地方党政领导环保绩效考核主体在考核活动中处于举足轻重的地位，它决定着考核标准的制定、考核范围的大小以及考核方法的选择，发挥着主导性作用，直接影响到考核工作的成败。
1．地方党政领导环保绩效考核主体缺乏独立性
现阶段我国地方党政领导环保绩效考核主体缺乏独立性，即缺乏建立在科学基础上的独立的社会中介评价机构和专家的参与等。目前我国地方党政领导环保绩效考核主体构成参差不齐，能够起到多大作用，在相当程度上全凭地方党政领导领导的素质和重视程度。首先，由于缺乏建立在科学基础上的专门独立的地方党政领导环保绩效考核组织，并且目前大多数地方党政领导环保绩效考核采用的是上级考核下级的方式，造成地方党政领导环保绩效考核主体和地方党政领导对象有着千丝万缕的联系，有着“—荣俱荣，一损俱损”的利害关系，这就使得地方党政领导环保绩效考核在考核过程中带有很强的本位、主观色彩，难以保持态度的科学性和客观性;其次，从作为地方政府行为相对人的社会组织和社会公众的角度看，政府部门自己考核自己的绩效，由于受内部人事关系的制约、自我认同心理以及自身利益驱动的影响，在考核结论中对事实真相的反映以及绩效的评判等方面难免会出现不尽客观之处，尤其是政府自身利益和公众利益冲突时，更会因为公众的偏见使得绩效考核结论缺乏公信力;再次，由于受传统文化的影响，政府部门工作人员习惯性地尊重权威，不愿或者不敢反驳上级，或者为了自身前途或为了讨好上级，会在地方党政领导环保绩效考核中根据上级政府部门的偏好提供不完全真实的信息[18];最后，在我国地方党政领导环保绩效考核组织通常是政府的派出机构，其资金来源于地方政府。即使有一些社会组织和公众代表的参与，也是地方党政领导指定，而非通过选举产生，这也会造成地方党政领导环保绩效考核主体的独立性不足。
2．地方党政领导环保绩效考核主体缺乏代表性
我国地方党政领导环保绩效考核主体是由上级政府指定，而非通过选举产生。虽然部分地方党政领导环保绩效考核实践中，也有社会组织和公众的代表参与。但是，由于这些参与地方党政领导环保绩效考核过程的社会组织和公众代表产生方式不尽合理，考核参与主体是由上级组织指定，而非通过选举产生，并且在上级组织指定参与主体的过程中，把一些与政府部门观点相左的社会组织和公众代表排斥在外，或者考核参与主体本身就是政府行为的既得利益者，或者与政府有利害关系等因素，都导致考核参与主体的代表性和广泛性有欠缺:不可否认，实践中有些地方政府也大张旗鼓、兴师动众地开展过名目繁多的民间考核地方党政领导环保绩效的活动，然而由于受地方政府领导者个人素质影响大，缺乏相应的制度保障，大都流于形式。这样不仅未能起到客观考核政府环保绩效的作用，反而被社会公众认为是“作秀”，降低了政府的权威和信用。
3．地方党政领导环保绩效考核主体信息的不对称性
地方党政领导环保绩效考核主体信息的不对称性。首先，目前在我国地方党政领导环保绩效考核中，政府公布的信息很有限并且及时性不足，造成地方党政领导环保绩效考核主体很难做到全面、及时地进行评价;另外，有些地方政府部门受利益取向的驱使会向考核主体提供带有虚假成分的信息，造成考核主体缺乏真实的信息，很难做出科学、客观的评价。
4．考核主体的确定尚未严格制度化
1993年美国公布了《政府绩效和结果法》，英国在1997年公布了《地方政府法》等，并要求地方政府按绩效考核制度来进行绩效考核工作。到目前为止，我国还没有形成完整的地方党政领导环保绩效考核方面的法案。对多元化考核主体的确定及其主体的权重设置等都没有进入制度化轨道。有些地方政府的绩效考核虽然引入外部考核主体参与考核，但是在宣布最终的考核结果时仍然是以上级的考核为主，其他考核主体作用非常有限[19]。
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