清代中期以降，对于太湖平原地区城镇乡村环境的破坏，规模最大、程度最深、影响最远的，当属太平天国时期的战乱。
在很多人的记忆中，太平军的东进，可谓狂飙所及，庐舍为墟，遍地瓦砾。民众的受难情形，都说江南比其地方要严重得多。“凡不忍见、不忍闻之事，怵心刿目，罄笔难书，所谓铁人见之，亦当堕泪也！”[39]
浙西杭嘉湖等地的受害程度极深，田亩荒芜自不必说，昔日繁华的市镇大多被焚毁，乡村更是人烟寥落，所谓“连阡累陌，一片荆榛”。[40]上海的《申报》对战乱的后果多有评论：“浙省自发逆肆扰以来，通计各府，惟杭州、湖州两府各属受灾最重。”[41]湖州府除了附郭的乌程、归安两县外，“匪扰皆极甚”。[42]同治三年春天到八月间，杭嘉湖一带相继被清军收复，“浙省一律肃清”，但是小民均未复业，各府户口流亡，赋役征册全部毁失。[43]
根据地方官员的战后报告称：各处被太平军所扰情形，如杭属之临安、新于、於潜、昌化，湖属之长兴、武康、孝丰、安吉，都可与徽州、宁国相交通，受害最重，“室庐尽成灰烬，田地久已荒芜，即招集遗黎，亦寥寥可数”[44]。光绪《孝丰县志》的作者还追述道：同治元年六七月间流行瘟疫，“民遭兵戈者半，遭瘟疫者亦半”。[45]
湖州府最好的乌程、归安两县，地势相对平坦，水网丰富。那里的幸存者，大多是战后归乡的，战时则以船为家，“托命于小溪汊港、丛芦密苇之间，朝此夕彼”，阽危之际，总算幸存下来。因此，相比西部“无舟楫之利、溪港之便”的低丘地带，“水国被害较轻，户口十或全其五六”。[46]对当地盛极一时的蚕桑而言，因民众的逃亡，使桑地大量委弃，蚕桑业在战后一段时期内并无大的转机。[47]
另一方面，来自清兵的扰害，为祸同样不浅。1861年年初，江南的外国传教士都清楚地看到，那些清朝的官兵“比长毛更为无用，也同样毫无纪律”[48]。杭州整个城的面貌，因1861年的太平天国而发生了变化。在太平军撤退之后，清兵又洗劫了不幸的市民。[49]也在这一年，金山县地方传教士描述道：“自叛军夺占金山后，经常四出骚扰；每次外出必抢掠纵火，按中国人的说法，叫作‘吃光、烧光’。”另一位神父则说：“令人痛心的是清兵竟与叛军同谋，他们也抢劫烧杀，一有危急，随即逃散，让叛军去完成他们的破坏工作。”[50]
经过太平天国的战乱，太湖平原的城镇乡村环境遭受了严重的破坏，随处可见残垣断壁、十室九空的景象，伴随而来的是贫穷和人口剧降[51]，在很长一段时期里都没有恢复过来。
许多市镇（如王江泾、王埭等镇）从此荒废为一个村落。到同治十三年前后，浙西等地的官署民舍、僧寺道观与城镇村落，破败的依然极多。有学者详细分析指出，直到光绪年间，战争带来的创伤仍未平复，昔日的繁华难以遽复。[52]
1868年，瑞士丝绸商人克莱尔看的无锡城，“被显得非常古老、破败的城墙围绕”，城市景象“满目疮痍”，他深信这里受到的破坏不比苏州小，最多只有四分之一部分得到了重建，其余依旧是废墟和荒地。[53]
1874年，日本海军的情报人员曾根俊虎来到太湖平原时，根据当地人的口述，在游记中多有这方面的记载。其中，他记下了杭州净慈寺长老悟彻的一番评论：至大清同治初年，朝廷肉食官员横征暴敛，因求私利，满足其贪欲，故而贿赂盛行，以致言路闭塞、政教弛废，下情不能上达，上意不能下通，令几亿万生灵遭倒悬之苦，朝有饿死人，夕有冻死骨，人民痛恨之情全国皆然。[54]悟彻对曾根俊虎所作的长篇演讲，基本上都是对太平天国的批评和对战争的悲痛回忆。他说：太平天国“扰乱中国东南半壁十有余年，蹂躏十数省，陷没六百余城，使千百万生灵变为冤鬼”，就连净慈寺没能幸免于难，“遭其兵燹烧毁之害，时至今日，寺中仅存片瓦破砖而已”。[55]
1884年，来到太湖平原地区的冈千仞，据其眼闻目睹，那战后的破败依然清晰可寻。像昆山县城，“蔓草荒烟，满目萧然”。其原因就归结为太平天国的兵燹之灾。嘉兴北面的大镇王江泾，在粤匪乱后就荒废了。石门县城中见到的七层塔耸立于荆棘之中，荒凉之态令人记忆深废。与其他城镇一样，曾为繁华大都会的苏州，在太平天国战乱后，热闹的市场“鞠为茂草”，废毁的墙垣“满目萧然”，战后恢复旧观的不过十分之三四。城西的寒山寺，据说已无足观；著名园林狮子林，亭榭楼阁破坏较多，往日胜迹渐归荒凉，令人深觉可惜。浙江的省会城市杭州，满眼都是颓垣废础，十分萧条，战乱后全城的屋舍，十存二三。[56]
而克莱尔亲眼见到战后的杭州时，说道：“今天映入我们眼帘的却是一片令人揪心的废墟！”依大运河而建的绵延数里的外城，只剩下一片残垣断壁；内城的情况一样糟糕，城中除了一小块地方尚有人居住外，其他都荒芜了。[57]
这类描述，是战后中国民众的普遍感受。平湖地方的一个木材商人沈恒丰就说得更为深刻：“当咸丰帝御宇之时，自从风闻有‘长毛贼’来攻之后，不啻人民混乱不堪，官府也不能澄清传闻，安定民心，官吏反而私下盗窃钱财，自己放火烧城而逃走，还让人传言说有暗通‘长毛贼’者在城中放火，于是城内外乱如鼎沸”，太平军来了不到两年，“竟再罹官军兵燹，所存房屋不过三分之一，至今不能恢复其旧”。[58]
再如，残破的海宁城、荒凉的菱湖镇、废墟与茅草棚众多的嘉兴城等，都让人感觉悲惨；不过，战后恢复较快、较好的城镇，以湖州与南浔显得较为突出。[59]
无论怎样，战争对中国江南这个最富庶地区的巨大打击，是不争的事实。到光绪三年（1877年），来长江三角洲的一名外国记者还说：“太平天国起义造成的破坏尚未恢复，战争留下的痕迹仍四处可见。”[60]而同治年间开始出现的义冢兴复高潮时期，不少城乡墓地是留给战争死难者的。[61]
在较为偏僻的山城昌化县，1931年时，人们看到的景象仍然荒凉得很：全城只有两百家，街道两旁都是废墟；县政府、教育局都是借的民房，很不像样；旅馆“简陋得更是厉害”。这是太平天国战乱后七十多年的情景。[62]就像克莱尔对苏州的评论一样，战争使城市变得支离破碎、荒芜衰败，人们需要几十年时间来恢复往昔的安宁与繁华。[63]
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