技术标准，建立起可操作的生物信息资源共享机制和国际、国内合作渠道；建立和不断完善基因组功能注释、生物芯片数据分析、蛋白质组数据分析、人类疾病、农作物抗逆和品质相关基因的高通量生物信息学筛选技术体系，形成相应的生物信息数据挖掘和技术开发能力，建立起生物信息学研究和应用人才的培训基地，为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术服务，为推动社会经济可持续发展做出贡献。

优秀的人才队伍的建设，是中心一项长期坚持的措施。中心不断吸引各方高级人才加入到人才队伍中，同时也非常重视培养中心内部的人才。目前是一个有70余人组成的大家庭，由生物信息研发服务事业部、数据库开发与应用事业部、生物医学转化服务事业部、医学信息研发服务事业部、药物转化创新中心、上海药物转化工程技术研究中心、现代养老设计中心和综合办公室组成。课题组研究方向包括功能基因组学、系统生物学、应用医学、医学信息学、进化基因组学、计算化学、病原基因组学、生物医学转化。

在科研创新方面，中心将科研重点放在功能基因组学、蛋白质组学、系统生物学、应用医学等生物信息学发展的最前沿，承担了大量的国家科研项目。截止至2015年12月，中心已结题项目共95项，其中国家级项目36项，上海市项目59项；中心在研项目共24项，其中国家项目20项，上海市项目4项。

目前，中心已累计申请专利23项，获得专利10项；获得软件著作权117项；中心科研人员在国内外SCI收录的知名学术期刊上发表400余篇研究论文，包括Nature、Nature Genetics、Nature Biotechnology、Science、PNAS、MCP、Oncogene、JBC、JTB、Molecular Systems Biology、PLoS Computational Biology、Bioinformatics、BMC Bioinformatics等，总影响因子超过900。

随着基因组学技术的发展，中心建立了新一代测序技术平台，包含Roche 454， Illumina HiSeq 2000/2500，Illumina MiSeq，ABI Ion PGM等测序系统，能够开展新基因组测序（de novo sequencing）、基因组重测序（re-sequencing）、靶向测序（targeted sequencing）、甲基化测序（Methyl-Seq）、转录因子结合位点测序（ChIP-Seq）、全转录组测序（RNA-Seq）、miRNA测序（miRNA-Seq）等实验和数据分析。中心在系统建模、定量组学数据获取、分析、数据整合及其相互作用网络分析技术平台建设方面已经有了很多重要的研究成果。在蛋白质组学研究、细胞信号转导研究等多个领域研究达到了国际先进水平，在系统生物学和生物信息学研究方面也取得国内外瞩目的研究成果。