洪湖的管理体制历史上多次变更，1958年，荆州行署批准成立洪湖水产管理处，对洪湖及沿湖渔民实行统一管理;1960年，改为洪湖公社由洪湖县领导;1963年，恢复洪湖水产管理处，下设3个湖管站，但行政上不再管理渔民;1980年，省政府批准成立荆州地区洪湖渔业管理局，从业务上对两县市湖管站进行指导;1996年，洪湖渔业管理局对两县市湖管站实行人、财、物一条边管理。
2004年11月29日，湖北省委、省政府在洪湖召开洪湖生态建设现场会。时任中央政治局委员，湖北省委书记俞正声、省长罗清泉、省委副书记邓道坤、省政协副主席蔡述明以及省直24个厅局的领导莅临会议。会议决定对洪湖进行抢救性保护，提出了“统筹兼顾、突出保护，统一规划、综合治理，重在还湖、妥善拆围，属地管理、部门支持，落实责任、加强监管”的原则，拟定了11项具体工作任务。2005年1月7日，省委办公厅、省政府办公厅印发《省委、省政府关于加强洪湖生态建设现场办公会议纪要》的通知(鄂办文[2005]1号)。
2005年4月，省编委批准成立荆州市洪湖湿地自然保护区管理局，全面负责洪湖湿地的生态保护与科学利用工作，承担管理范围内的湿地保护、渔业开发、旅游航运等方面管理职能。管理局行政上隶属荆州市政府领导，业务上接受省林业局和省水产主管部门指导，同时撤销荆州市洪湖渔业管理局和洪湖市、监利县洪湖湿地自然保护区管理局。同意荆州市增加1名副市长领导职数具体负责湿地自然保护区的工作。2005年7月1日，荆州市人民政府办公室出台《洪湖湿地自然保护区围网拆除实施方案》，要求将洪湖2.10×104hm2围网分年度全部拆除。
2006年11月17日，省人民政府下发《关于荆州市洪湖湿地自然保护区管理局开展相对集中行政处罚权工作的批复》(鄂政函[2006]186号)，同意市洪湖湿地局具体行使湿地保护，野生动植物保护，渔政、船检港监管理，旅游管理和航运管理等方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。2006年12月6日，荆州市人民政府办公室出台《洪湖湿地保护区拆围渔民安置方案》，对安置对象、安置方式和安置步骤进行了严格规定，为实施洪湖抢救性保护奠定了基础。2008年，洪湖拆除全部2.51×104hm2围网，洪湖被世界湿地公约局列入《国际重要湿地名录》。
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