（一）利益导向
武汉城市圈、长株潭城市群两大试验区中的地方政府也承担着发展地方经济和公共利益两项职责。这些地方政府在决策时，同样面临地方利益、私人利益和公共价值的选择。
从地方利益考虑，出于经济发展、改善人们生活的需要，地方政府在决策时，往往会追求眼前的经济利益，即使他们知道也承认环境对于人类发展的价值，但仍然认为环境保护是一种只能在经济发展到一定水平后才考虑进行的事情，加之环境保护效益的非直显性，致使环境对人类的价值很容易被忽略。比如，对于引进污染企业的地方干部来说，他们想到的是农村贫穷落后，乡镇招商引资如此不易，只要企业带动农民致富，地方财政收入增加了，经济发展速度上去了，环境遭受一些污染没有太大问题。因此，对造成的污染常常不是特别用心关注。另外，地方政府部门和官员对于治理农村污染没有动力来源，自然就没有解决环境问题的紧迫感。
从私人利益考虑，地方基层政府的财政困难和官员的腐败，也会促使他们在决策时，倾斜于有污染的企业。农村税费改革以后，虽然规范了农民的税赋，但基层政府税源萎缩，中央财政以及地方财政的上级财政对基层财政的转移支付没有跟上，造成基层财政开支严重不足。为了能够增加财政收入同时不加重农民负担，基层政府和乡镇领导就只能通过引进企业，获得税收并同时解决部分农民的就业问题。然而，这样的情况会导致政府和企业为了各自的利益形成联盟，致使政府和某些官员成为企业污染的保护伞，而企业则为政府提供赋税，从而导致环境的污染和生态的破坏对于农民生存的价值难以受到高度重视。
（二）体制困境
两型社会建设试验区政府管理的体制困境也成为造成农村生态环境问题的政府根源之一。这些体制困境凸显为以下两点。
其一，缺乏一个权威性较高的综合管理机构。2008年，武汉城市圈两型社会建设综合配套改革试验工作领导小组办公室（简称“两型办”），长株潭两型社会建设改革试验区领导协调委员会办公室授牌，行政级别为正厅，湖北省发展改革委员会主任兼“两型办”主任。尽管该机构是一级独立机构，但是在行政级别上与各市同属于正厅机构，再加上“两型办”是一个协调机构，并不能对各市政府相关事务进行直接指导，一旦试验区内各市政府坚持各自的利益立场，协调的有效性必将大打折扣。
其二，地方政府的这种利益选择还与我们国家以经济发展为核心的发展观相关。尽管最近我国已经不再单纯地将GDP的增长作为评价地方政府政绩的标准，两型社会建设试验区更是如此，然而，长期形成的“GDP至上”思维定式仍然成为武汉城市圈、长株潭城市群中不少地方政府的价值观。由于政绩主要来自于能够带来短期效应的大规模投资与显性工程，因此地方政府把大量的投资用于促进当年的GDP增长及那些看得着、有轰动效用的项目上。在追求现实的利益时，包括生态和环境保护在内的价值自然被淹没在短期的利益之下。比如：2009年震惊全国的浏阳市镉污染事件，其发生的主要原因之一就是浏阳市某镇政府为了加快GDP的增长，不顾大多数村民的反对，毅然引进某化工厂，长年所排废水、废渣、粉尘等致使其周围村民饮水受污染、良田遭破坏。
（三）制度缺失
一是两型社会建设试验区域内并未建立战略环境影响评价制度，农村生态环境管理中存在寻租行为。在环境约束制度较为宽松、市场准入环境门槛较低的农村，政府的寻租意识逐渐抬头，开始“睁一只眼、闭一只眼”继续引入高污染、高耗能的企业，允许城市污染企业逐渐转移至农村地区，而企业仍旧秉承“先上车、后买票，先污染、后治理”的原则，继续一边生产，一边排污。而正是由于农村生态环境监管的软约束，致使农户受到激励去采取短期行为，增加使用农业环境的集约度，增加生产利润，追求自身短期利益最大化而偏离社会最优配置目标。
二是农村生态环境管理失灵，主要表现在各级政府组织中存在着一系列管理问题，导致生态环境保护政策无法有效实施，如各种政策在部门之间的协调不足，缺乏确保在农村生产经营过程中实施有关生态环境保护政策的手段或力量等。
二、两型社会建设中农村生态环境问题产生的市场根源
在市场经济条件下的企业，利润最大化是它的最终目标。因此企业在考虑问题时，首先就是企业的经济效益、自身的利益。由于生态环境保护尤其是农村生态环境保护本身是一项公共事业，属于公益性很强、没有投资回报或投资回报率较小的领域，再加之农村聚居点和小城镇市场规模小，其基础设施建设和运行难以进行市场化运作，因此，环境保护事业对社会资金缺乏吸引力。
另外，对已经从城市转移到农村的重污染企业，其目的就是追求利益最大化。如果要求这些企业治理污染，势必加大其成本，降低其利润，这样一来投资者就面临自身利益和他人利益之间价值的选择，为了保住自己的利益，他们的价值取向自然会倾向于自己，甚至企业极有可能会以资本罢工为筹码来抗拒环境的执法，给急于发展地方经济的政府施压。为防止企业外移引起税源流失与财政危机，降低当地经济发展水平，也为了自己的政绩，地方政府在大多数情况下会选择有利于企业和自己的利益，牺牲公众的利益。
三、两型社会建设中农村生态环境问题产生的农户根源
农民是农村生态破坏与环境污染的直接受害者。但是，在利益和价值关系上，农民同样面临两难的选择。
（一）农户对农村生态环境治理成本外部化
脱贫致富是目前农民最大的渴望，为了改变自己的生活，特别是面对近年来不断增长的医疗以及教育费用，农民希望尽快增加收入。而经营农业，成本高、效益低，抗风险尤其是市场风险能力弱，因此他们热切希望并愿意企业到农村投资，创办乡镇企业，以增加收入，改善生活条件。而且，在两型社会建设中，很多农民缺乏相应的环保知识，他们不可能完全了解环境的价值和各种污染将带给他们的危害。于是，农村生态环境污染治理的成本被有意或无意地外部化，其实质就是将原本应该由农户支付的污染成本转嫁给社会，对社会福利造成巨大损失。
（二）农户对生态环境利用低效化
随着环境保护知识的宣传，出于对自身健康和后代子孙的担忧，他们对环境的关注力度也在加强，希望保住良好的生存和发展空间。但是，由于目前的利益远远超过环境带给他们的价值，因此，尽管明知环境污染会带来一定的危害，但在这种危害实际没有发生前，他们总是心存侥幸，对环境保护难以给予足够的重视，甚至自身也成为制造污染的源头，如大量化肥、农药的施用，地膜的使用，生活垃圾的随意堆放等。
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