两岸能源合作的机制设计需依托ECFA等一系列协议的落实，进一步商定“两岸能源合作协议”的框架和机制安排。
经由ECFA的框架达成能源合作专项协议的方式，必须注意以下问题：首先，ECFA属于框架性的协议，除早期收获计划外，尚不涉及具体内容。因此，两岸能源合作进程与推进尚待后续性协商的开展，能否顺利推进受到两岸关系发展的实质性的影响。其次，ECFA在性质上属于自由贸易区（FTA），但考虑到两岸关系的特殊性及两岸经济合作的实际需要，对名称与协议内容进行了相应的调整。因此，如何使之符合WTO的规范，达到既能够惠及台湾全体民众和弱势产业，又有利于促进两岸经济合作的深化与合作领域的延伸，这方面的举措与政策实施尚待进一步的完善和发展。基于ECFA作为蓝本设计两岸能源合作框架协议必须提早关注上述问题。再有，ECFA是建构在两岸互信基础上的，不仅是规范两岸经济一体化关系发展的主要载体，也承载着促进和推动两岸关系发展的功能。因此，必须立足于建立两岸“和平发展”框架的角度来规划和处理ECFA，才能使之发挥真正的作用。两岸能源合作不仅涉及经贸更涉及安全，两岸“和平发展”的广度和深度必将直接影响到未来能源合作的成败。
2）设计全方位合作的“两岸能源合作协议”
两岸能源合作的成败必须以制度化安排为关键，才能经由合理高效的机制设计开创稳定而高效的合作平台，进而保障两岸能源合作的广度、深度及可持续性。可在框架协议的基础上，通过下述各个实际议题的会商，循序渐进地完成两岸全方位能源战略合作的综合机制，并通过5～10年的合作推进促成“两岸能源合作协议”的达成及全面落实。
（1）积极推进以企业为主体的能源合作。
两岸已在能源合作开发勘探方面进行着企业间的合作。在市场经济条件下，作为市场经济的微观基础，按照市场机制要求构建的企业最能够适应市场激烈的竞争要求，其在社会资源的配置方而也最为有效。两岸在能源合作问题上应积极推进以企业为主体的合作，组建以风险共担、收益共享为原则的能源合作企业。这将使适应能源产业化发展方向和市场要求的企业得到蓬勃的发展。对于两岸能源战略合作的机制安排来讲，只需建立符合市场要求的市场机制即可。两岸已经达成的《海峡两岸金融合作协议》、《海峡两岸经济合作框架协议》、《海峡两岸知识产权保护合作协议》、《海峡两岸投资保护与促进协议》、《海峡两岸海关合作协议》以及《海峡两岸服务贸易促进协议》等都属于以市场机制为基础的促进双方经贸投资自由化的规则，只要再明确一下能源议题就可以直接适用。企业合作还可促进两岸在政府合作领域及早达成共识。
（2）建立促进两岸合作开发海上油气资源的撮合机制。
在两岸石油化工经贸合作论坛、两岸能源研讨会的基础上，从信息互通着手，加强沟通和理性分析，充分发挥两岸石油化学工业同业公会的作用，建立撮合机制及合作开发新机制。
（3）成立“两岸东海、南海油气勘探合作开发专区”。
两岸当前最成熟也是最迫切的能源合作在于近海能源勘探开发合作。东海大陆架油储超过100亿t，南海传统海洋疆域内的油气储量则超过275亿t。因此，两岸急需在东海和南海划定合作勘探开发专区。短期内为避免与周边国家在争议海域发生冲突，确保两岸油气开发效率和稳定供给，可在两岸传统海洋疆域内进行合作。两岸应及时掌握全球最新技术及探勘信息，整合两岸及世界最新的勘探开发技术，创造良好的油气探勘合作开发环境，提高勘探的成功率。长远来看，这一开发专区的机制安排还将积极维护我国海洋权益的实现。
对于东海油气构造来讲，东海可划分为三隆二盆五个一级构造单元，即自西而东分别为浙闽隆起区、东海陆架盆地、钓鱼岛隆褶带、冲绳海槽盆地和琉球隆褶区。两岸合作开发东海油气资源，三隆二盆五个一级构造单元都要积极进入。进入浙闽隆起区、东海陆架盆地目的是在现有勘探勘查的基础上尽快获得油气资源；进入钓鱼岛隆褶带、冲绳海槽盆地和琉球隆褶区的目的，除为获得油气资源之外，更为维护中国的海洋权益。为尽快获得油气资源，两岸合作开发东海油气次一级构造单元的选择重点可主要集中于西湖凹陷和基隆凹陷、瓯江凹陷和闽江凹陷、台北凹陷和台东凹陷。
与周边国家在南海形成鲜明对照的是，海峡两岸只在各自附近的浅海海域进行了勘探开发，至今尚未在南沙、西沙进行勘探开发。两岸每年都要从南海周边其他国家进口大量石油。加快合作步伐早日进入南海是当务之急。珠江口、北部湾盆地应成为未来两岸合作勘探开发实现石油储量持续增长的主要地区，南海南部诸盆地应成为石油储量的主要接替区，琼东南盆地北部拗陷带、南海北部深水区的南部应成为石油储量接替区，琼东南盆地、莺歌海盆地应成为天然气储量增长的现实地区，珠江口盆地白云凹陷、琼东南盆地深水区、近海前古近系盆地应成为天然气储量增长的主要接替区。南海蕴藏着潜能巨大的天然气水合物。近几年在南海北部陆缘盆地深水区发现了反射异常的天然气水合物，说明仅在海峡两岸附近海域就有良好的勘探开发前景，是中国天然气勘探的新领域和能源接替的后备战场。海峡两岸面对南海海域油气资源勘探开发的现状，应更加重视天然气水合物的跟踪研究与勘探开发，以寻求在新的能源勘探开发中占得先机。
（4）建立合作争议、风险共担、收益共享等最终处置机制和加快合作进程督导机制。
两岸能源合作必须在勘探开发、贸易、投资、运输等领域建立制度化长效机制。而在经贸领域合作机制中预设纠纷解决平台将能防患于未然，维护两岸合作的可持续性。两岸正在ECFA框架下会商经贸争端解决机制，将来这个机制可以直接用于两岸能源合作中的争端。
（5）建立两岸共同能源市场机制。
为了支持两岸自身能源产业的发展和提高能源的利用效率，两岸可在条件成熟的情况下，建立两岸共同能源市场。在建立两岸共同能源市场方面，作为世贸组织成员，两岸可以在遵守世贸组织基本法律原则的基础上超越世贸组织框架谈判内容，相互提供比世贸组织协议要求更优惠的条件，并最终建立两岸共同能源市场，以加快能源的勘探、开发、投资等进程，同时实现两岸能源的优化配置。这个共同市场对于保证两岸的能源供应安全、促进经济的健康发展具有积极的意义。有关机制设计需要关注如下议题：一是对两岸石油、天然气等能源内部市场的竞争机制进行研究和规划，为逐步全面地开放两岸间的能源市场扫清障碍，直接的目标应该是使两岸消费者都有权自由地选择能源供应商。二是应通过修订和完善能源网络规则，制定共同市场的法规和标准，构建统一的能源网络。第三，加大投资和基础设施的更新换代，加快两岸能源市场的整合。第四，建立两岸能源合作的安全条例和应急机制，实现双方供给平衡、突发事件的紧急救助，为能源市场一体化和自由市场竞争提供可靠的保障。
（6）建立两岸高端能源合作研究基地，谋划长效合作的领域和机制。
建立大陆和台湾高端研究机构的定期机制化的科研合作，并各自积极推进两岸能源研究议题的落实。有关研究包括但不限于：充分研究两岸能源合作所涉及的能源安全问题，规划两岸共享的合理能源供需结构；研究建构两岸互利的能源供应链，增强能源供应弹性，掌握影响能源安全供应的关键因素；研究建立相关的预警机制，保障两岸能源合作在良性轨道上发展；研究规划合理的风险测度、风险应对的风险管理机制，为两岸能源合作搭建高效安全的平台；研究两岸互通的安全存量制度并建立紧急协调和反应的预案。
（7）建立两岸能源信息通报和共享机制。
两岸需要建立通过两岸石油公司全面参与合作的“信息分享机制”来应对能源供需可能面临的威胁。及时的、高质量的信息交换对于两岸能源贸易和安全都至关重要。两岸应建立的信息通报制度包括对非紧急类型的能源供应紧张进行密切监控，以防其演化为重大的危机。需要对石油市场、石油库存和战略储备、全球炼油体系、石油的勘探和新储量的发现等信息进行全面的监控。
（8）拓展和完善两岸能源合作所涉及的周边问题的合作领域。
两岸可以基于合作勘探的合作，继续进行东海、南海海洋科学研究、资源调查、海洋污染防控、环境保护等方面的合作；而后可进行东海、南海油气资源勘探开发、渔业资源开发与管理等方面的资源开发和经济合作以及南海水下考古和文化遗产保护等工作；随着两岸合作的不断深入，可逐步探索海上航行安全、海难救助、联合搜救、联合打击海上犯罪等海上安全合作。
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(1) 《海峡两岸经济合作框架协议》序言第一段中直接以“平等互惠”定义两岸经济合作关系。
(2) 《海峡两岸经济合作框架协议》序言第二段。
(3) 根据1989—1990年中国科学院南海海洋研究所与福建海洋研究所合作开展的台湾海峡西部石油地质地球物理及地球化学调查研究结果表明，台湾海峡石油天然气资源丰富。紧邻福建省的海峡西部有两个北东向的沉积凹陷，和海峡中部的观音隆起、澎北隆起以及海峡东部的新竹凹陷共同构建成规模可观的台西盆地。用生油岩体积法预测台西盆地3个生油凹陷形成的石油资源量为33.2亿t。
(4) 2013年4月26日，中油25日宣布和大陆中国石化集团签订“缅甸陆上D矿区转让相关契约”。这是双方首度合作在缅甸探勘天然气田。
(5) 左峻德、苏美惠，两岸风电产业合作契机，台湾经济研究院。
(6) 目前，中国大陆的风电装机容量已超过5200万kW，规划到2015年达到1亿kW；光伏发电市场规划每年新增装机容量超过500万kW。台湾方面制定实施了“永续能源纲领”，以加快可再生能源开发，计划2030年可再生能源电力总装机容量达到1250万kW。
(7) 根据《财政部2012金太阳项目名录》，“两岸新能源合作海南航天智能微网光伏发电示范项目（一期）”已经获得大陆官方的立项审批。
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