（一）茶农保护意识淡薄，管理粗放
古茶树一般都分布在少数民族山区，茶农对古茶树的管护意识不强，缺乏古茶树管护技术，加上山区经济发展相对滞后，茶园投入不足，一般都是只采不管，导致部分古茶树因肥力不足而衰老，产量、品质降低，有的因其他生物的危害而死亡。有些茶农虽有一定的保护意识，对古茶树也进行了一些管理，但由于管理技术措施不科学，起到了负面作用。
（二）不合理采摘，衰退严重
由于古树茶的品质一般较优，近年来人们对古树茶的追捧，业内对古茶普洱茶的非理性炒作，导致古树茶价格一路攀升。有的茶农为了眼前利益，对古茶树实行掠夺式采摘，出现圈地围树、搭棚建房、砍修古茶树、截顶砍倒野生古茶树，过度甚至毁灭性采摘；有的受商家误导，过分追求“生态”，对古茶园进行粗放管理，“重产出、不补给”导致古茶树营养失调、生机严重衰退。
（三）原生境遭到破坏
近年来，由于人们对古树普洱茶趋之若鹜，大量人群涌向古茶山，开展参观古茶园、购买古树茶等活动，对古茶园的生态环境造成破坏。还有一些所谓的认养保护行为，在古茶树旁或古茶园内建亭立碑；更有甚者，对古茶园的其他树进行砍伐，以提高茶树的短期高产出，致使古茶树的原有生态环境遭到破坏，生物种群数量减少，如1951年发现的南糯山大茶树的死亡就是沉痛的例证。
（四）缺乏资金保障，管护政策未得到落实
于2012年11月28日西双版纳州人民政府批准了《古茶树保护条例》和《古茶树保护条例实施办法》。然而古茶资源保护涉及林业、农业等部门，生产性古茶园由茶农分散管理，加之缺少稳定有力的资金支持等因素，致使在贯彻执行上难以到位，宣传、保护、培训、执法力度不够，保护措施难以落实。
（五）相关配套措施不健全
《古茶树资源管护技术规范》还在研究制定中，许多乡镇、村寨还未把古茶树资源保护纳入村规民约，相关部门联动机制还需完善等等。
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