1.支原体 支原体是介于细菌与病毒之间的一类微生物，归属于柔膜体纲支原体目，有64个种。支原体缺乏细胞壁，呈球状、杆状、条状、长丝状等多形性，因大部分能形成有分支的长丝，故称支原体。支原体可在含血清、酵母浸膏和胆固醇的培养基中缓慢生长，形成小菌落。细胞膜内外层为蛋白质，中层为脂质，脂质中胆固醇含量较多，对作用于胆固醇的抗菌物质如二性霉素B、皂素、毛地黄甙等敏感。
支原体以其顶端特殊结构与禽类细胞上的受体结合而黏附细胞表面，不进入细胞，从细胞膜中获得脂质与胆固醇，引起细胞膜损伤，产生外毒素对机体也有损伤作用。败血性支原体损伤气管黏膜，引起禽类发生慢性呼吸道病，滑膜炎支原体引起禽类滑膜炎。
2.大肠杆菌 大肠杆菌为肠道正常菌，是肠道正常菌群的成员之一，在肠道一般不致病，能合成维生素B和维生素K，其分解代谢产物和产生的大肠杆菌素能抑制其他致病菌生长。病原学作用的发现仅有20年历史，只有部分血清型大肠杆菌毒力较强，在免疫力下降或侵入肠外组织、器官时引起感染。致病性大肠杆菌有三种致病因子：定居因子（粘附素）：是大肠杆菌在上皮细胞定居并建立感染的先决条件；内毒素，造成黏膜水肿；外毒素，是一种特殊的蛋白质，决定疾病的严重程度。
3.病毒
（1）新城疫病毒：新城疫病毒作为RNA病毒，虽然只有一个血清型，但突变频率很高。近年来，本病发生几次大流行，都检测到病毒发生了变异。随着单克隆抗体、内切酶等分子生物学技术发展，已检测到病毒毒株抗原之间微小的差异。根据病毒毒株F蛋白可变区氨基酸残基变化，可将它们分为9个基因型：基因Ⅰ型主要为从水禽或鸡分离的无毒株；基因Ⅱ—Ⅳ型为20年代中期至50年代后期第一次大流行期间分离到的毒株；基因V型和Ⅵ型是60年代和70年代第二次大流行期间出现的毒株；基因Ⅵb亚型是80年代鸽源的第三次大流行中出现的毒株；基因Ⅷ型和Ⅶ型分别在80年代和90年代出现；基因Ⅸ是中国特有的基因型，包括中国标准强毒株F48。基因Ⅶ型是90年代以来引起新城疫发生的最主要病原，分离到的毒株最少已有70个以上，目前还在不断产生新的基因Ⅶ型基因亚型毒株，其与以前的基因型毒株亲缘关系、遗传距离越来越远。由于传统疫苗皆为基因Ⅱ型毒株制成，对基因Ⅶ型毒株感染保护力不足，致使新城疫的预防已力不从心。
（2）禽流感病毒：流感病毒属于单股负链RNA病毒，其抗原有内部抗原与表面抗原两种。根据内部抗原的差异，将流感病毒区分为甲、乙、丙三型，禽流感病毒属于甲型病毒。表面抗原有HA 、 NA两种。动物红细胞表面有HA受体，为一种黏蛋白，可与禽流感病毒表面的HA结合，所以将HA称之为“凝血酶”； NA可以水解红细胞膜上的黏蛋白受体末端的N-乙酰神经氨酸，破坏受体结构，使红细胞与病毒颗粒解离，称之为“神经氨酸酶”。
HA与NA易发生变异，这种变异称之为“抗原漂移”，抗原漂移幅度越大，产生新的变种毒力越强，越容易发生大流行。抗原漂移是不定向的，时间上也没有规律性，本次流行的毒株不一定就是上次流行的毒株变异而来，说不定就是前次非主流毒株变异而来。过去认为，新亚型毒株出现，旧亚型毒株消失，实际上，新亚型与旧亚型同时流行，使得疫苗防治比较困难。
（3）传支病毒：传染性支气管炎病毒冠状病毒科冠状病毒属，是一种有囊膜正股单股RNA病毒。血清型多，各个血清型之间无交叉免疫是其重要特点。与所有的冠状病毒一样，鸡传染性支气管炎病毒的核酸具有很高的基因突变及RNA-RNA重组率，这是鸡传染性支气管炎病毒不断有新的血清型和变异毒株出现的主要原因。 目前对鸡传染性支气管炎病毒分型尚无统一标准，以临床症状来划分，比较明确也较易被接受。
呼吸道型：以发生呼吸道症状为特征，以马萨诸塞株和康涅狄格株为代表毒株。
生殖道型：以输卵管阻塞或产生“假母鸡”为特征，几乎所有毒株都危害生殖道。
肾型：以肾肿、输尿管尿酸盐沉积为特征，代表毒株是霍泰尔株、格蓝株、澳大利亚T株等。
肠型：可引起气管、肾脏、生殖道病变，对肠道有较强亲和力，造成肠道损伤，以G株为代表。
腺胃型：以腺胃肿胀、乳头出血、溃疡，胸腺、法氏囊萎缩为主要病理变化，毒株尚未定。
变异型：以肾肿、胸肌苍白、坏死、水肿为病理特征，代表毒株是4/91 （793/B）。
近年来，各国学者对鸡传染性支气管炎病毒的致病机制深入进行研究，发现许多所谓的新型鸡传染性支气管炎并非都是由特异性病原直接引起的，同一病毒在不同诱因下，可能产生差异很大的临床表现，任何一个血清型传支病毒都有可能在一定条件下表现致肾病变作用，传支病毒变异十分复杂怪异，其原因、变异规律目前还未完全掌握，还待进一步研究。
（4）传喉：传染性喉气管炎病毒属于疱疹病毒科甲型疱疹病毒亚科病毒，其属尚未确定。疱疹病毒是一类有囊膜线状双股DNA病毒，其共同特征是在自然宿主长期潜伏存在并造成隐性感染。传喉病毒只有一个血清型，而且比较稳定，但近年来，发现有不同毒力的毒株，对本病防疫有实际意义。
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