进入21世纪，崇明农业紧紧围绕“农业增效、农民增收、农村稳定”和率先实现农业现代化的目标，遵循“稳定、巩固、突破、发展”的思路，着力推进高效生态农业的建设，农业生产处于稳定发展的良好态势。
1.农业生产稳步发展
2012年全年实现农业总产值58.7亿元，比2011年增长6.0%。其中，种植业实现产值30.4亿元，林业实现产值0.9亿元，畜牧业实现产值9.7亿元，渔业实现产值15.9亿元。2012年全县粮豆总播种面积为48 800 hm2，粮食生产30.1万t，优质水稻种子供应总量达到144.1万kg，秋播二麦种子供应总量达到146.7万kg，绿肥种子供应量为207万kg，良种率达100%。全年生猪出栏29万头，家禽出栏351万羽，鲜奶产量达到2.2万t，白山羊出栏26万头。全年实现水产品产量5.8万t。
2.高效生态农业持续稳定发展
国家生态农业标准化示范县创建工作扎实推进，建成各级农业标准化示范区95个，其中国家级示范区8个、市级示范区17个、县级示范区70个。推广机插稻面积7 867 hm2，占水稻总面积的34.3%。切实加强设施菜地建设，建成3个千亩绿叶菜生产基地，完成5个市级蔬菜标准园创建工作，年完成22 t绿叶菜供应任务。年推广商品有机肥2.5万t，秋播种植绿肥17 333 hm2，推广高效低毒低残留农药和生物农药13.7万亩次（1亩＝667 m2，15亩＝1 hm2＝10 000 m2，下同）。大力推广秸秆机械化还田，夏收二麦秸秆机械化还田7 067 hm2，秋收水稻秸秆机械化还田14 667 hm2。继续推进农产品“三品一标”认证工作，获得绿色食品证书12个、无公害农产品认证证书4个和（农）产品地理标志登记1个。
3.农业组织化进一步加强
通过出台奖励政策、项目扶持、免税扶持、银行贷款贴息扶持、科技和人才扶持等措施，逐步壮大了农民专业合作社。全县专业合作社已超过1 000家，其中市级示范合作社43家、县级重点合作社150家、合作联社5家、农业产业化经营企业30家以上。培育了凯农、宝瀛等一批营销企业，实现崇明农产品在上海市区销售额达6亿元，完成市区100家直销专柜的建设。
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