在1956年前,洪湖与长江相通,每当水生植物开始发育繁茂的五六月,正是江水上涨的时候,水生植物大多数被大水所淹,并被随江水倒灌入湖的草食性鱼类摄食,生长受限。那时湖中水草稀薄,而湖泊周围的芦、荻、棕苔、菰等较多,约占总水面的1/3。
之后洪湖与长江相隔,良好的自然条件适合多种水生生物生长,根据20世纪60年代的调查,洪湖水生植物有92种,其中优势种包括菱、莲、菰、芦苇、菹草、苦草、轮叶黑藻等等。据80年代初的调查,洪湖有高等水生植物70多种,比60年代有所减少,但覆盖度上升到了98.6%,主要分为湿生、挺水、浮叶和沉水四种生态类型分布,总生物量可以达到1.57×106t,浮游植物92种,生物量为2.438mg/L,全年生物量约1400t,浮游动物169种,生物量0.559mg/L,底栖动物66种,总生物量约4.4×105t。根据李伟等人在1992年的调查表明,洪湖水生维管束植物有118种5变种,隶属于36科67属,其中湿生植物52种,挺水植物31种,浮叶植物12种,漂浮植物9种,沉水植物19种。36个科中,禾本科含属最多,含有5种以上的科有蓼科、十字花科、菱科、眼子菜科、水鳖科、禾本科、莎草科等。菰、莲、菱、菹草、微齿眼子菜、竹叶眼子菜、光叶眼子菜、苦草、穗花狐尾藻等植物是湖中主要优势物种。根据卢山等在2002年的调查,洪湖湿地的植物资源有472种21变种和1变型种,分别隶属于116科303属,其中水生维管束植物有44科81属158种5变种,浮游植物有7门77属280种。
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