作为一类区域规划，任何一部主体功能区区域规划总是可以在前述规划体系的三维立体图中找到一点与之对应。如果X轴表示依据主体功能对国土空间进行的切块细分，X轴上任意一点对应一个边界确定的主体功能区；Y轴表示不同主体功能区的建设任务、目标和重点，Z轴表示主体功能区区域规划的时限，那么任意一点A的坐标（x，y，z）对应一个特定主体功能区的区域规划。但从主体功能区区域规划的实践来看，问题远没有那样简单，这主要表现在两个方面，一是确定X轴上的点，即确定编制主体功能区区域规划的空间单元在实际中会遇到很多困难；二是确定Y轴上的点，即确定不同主体功能区建设的任务、目标和重点设计不同区域间利益调整等问题，同样也会遇到很多困难。就我国目前的情况看，要编制好主体功能区区域规划，必须处理好以下几个方面的问题：
一、合理确定编制主体功能区区域规划的空间单元
党的十六届五中全会《建议》指出，“各地区要根据资源环境承载能力和发展潜力，按照优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发的不同要求，明确不同区域的功能定位，并制定相应的政策和评价指标，逐步形成各具特色的区域发展格局”。这个表述明确表明了国家推进主体功能区建设的意愿，但没有明确编制主体功能区区域规划的空间单元，“各地区”既可以是各级行政区，也可以是经济区。“十一五”规划纲要进一步明确指出，“根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，统筹考虑未来我国人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，按照主体功能定位调整完善区域政策和绩效评价，规范空间开发秩序，形成合理的空间开发结构。”纲要明确了主体功能区划属于国土区划，但没有明确编制主体功能区区域规划的空间单元这个问题，国家发改委在“十一五”规划详解中提出，“按照《纲要》提出的四类主体功能区的要求，组织编制全国主体功能区划规划，明确主体功能区的范围、功能定位、发展方向和区域政策的方向，将涉及空间的规划协调于一个统一的空间规划中”[5]。由此可见，尽管国家对确定主体功能区区域规划的空间单元还没有明确的规定，但主体功能区划将成为我国新一轮国土区划，主体功能区划及主体功能区区域规划研究都将是我国未来相当长的一段时间内的研究热点。
从便于规划的制定、实施和管理的角度看，规划区域的确定要尽可能和行政区划一致，而国家推进形成主体功能区的一个重要目标就是要打破行政区划对经济社会发展的束缚。主体功能区区域规划空间单元的确定，既要照顾到打破行政区划对经济社会发展束缚的要求，又要尽可能地使主体功能区划的边界和行政区划的边界一致，以便于确定规划主体。从实践的角度看，主体功能区区域规划的空间单元是在主体功能区划的基础上确定的，由于本书另设章节专门研究主体功能区划，本节只是概略性阐述确定主体功能区区域规划空间单元的要求。
从各类主体功能区的空间分布来看，限制开发区、禁止开发区一般是以点状存在于优化开发区、重点开发区之内；在一个大的优化开发区、重点开发区内，存在着需要优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发四类不同地域。基于确定主体功能区区域规划空间单元的双重要求，本书用主体功能区区域规划的空间单元和基本空间单元两个概念来表述主体功能区的这种错综复杂的空间结构关系。主体功能区区域规划的空间单元是指规划所针对的特定规划区域，主体功能区基本空间单元是指承担某一特定主体功能的最小地域单元。在主体功能区的空间单元内，存在若干基本空间单元，空间单元内部可能存在较大的非同质性，基本空间单元内部的非同质性较小，编制主体功能区区域规划时，完全可以忽略基本空间单元内部的非同质性。空间单元内部的地域差异性，用空间单元的主体功能和辅助功能配置予以协调，基本空间单元的开发问题，即是空间单元内部的局部区域发展问题。
基于对主体功能区区域规划空间单元和基本空间单元的区分，主体功能区区域规划的编制主体实际上主要落实到中央和省两级政府主体。中央在制定跨省区主体功能区区域规划时，要保证空间单元的地（市）级行政区划完整性，基本空间单元的县级行政区划完整性；省政府在制定跨市（县）主体功能区区域规划时，要保证空间单元的县级行政区划完整性；基本空间单元的乡（镇）级行政区划完整性。国家主体功能区区域规划主要针对主体功能区空间单元而不是基本空间单元，它既要阐述清楚国家进行区域开发的总体指导思想和宏观战略，又要对特定的跨省主体功能区的发展方向、发展道路进行具体策划，还要对主体功能区区域规划所涉及的省、市之间的利益再分配进行协调。国家主体功能区区域规划可以由国家发改委直接组织编制，也可以由国家发改委牵头，组织相关省市发改委共同组成主体功能区区域规划委员会，负责规划编制。省级主体功能区区域规划既要针对规划的空间单元，又要针对基本空间单元，其重点在于对基本空间单元发展的谋划，以及基本空间单元之间的利益协调。省级主体功能区区域规划可以由省发改委直接组织编制，也可以由省发改委牵头，组织相关市县分管领导及发改部门的领导组成主体功能区区域规划委员会，负责规划编制。
二、妥善协调主体功能区与行政区的关系
打破行政分割是推进形成主体功能区的重要目标之一，但推进形成主体功能区又必须依靠地方政府来组织实施；与此同时，推进形成主体功能区又必须努力克服传统行政区经济运行的弊端，妥善处理主体功能区与行政区的关系问题也因此而产生。
（一）妥善处理主体功能区与行政区关系的必要性
既然主体功能区建设的过程是依靠行政区来推行的跨行政区经济管理的过程，妥善处理主体功能区与行政区的关系，就成为推进形成主体功能区的关键和难点，其原因主要表现在以下几个方面：
1.主体功能区的层级和行政区的层级存在空间错位
主体功能区和行政区都是层级结构明显的地域系统，由于二者划分的基础、依据、原则各不相同，二者的层级必然存在空间错位。妥善地处理主体功能区与行政区的关系，是克服这种空间错位对主体功能区建设负面影响的必然选择。只有有效地克服了这种空间错位，才能确保地方政府从全局利益角度出发，而不是从狭隘的行政区利益出发，贯彻落实推进形成主体功能区的各项区域政策。
2.主体功能区的主体功能不是一成不变
随着经济社会的发展，主体功能区的属性可能会发生变化。比如，当重点开发区的人口聚集、资源开发等深入到一定阶段后，重点开发可能需要向优化开发区转化；当政府支持主体功能区的财力进一步增强时，部分限制开发区可能要向禁止开发区转变，当限制开发区的生态环境进一步好转，承载经济社会活动的能力大大增强时，它又可能向重点开发区转化。只有用制度安排的形式，用规范的程序来处理主体功能区与行政区的关系，才能确保主体功能区属性的转化不会因行政管理的束缚而受到阻碍。
3.主体功能区内的公共服务供给需要不同行政区之间加强协调
同一主体功能区内，有不同的同级行政区，主体功能区内的公共服务究竟应该由谁提供、同级行政区之间应该以怎样的比例、以怎样的方式提供主体功能区公共服务供给等是主体功能区建设无法回避的问题。要解决主体功能区内的公共服务供给问题，需要不同行政区之间加强沟通和协调，这实际上是妥善处理主体功能区与行政区的关系的具体内容之一。
（二）妥善处理主体功能区与行政区关系的途径
在推进形成主体功能区的过程中，要围绕以下问题的解决，寻求处理主体功能区与行政区关系的途径，一是要解决主体功能区内公共服务的供给问题；二是解决主体功能区经济社会发展的监管问题；三是解决政府的绩效考核以及地方政府推行主体功能区建设的动力问题。
1.成立专门的主体功能区管理机构
成立专门的区域管理机构，加强对特定区域发展的管理，在国内外区域开发实践中并不少见。既然主体功能区是跨行政区的地域系统，成立专门的主体功能区管理机构，沿用传统的行政区管理的模式，推进主体功能区建设，不失为一种协调主体功能区和行政区关系的方法。但是，用专门的机构来协调主体功能区和行政区关系的方法，只能适用于层级较高、地理空间范围大、主体功能在较长的时间内不会发生改变的主体功能区，不能用与主体区划一一对应的专门的机构专司跨行政区的区域管理，更不可能完全根据主体功能区划重新调整行政区划，其原因主要表现在以下两个方面。
第一，我国是世界上行政层级较多的国家之一，完全依靠成立专门机构推进主体功能区建设，无疑是再次增加了行政管理层级，这与我国行政管理体制改革的基本导向不相符合。
第二，根据资源环境承载力的变化，主体功能区的范围和主体功能都处于动态调整的过程，如果完全依靠专设机构推进主体功能区建设，专设机构可能阻碍这种调整；如果根据主体功能区的范围和主体功能的动态调整来调整专设机构，势必会影响专设机构的权威性和行政管理的严肃性。
2.加强电子政务建设，推进政务公开
政府的公共服务分为需要大规模的资金投入和不要资金投入两类。加强电子政务建设，推进政务公开一是针对主体功能区内不需要大规模资金投入的公共服务的供给提出来的；二是从加强同级政府间的交流合作，明确不同行政区政府的职责义务，避免区域经济主体所需公共服务没有供给的主体、同一种服务多头供给的现象发生提出来的。
主体功能区内的电子政务建设，首先要做的是区域内的政府公共服务网的互联互通。公民点击区内任意一家政府网站，就可以获得政府对公民提供的各种证照办理，迁徙和户口管理等服务，缴纳个人税款和其他有偿服务费用，下载政府要求填报的表格，获取与公民利益直接相关的各种信息。经济主体只需要点击区内任意一家政府网站，就可以了解主体功能区的产业政策、进出口、注册、纳税、工资、社保等规定；就可以按政府要求填报的各种统计信息和报表，参加政府各项工程的竞投标，以及就政府如何营造良好的投资环境提出意见和建议，申请困难援助等，获得政府的相关证照、税务登记等相关信息服务。
3.完善市场经济体制，激发企业活力
对经济运行的监管一是可以运用政府这只有形的手，采用执行具体的规章条例等途径来实施；二是可以借用市场机制，依靠市场的自律运行来实现。完善市场经济体制，激发企业活力主要是针对后者而提出来的。
主体功能区建设是对政府主导经济运行的一种扬弃，一方面要充分发挥政府的经济调节、市场监管、社会管理和公共服务职能；另一方面要充分发挥市场对资源的优化配置功能，激发企业活力。主体功能区建设过程中，要进一步理顺政府与企业、政府与市场、政府与社会、政府与中介机构的关系，减少行政审批，促使企业自主决策，把政府不该管的事都交给企业、市场、社会组织和中介机构，政府经济管理重在审查企业是否合法经营，企业的经济活动选择是否符合区域的主体功能定位，增强企业活力和整个社会经济活力与效率。主体功能区建设过程中，政府要为市场主体提供良好的公共服务、创造良好发展环境，政府要集中力量搞好统筹规划，制定政策，信息引导，组织协调和检查监督。
4.加强对主体功能区建设的评估和考核
加强对地方政府推进主体功能区建设的评估和考核，一方面是及时发现、总结主体功能区建设的经验和教训；另一方面以评估和考核调动地方政府推进主体功能区建设的积极性，以地方政府的主动作为，协调主体功能区和行政区之间的关系。在具体操作中，既要重视对主体功能区建设结果的评估和考核，更要重视对政府推进主体功能区建设过程的评估和考核，特别是要注意对政府应对、处理主体功能区建设中的突发事件能力的评估。
三、正确处理各类主体功能区主体功能和辅助功能的关系
正确处理各类主体功能区主体功能和辅助功能的关系问题，实质上是主体功能和辅助配置问题。妥善处置这个问题的客观基础在于，主体功能区划不可能做到区内的完全同质性，主体功能区的空间范围、主体功能都可能随着经济社会的发展而发生变化。要妥善处置这个问题，需要注意以下几个方面的问题：
（一）准确把握四类主体功能区的地域特性
进行主体功能区划后，修复自然生态财富成为禁止开发区的主体功能；禁止开发区是一种自然地域，其地域运动主要遵循自然生态规律。创造社会财富成为重点开发区和优化开发区的主体功能，这两类区域是经济地域，其地域运动主要遵循经济规律。限制开发区是一种人文地域，在人口压力大、重点开发区和优化开发区尚不能完全支撑国民经济发展重任的条件下，它是一种过渡区域，同时承担了创造社会财富和修复自然财富的功能，其地域运动主要遵循人地关系规律。一方面，随着重点开发区和优化开发区创造社会财富能力的进一步增加，限制开发区可能过渡为禁止开发区；另一方面，随着限制开发区提供自然生态财富能力的加强，它又可能过渡到重点开发区，甚至是优化开发区。
（二）围绕回归自然配置禁止开发区主体功能和辅助功能
在四类主体功能区中，禁止开发区主体功能和辅助功能的关系相对较简单；控制人为因素对生态环境的负面影响，是禁止开发区建设的基本原则。配置禁止开发区的主体功能和辅助功能，一是要防止自然灾害对自然生态系统的影响，二是要让自然生态规律充分发挥作用。
（三）围绕在自然资源开发利用上的分工配置优化开发区和重点开发区主体功能和辅助功能
优化开发区和重点开发区是开发利用自然资源的主要区域，其主体功能和辅助功能配置，一是要符合主体功能定位对开发利用自然资源的要求，确保区域的资源环境承载力不遭受危害；二是要围绕各项配套政策的实施，设计、安排辅助功能。在自然资源开发利用上，重点开发区重在通过人力资源、资本资源和自然资源的优化配置，提高自然资源的有效利用率，减少自然资源浪费和损失。优化开发区重在以技术、信息等要素投入，延伸自然资源开发利用的价值链，发挥自然资源加工利用的优势。
重点开发区主体功能和辅助功能配置的要点在于：一是有利于大力推进工业化和城市化进程，实现优先重点开发，引导人口、要素和产业合理集聚，形成产业和城镇密集带；二是有利于全面提高对先进技术的消化吸收能力，在消化引进技术的基础上提高区域科技水平；三是有利于增强区域吸纳资金、技术的能力以及产业和人口集聚的能力；四是有利于消化、吸纳优化开发区转移的成熟技术和成熟产业，吸纳限制开发区、禁止开发区转移出来的人口和无法长期承载的产业，促进循环经济的发展；五是有利于自然资源循环、高效利用，有利于循环经济的发展。
优化开发区主体功能和辅助功能配置的要点在于：一是有利于全面提高自主创新能力，提高产业的技术水平，以发展循环经济为导向，促进科技进步，化解资源环境瓶颈制约；二是有利于提高经济外向化水平，提升参与全球竞争的层次，成为带动全国经济发展的龙头和我国参与经济全球化的主体；三是有利于提高经济效益，提高区域的人口承载力。
（四）依据限制开发区的地域过渡性配置主体功能和辅助功能
限制开发区的主要任务在于，加强生态环境整治、引导人口转移，缓解人与自然关系紧张的状况；在“保护优先、适度开发”方针的指导下，因地制宜地发展本地资源环境可承载的特色产业。限制开发区存在地域过渡性，一是因为政府推进形成主体功能区的能力尚需加强，二是因为不同限制开发区间差异大。要对限制开发区作进一步的分类，明确偏重生态建设、可能向禁止开发区过渡的地域范围，划出偏重特色产业发展，可能向重点开发区过渡的地理空间。前一类限制开发区主体功能和辅助功能配置的要点在于，一是积极引导人口转移，逐步实现人退水进、人退草（林）进；二是围绕生态建设和环境整治、移民搬迁供给公共服务，配置政府投资。后一类限制开发区主体功能和辅助功能配置的要点在于，一是加强对特色产业发展的环境影响评估，确保特色产业发展不加剧生态环境问题；二是坚持生态建设和特色产业发展相结合，围绕二者的协调配置政府投资；三是逐步优化人居环境，增强区域的人口承载能力。
四、妥善处理主体功能区区域规划与其他空间规划的关系
理顺不同规划间的关系，是保障规划的严肃性、充分发挥规划对经济社会发展导向作用的基础。作为一种空间规划，主体功能区必须努力协调好与发展规划、城市规划及土地利用规划的关系。
（一）主体功能区规划与发展规划的协调
协调主体功能区规划和区内各行政区的发展规划的关系，有两种模式可以选择。一是将各行政区发展规划作为主体功能区的基本空间单元的发展规划，二者共存。编制主体功能区规划，要以各行政区发展规划为基础，主体功能区规划要突出行政区利益的协调，各行政区再根据主体功能区发展的要求，修改各自的发展规划。二是用主体功能区规划代替区内的行政区发展规划，各行政区不再编制彼此独立的发展规划，各行政区成为贯彻落实主体功能区区域政策的主体。编制主体功能区规划，要以完整包括该主体功能区的上级行政区发展规划为基础，主体功能区规划应该成为上级行政区的专项规划。
（二）主体功能区规划与城市规划及土地利用规划的协调
主体功能区规划和城市建设规划的关系是，城市建设规划必须符合主体功能区的主体功能定位，城市建设规划不能与主体功能区区域规划发生冲突。土地利用规划，是主体功能区建设土地政策的重要表现，要用土地的投向和供给量，引导市场在主体功能区建设的框架内自主决策。
五、正确处理好主体功能区区域规划中的利益协调关系
主体功能区区域规划，是协调国家利益和地域利益、全局利益和局部利益的重大改革措施，正确处理改革与稳定、公平与效率的关系，是开展主体功能区规划必须始终坚持的准则。
（一）产业区际转移中的利益协调
主体功能区建设中的产业区际转移，是要形成与资源环境承载力相协调的生产力布局框架，其具体表现是：禁止开发区的产业向重点开发区的转移；限制开发区内不能长期承载的产业向重点开发区、甚至优化开发区转移；优化开发区内的资源消耗型产业向重点开发区转移。产业区际转移中的利益协调，一是可以通过成立中央和省级产业发展基金，扶持与移出地主体功能定位相吻合的产业，以推进产业区际转移；二是可以通过移出地与移入地税收分成，协调二者的利益；三是通过政府的财政转移支付，弥补移出地产业转移的经济损失。
（二）两类财富生产分工上的利益协调
生产生态财富一是存在机会成本，二是存在明显的正外部性。对禁止开发区和限制开发区的生态财富生产进行经济补偿，是实现两类财富生产上的分工的重要保障。进行主体功能规划，一是可以通过完善财政横向转移制度，使禁止开发区和限制开发区共享优化开发区和重点开发区的发展成果；二是建立生态财富购买制度，通过政府采购，确保禁止开发区和限制开发区能通过生态财富的生产获取相应的经济利益；三是建立健全生态入股制度，使禁止开发区和限制开发区能通过股权收益弥补机会成本。
（三）限制开发地区和禁止开发地区的财政补偿
各个地区都有发展的欲望和动力，也都有自己的比较优势。国家明令某个地区限制发展或禁止发展，势必需要给予一定的经济补偿。某些地区限制发展或禁止发展，这是从保护环境的角度所进行的必然选择，但环境保护具有极强的外部性，其他受益地区理应做出必需的贡献。但补偿机制如何建立、补偿基金如何使用等问题仍待深入研究[6]。进行主体功能区划，一是要积极推进公共财政建设、规范地方政府的财政支出，增加财政支出的公开透明性；二是要加大地方人大对政府财政支出的监督力度，加强对限制开发区和禁止开发区的财政补偿资金的使用监管；三是要多方筹措财政补偿资金，特别是要建立财政补偿资金随着地方财政收入增长而自动增长的机制。
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