清代是西双版纳普洱茶的又一繁荣兴盛时期。康熙年间，普洱茶列为贡茶进入京城皇宫，同时还大量运销海内外，赢得了普遍的赞誉。阮福在《普洱茶记》（公元1825年后）有“普洱茶名遍天下，味最酽，京师尤重之”的记载，足见当时普洱茶已获得了较高的声誉和地位。藏销普洱茶也在清代、民国时期达到高潮。由于西双版纳普洱茶滋味浓醇回甘，香高耐泡，非常适合藏族同胞的口味。藏胞长期饮用，形成对西双版纳普洱茶的偏爱，因此有“藏人非车（里）佛（海）茶不过瘾”之说。据清康熙年间（公元1662～1722年）刘健《庭闻录》记载，清顺治十八年（公元1661年）3月，达赖喇嘛干都台吉曾派使节于北胜（今云南永胜）市茶。10月，北胜辟为茶市，当年入藏普洱茶达1500t。康熙四年（公元1665年），清政府正式在北胜州设立茶马市，1668年又移茶马市到丽江，藏商马帮必须到丽江购买“茶引”后方可进入西双版纳等普洱茶区购买普洱茶。从康熙到咸丰年间，历时200年左右，藏销普洱茶每年均在1000t以上，最高达2500t之多。清末虽然一度减少到200多t，但到了民国时期，由于从勐海经缅印到西藏运输线路的开通，藏销普洱茶恢复到每年1000～2000t。清代及民国时期，普洱茶还经越南或缅甸运销到中国香港及东南亚国家，每年在300～500多t，也受到了各地侨胞的普遍喜爱。
运销的繁荣又反过来促进生产的进一步发展。清代中期，普洱茶年产量达3000～4000t，出产普洱茶的古六大茶山也发展到了“周八百里，入山作茶者数十万人”的规模，普洱茶成了茶区各族人民经济收入的主要来源。随着普洱茶加工技术的不断普及、提高，出现了易武、倚邦的七子饼茶一大批普洱茶精品。
然而，清末年间，由于战争、疾病及地方治安混乱等诸多因素的影响，西双版纳通往内地及西藏的茶马古道运输不畅，普洱贡茶因途中屡遭匪徒挡抢，普洱贡茶被迫取消，藏销普洱茶也逐渐减少，每年运销量仅200多t，不足繁荣时期高峰年份的1/10，仅有侨销普洱茶还基本稳定在300～500多t。普洱茶的产量到清末已下降到每年1000t左右，不足清代中期年产量的1/3。普洱茶生产出现了锐减甚至停滞的趋势，各大茶山也逐步走向衰落。
民国时期，由于藏区及海外侨胞对普洱茶需求的稳定增长，特别是1921年开通从勐海经缅甸、印度到西藏的运输线路之后，有充足原料的勐海茶庄如雨后春笋般涌现，以及国办的云南省思普区茶业试验场和中茶公司佛海实验茶厂的建立，民国时期的勐海已发展成为普洱茶的原料中心、加工中心和集散贸易中心，一度助推了普洱茶生产的恢复发展，民国前期恢复到2000～3000多t。然而好景不长，一方面由于1935年后法国人禁止普洱茶运往法国控管的老挝、越南，使易武、倚邦等地的普洱茶无法销往中国香港及东南亚国家。另一更为严重的问题是，1941年12月太平洋战争爆发，使勐海乃至整个西双版纳的普洱茶经缅、印销藏的线路及侨销线路完全中断，仅有少量普洱茶经滇藏茶马古道运进西藏。抗日战争胜利后，普洱茶的生产及运销曾有少量恢复，但至1950年，西双版纳境内茶叶采摘面积仅为1000hm2，干毛茶产量仅250多t。
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