共同但有区别责任原则在应对气候变暖问题上发挥了重要作用，但是其在国际条约中的运用毕竟有限，而不同国家对该原则的内容和实践亦存在异议。
(一)共同但有区别责任原则还未构成国际习惯法
共同但有区别责任被纳入到20世纪80年代以后通过的绝大多数全球环境公约中，在国际气候制度的谈判和制定中发挥了重要作用，但这并不意味着这项原则已经成为国际习惯法规则。
《国际法院规约》对国际习惯的定义是“作为通例之证明而经接受为法律者”。普遍认为，国际习惯法规则的确立需要具备国家确信和实践两个构成要件。虽然共同但有区别的责任原则在许多国际环境法文件中得到强调，但并不是所有的环境条约都采纳了这项原则，例如1994年通过的《防治荒漠化公约》和1998年通过的《对某些危险化学品和农药采用事先知情同意程序的鹿特丹公约》没有使用共同但有区别的责任原则。在其他领域，也找不到议定书模式的共同但有区别的责任。因此，并不能认为共同但有区别的责任原则已获得足够的国家实践，尤其考虑到发达国家对于区别责任的承担仍然不充分。另外，共同但有区别的责任原则还未被认为是一种具有普遍约束力的规则。大多数的国际环境条约依然是软法，共同但有区别的责任原则虽然是公约的基本原则之一，但对各国的约束力仅限于公约项下。
正是该原则在国际法上尴尬的法律地位，为一些发达国家在气候问题上拒绝承担有约束力的减排义务提供了理由。但是该原则被国际法文件频繁地引用和实践的事实表明，它无疑已经积累了成为国际习惯法规则的相当基础。
(二)共同但有区别责任原则的局限性
根据议定书中对共同但有区别的责任原则的要求，发展中国家实现持续经济增长和消除贫困是正当的优先需要，发达国家“应当率先对付气候变化及其不利影响”，承担量化减排责任。而发达国家和发展中国家对此却有不同的认识。“发达国家考虑到自己的利益，希望发展中国家立即作出减排的承诺。如果只是发达国家减排而发展中国家没有作出相应安排，那么会出现所谓‘碳泄漏’，因而一直颇有微词。发达国家还认为其只不过较早地使用了大气权利，并没有对发展中国家构成历史责任，排放权也应根据传统和习惯基于效率原则予以发放，通过市场就能达到最优状态，因此无需人为干预。”[62]发展中国家却认为只有当发达国家充分地实施了减排措施的时候，他们才考虑限制温室气体排放量。由于担心在排放配额分配以及项目实施和利益分配方面受到不公正待遇，发展中国家长期以来都对排放权交易及CDM项目过于警惕。[63]
作为国际气候制度的一项基本原则，共同但有区别责任原则存在着一定的局限性。首先，共同但有区别的责任原则不可避免地具有法律原则的不足——笼统，缺乏具体明确的内容。主要的问题在于区别责任没有一个标准可以遵循，能够肯定的只是发达国家承担主要责任，而区别标准的性质大多依赖于条约的目的。
其次，共同但有区别的责任原则是一项新兴原则，在国际社会得到更高的肯定和贯彻实施还需要时间和国家实践。基于美国对国际关系的深刻影响，缺少美国的实践不利于共同但有区别的责任原则未来的发展。
再次，来自于国家主权的限制。根据主权原则，每个国家有权自己决定是否加入某一国际公约。如果某个国家出于种种考虑而不加入相关的国际环境公约，国际社会没有具体制度对此进行救济。美国以经济利益受损等为由退出议定书，尽管国际社会对此严厉谴责却无法真正使美国承担责任。[64]俄罗斯也以加入议定书为筹码要求某些经济利益，在利益被满足后才加入了该议定书。
最后，应对气候变暖，需要先进的科学技术和雄厚的经济实力，发展中国家还不具备这些条件，无法真正平等和充分地参与谈判。公约虽然确认了共同但有区别的责任原则，但是可操作并不强性，其实施依赖于缔约国的自愿行为，很多条款对资金援助和技术转让的规定加有种种限制。目前虽然已经建立了资金的运行机制，但通过这些机制落实的资金始终有限，发展中国家受益的范围仍然很小。
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