1943年，李政道考上了浙江大学物理系，开始了他的大学生活。
由于上海、南京先后失守，杭州也危在旦夕，在竺可桢校长带领下，浙江大学被迫四处迁移，浙大理学院迁到了贵州湄潭。年仅17岁的李政道，带着简单的行装来到了湄潭。当时的湄潭“天无三日晴，地无三里平，人无三分银”。学校条件很差，在这里，李政道开始接触了一些国际知名的物理学家，如王淦昌、束星北等。当时的学习条件很差，没有课本，没有实验仪器，有的课程难以完成教学任务。王淦昌先生在教法上灵活多变，启发诱导，重点问题反复讲解，板书尽量详细些，以便学生记笔记。在练习中采用抽签答题，不断激发学生们的学习兴趣，提高学生们的听课效果。
在这样艰苦的环境里，李政道和同学们学习热情仍然很高。当时的教室和宿舍都设在会馆里，学生连个看书的地方也没有，李政道便和同学们一起到茶馆里去，泡上一杯茶，买上一个座位，目的是能在那里看上一天书。时间一长，老板也知道了这些孩子们的苦楚，有时也来和学生们聊聊天，多加点热茶。正是在浙大理学院时，李政道开始接触了量子力学、狄拉克方程、光谱精细结构、中微子实验和理论物理等前沿问题。在李政道的心灵里开始种下了偏爱物理问题的种子。
一年以后，李政道慕名转入当时国内师资力量最强的昆明国立西南联大继续学习。在当时的联大，实验仪器不足，实验材料也不足和不纯，学生只能学习实验的方法和步骤。回忆起联大的学习生活，李政道经常风趣地说：“看来我只能做理论物理工作了。”学校图书奇缺，学生借书往往要排很长的队，常常形成抢书风，图书馆的大门屡遭挤破。许多学生因抢借参考书或过期不还而受记过处分。尽管当时的学生生活和学习条件都很艰苦，但学生们的学习风气很浓，学校有严谨的治学措施，严格的考试制度。
正是在西南联大期间，李政道初次结识了杨振宁。此时，杨振宁已经毕业，正在联大附中教书。在吴大猷先生处，他们常常碰见，彼此还算熟悉。抗日战争时期的西南联大，是日后许多驰名中外的著名科学家的母校，李政道曾感慨地说：“就在那样艰苦的条件下，还造就了许多人才。数学、物理、化学界都有，杨振宁、朱光亚、唐敖庆和我，都是在那个时候培养出来的，看来最重要的是人，而不是条件。”
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