植物化学分类法是揭示物种在分子水平上所反映出来的特有特征的新学科，一方面在分子水平上提供分类学特征，以弥补形态学植物分类的不足；另一方面还研究物种的系统发育在分子水平上所反馈出来的规律性。
植物的次生代谢产物往往与科、属系统的演化有联系，就是说，在一定的科、属存在某种代谢产物。例如挥发油主要分布在唇形科、樟科和松柏类植物；异喹啉生物碱常存在于多心皮目的各科、属中等。此方面的研究成果还可应用于植物资源的开发和利用。例如制造可的松激素原料的甾体皂苷，不仅在薯蓣属的80种植物中有，在近缘的一些科中也有发现。植物化学成分含量的不同说明植物在演化中必然伴随着生理上的演变。
8.1 植物化学分类的试验方法
有层析法、光谱法、液相色谱法及其他生物化学方法。
8.2 植物化学成分
主要有糖类、苷类化合物、黄酮类化合物、生物碱、萜类化合物、挥发油、鞣质、酶、蛋白质以及核酸。
8.3 植物化学分类的主要任务
（1）研究各级分类群植物（如门、纲、目、科、属、种等）所含化学成分的特性和合成途径。
（2）探索各化学成分在植物系统中的分布规律。
（3）在经典分类学的基础上，根据植物所含化学成分的特征，进一步研究植物的系统发育。
我国期刊发表的植物化学分类研究论文相对其他分类学方法较少，一般的植物化学学者仅研究报道某个物种中的新化学结构、成分含量等，较少结合形态学分类研究其系统发育。
论文写作特点：首先，“前言”中叙述在形态学研究的基础，进行化学成分的试验，以期探求化学成分的差异，作为确定系统发育的证据，解决疑问；其次，是“试验”与“结果”报道部分，与一般植物化学研究论文结构相同；其三是“讨论”部分将试验结果与引用形态学分类等证据文献结合起来，阐述亲缘关系及其系统演化。
2005年，周荣汉、段金廒所著《植物化学分类》出版，可作参考。化学分类学在Mcgill和Texas研究中心分别是由Gibbs和Alston与Turner倡导的，旨在进一步寻求有关相似性、区别性和亲缘关系的客观衡量标准。像色素这样的能通过常规的纸层析、薄板层析或较近代的、高度熟练的液体层析（HPLC）立即检定的化合物，被用来对群体、变种、种或杂种作比较。
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