(1)诱导频率和分化成苗率低。对于多数植物来讲,能形成有活力胚的花药百分率很低。通常花药或花粉离体培养时没有生长和发育迹象,或刚开始生长便导致胚的败育,大量畸形胚状体出现,愈伤组织分化能力低,难以避免白化苗的产生,尤其是在禾本科作物中。因此,应加强基础研究,采用分子标记手段,聚合控制花培能力的相关基因,从根本上解决花培效率低的问题。此外,综合应用已取得的各种改良的花培技术(如低温预处理)及培养过程中某些生理生化指标(如内源激素、氨基酸类物质的含量等)与培养效果之间的关系,寻找更加有效的培养技术措施,以提高花培效率。
(2)花药培养易受到体细胞的干扰。在产生单倍体的同时也产生二倍体或四倍体;培养过程中难以做到使小孢子分裂,而二倍体组织不分裂;在混倍性的材料中很难分离出单倍体,单倍体细胞的生长也很易被生长旺盛的多倍体细胞所掩盖。花药培养中如何进一步提高诱导花粉单倍体植株的频率,减少体细胞干扰等是应该重视的问题。另外,药壁体细胞干扰的问题也需要探索新的快速鉴定方法。
(3)单倍体植株的起源问题有待进一步研究。有些获得单倍体植株的报道缺乏细胞学和组织学的鉴定,没有充分证明其单倍体起源。
(4)小孢子自身由于核内复制、核融合等产生的倍性变异。应该进一步研究如何有效地进行控制,从而达到控制不利变异和利用有效变异的目的。
(5)药壁绒毡层细胞对花粉发育的作用还不十分清楚。如何用人工合成培养基代替绒毡层的作用,还在不断探索中。
(6)白化苗的问题。在禾本科、百合科、茄科等植物花药培养中均有出现。
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