与常规标记不同，这类标记基因没有抗生素或除草剂抗性，相对来说对生物是安全的，因此称为生物安全标记基因。
1）与糖类代谢相关的基因
与糖代谢相关的基因编码的产物是某种糖类的分解代谢酶，植物转化细胞可以利用选择剂糖类作为主要碳源，在选择培养基上获得优势生长，而非转化细胞由于不具有这些基因，不能利用选择剂，处于饥饿状态，生长受到抑制而不被杀死。相对于抗性基因作为选择标记时将非转化细胞杀死而转化细胞存活的负筛选系统，它被称为正筛选系统（Joersbo，Okkels，1996）。目前应用最多的与糖代谢相关的标记基因是磷酸甘露醇异构酶基因pmi，其他与糖代谢相关的标记基因还有木糖异构酶基因（xyl A）、核糖醇操纵子（rtl操纵子）、阿拉伯脱氢酶基因（atl D）和2-脱氧葡萄糖-6-磷酸盐磷酸酯酶基因（DOGR1）。
2）与氨基酸代谢相关的基因
植物中某些氨基酸合成途径中的关键酶，受到代谢最终产物氨基酸的反馈抑制，利用这一性质将某些与氨基酸代谢相关的基因作为选择标记基因。反馈抑制不敏感天冬氨酸激酶（AK）是高等植物中天冬氨酸代谢途径中的关键酶，在催化赖氨酸、苏氨酸和甲硫氨酸的合成中起到作用，但另一方面又受到微量（毫摩尔级）赖氨酸和（或）苏氨酸的反馈抑制，限制赖氨酸的积累，最终使细胞耗尽甲硫氨酸而死亡（Arruda等，1984）。其他与AK相似的、与氨基酸代谢相关的基因作为选择标记的还有反馈抑制不敏感邻氨基苯甲酸合成酶（AS）基因ASA1、苏氨酸脱氨酶（TD）基因ilv A和乙酰乳酸合成酶（ALS）基因mALS。
3）与激素相关的基因
在离体条件下，植物细胞的培养需要添加外源激素。将激素代谢相关基因导入植物体内，转化细胞表达该基因自行合成激素，可在不添加外源激素的培养基上生长，与非转化植株形成明显的表型差异，从而达到筛选目的。目前研究最多的是异戊烯基转移酶（IPT）基因。由于与激素相关基因作为选择标记基因，都会引起转基因植株表型出现畸形，需要将其剔除，程
1962年Shimomura等首次从多管水母属中分离纯化出一种荧光物质，并将其定性为蛋白质，称为绿色荧光蛋白。与其他报告基因（如β-半乳糖苷酶基因、氯霉素乙酰转移酶基因以及源于细菌及萤火虫的荧光素酶基因）相比，GFP的检测具有不需要添加任何底物或者辅助因子、不使用同位素，也不需要测定酶活性等优点，同时GFP生色基团的形成无种属特异性，在原核和真核细胞中都能表达，其表达产物对细胞基本没有毒害作用，并且不影响细胞的正常生长和功能。
6）抗逆基因
通过克隆得到一些耐盐相关基因，研究植物耐盐的机理，并通过耐盐相关基因转化，获得一些耐盐性提高的转基因植物。利用耐盐基因作为选择标记，NaCl为选择剂，可达到筛选转化植株的目的，为转基因研究提供了新思路。序繁琐，不利于转基因植物产业化。
4）化合物解毒酶基因
化合物解毒酶可催化对植物细胞有毒的化合物转变为无毒的且可被植物利用的化合物，使转化细胞在含有毒化合物的选择培养基上正常生长，而非转化细胞被杀死。它的选择原理与抗性标记基因类似，也属于负筛选系统。被用作选择标记基因的化合物解毒酶基因包括甜菜碱醛脱氢酶（BADH）基因、色氨酸脱羧酶（TDC）基因和汞离子还原酶基因。
5）绿色荧光蛋白基因（GFP）
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