二、清洁发展机制管理制度存在的问题
首先，CDM在管理制度上存在的最大问题在于联合国CDM执行理事会及指定经营实体的能力不足，且行政效率低下。一方面，由于CDM作为全球合作减排的创新机制是在摸索中实践，无法事先预知困难，难免存在各种制度上的滞后性问题。另一方面，CDM执行理事会长期以来没有出台一个严格且可操作的CDM项目审定及核查核证指南，也没有对指定经营实体在审定及核查核证的行为进行相应的规范。这就使得一些指定经营实体不遵守执行理事会的决定或缔约方会议的决定，不按照要求的时间期限提交年度报告，从而严重侵害项目发起人、项目开发商甚至CERs买方的权益。
其次，超负荷的工作量也是导致CDM项目审批速度慢，进而影响CDM行政效率的一个重要因素。执行理事会的专家成员只有10人，而每年开会审批的时间不超过30天，申请项目数量却成倍增长。随着申请项目数量的增加，执行理事会和国内的指定国家机构的工作量也不断增大。特别是由于指定国家机构的规模无法大幅度增加，项目申请周期会延长，从而影响项目的进展。一个比较显著的案例发生在2009年2月11日至13日召开的执行理事会第45次会议上，会议的一项重要任务就是，要求理事会成员在会议期间复核100多个被审查的注册申请以及20多个被审查的签发申请。受执行理事会人员编制的限制，这种单纯依靠理事会成员在短短几天会议期间的超负荷工作来解决CDM项目注册程序瓶颈的做法，将会变得愈加糟糕。
再次，随着全球CDM市场快速发展，无法回避CDM在项目方法和审批程序等方面存在的不少问题，这既增加了项目开发成本，又影响其发挥应有的作用。[109]特别是项目规则繁杂多变，导致项目开发周期过长，且有越来越长的趋势等。根据议定书规定，通过CDM获得的CERs如要进行交易，还必须履行一系列繁琐的注册程序。虽经不同国家、不同机构以不同形式多次向联合国CDM执行理事会反映过，CDM执行理事会也多次表示将采取有效措施予以改进，但仍未能得到有效解决，导致大量CDM项目被推迟或停滞。[110]
最后，由于受到各种因素的影响，CDM项目审批程序和过程的透明与合理也越来越受到关注。[111]根据联合国CDM执行理事会网站的统计，在2007年4月份前提交注册申请的724个项目中，自动注册的项目比例高达82%，而同时期被审查后注册的项目仅为14%。然而，从2007年4月至2008年12月的这段时间里提交注册申请的744个项目中，自动注册的项目比例降为41%，相反被审查的项目比例已飙升至49%。而执行理事会在解释中则声称审查的原因在于所提交的项目审核材料需要进一步核实。对此，无法获得项目自动注册方大多表示难以接受“被搪塞”。甚至在2008年12月的第14次缔约方会议(波兹南会议)上，有建议干脆将CDM规则制定权与CDM项目裁定权分离，避免权力的过度集中。[112]
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