造成鱼类生病的自然环境因素很多，主要有以下几个方面：
1.物理因素
（1）水温：鱼类是水生变温动物，在正常情况下，它的体温是随外界水温的变化而变化的。如果外界水温突然剧变，鱼类难以适应，就会造成死亡。如在鱼苗运输过程中和鱼苗下塘时，要求水温变化不超过2℃；鱼种下塘时，要求温差不超过5℃，温差过大，就会引起鱼苗大量死亡。各种鱼类在不同的发育阶段，对水温均有一定的要求。长期的高温和低温对鱼类都会产生不良影响。如水温过高，可使某些鱼类的食欲下降甚至死亡。遇到寒潮，造成水温突变，对幼鱼的生长不利，甚至造成鱼苗死亡。饲养中遇到低温的情况比较常见，如罗非鱼的最低临界温度是7～10℃，若长期生活水温为13℃左右，则会因皮肤冻伤而生水霉病，导致陆续死亡。南美白对虾致死温度为9～12℃，水温长期低于16℃会引起抵抗力下降，生病死亡。草鱼、鲢鱼越冬期间的水温必须保持在2～4℃（1℃为危险温度），若在0.5℃以下，草鱼、鲢鱼、镜鲤会很快死亡。
(2)机械性损伤：在拉网捕鱼、鱼种运输、亲鱼人工授精等环节操作不当，容易造成鱼体受伤，引起组织、细胞的变性、坏死，同时伴有出血现象。同时鱼类若发生上述机械性损伤，易为致病细菌、水霉菌所感染。
2.化学因素
（1）溶解氧：水中溶解氧含量的高低对鱼类的生长和生存有直接的影响，在溶解氧较缺乏的水中，鱼类对饵料利用率降低，体质渐弱，溶解氧浓度低到1毫克/升时，家鱼就会发生“浮头”现象，如果短时间内溶解氧不增加并逐渐减少，鱼类就会因窒息而死亡。若溶解氧过饱和，则又会使鱼苗和鱼种患一种气泡病。
（2）酸碱度：我国饲养的家鱼对池水酸碱度（pH值）具有较大的适应范围，以pH值7～8.5为宜。如果长期生活在pH值低于5或pH值超过9.5的水里，就会引起家鱼生长不良或死亡。青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼在pH值低于4.2或高于10.4的水里，只能存活极短的时间，时间稍长就引起大量甚至全部死亡。鲤鱼在pH值低于4.4或高于10.4的水里也会引起大量甚至全部死亡。例如在江西上饶和广东连州，那里是酸性土壤的山区，鱼池的酸碱度一般在5～6.5，当地家鱼生长不快，体质较差，而且容易感染嗜酸卵甲藻而患打粉病。
（3）水中的化学成分和有毒物质：池水化学成分的变化往往与人们的生产活动、周围环境，以及鱼池的水源、生物活动（鱼类、浮游生物、微生物等）和底质等有关。如鱼池长期不清塘，以致池底腐殖质过多，并堆积了大量没有分解的有机物（鱼粪、剩余饵料等），在微生物的分解作用下，一方面消耗池水中大量溶解氧，同时还能放出硫化氢、甲烷、二氧化碳等气体，这些气体对鱼是有毒害作用的。有些地方，鱼池的土壤中重金属（铅、锌、汞等）盐类含量较高，当年鱼种长期生活在这种环境中，容易引起弯体病。由于工业废水排入江河、湖泊和水库，一些鱼池的水源受到了不同程度的污染，使池水中含有各种有毒物质，导致鱼池食料基础被破坏，鱼类发生死亡，生产的鱼肉变味等，直接威胁到渔业生产和水产品质量安全。
（4）氨氮、亚硝酸盐：在鱼类主要生长季节，当氨氮超过0.5毫克/升，亚硝酸盐超过0.1毫克/升时，表示鱼池受大量有机物污染。一般夏季精养鱼池总氨为0.2～4毫克/升，亚硝酸盐为0.05～0.4毫克/升，硝酸盐为0.1～2毫克/升。
1.放养密度不当和混养比例不合理
合理的密度、混养是养鱼重要增产措施之一，但放养过密，就必然造成缺氧和饲料利用率降低，从而引起鱼的生长快慢不匀，大小悬殊。瘦小的鱼，极易患病而死亡。每种鱼食性不一样，如果混养比例不当，就不利于鱼的生长，例如将同样数量和大小的白鲢与花鲢（又名鳙鱼）鱼种混养在一起，由于花鲢性情温和，抢食不及白鲢，因而生长不好，使花鲢产生萎瘪病。
2.饲养管理不当
投喂不清洁或变质的饲料，如腐败的水草、螺蛳等易引起草鱼、青鱼患病。另外，如果人工投饵不均、时投时停，造成鱼类摄食不均，时饱时饥，也是鱼类发病原因之一。在高温季节，如不保持水质清洁，草渣残饵不及时捞掉等，也易使鱼生病。
一般常见的鱼病，多数是由各种生物（病毒、细菌、霉菌、寄生虫、藻类等）传染或侵袭鱼体而致病，这些使鱼致病的生物称为病原体。另外，还有些天敌生物可直接或间接危害鱼类。
鱼病大致可分为传染性鱼病和侵袭性鱼病，鱼病的性质不同，则鱼病的来源和传播方式也各不相同。
1.传染性鱼病的来源和传播方式
（1）传染病的来源：
1）原发性来源：患传染病的病鱼是传染性鱼病病原体的贮藏者。即使病鱼痊愈后，在很长一段时间内，仍继续保持和排泄病原体，成为带菌者。病鱼的尸体和草食哺乳动物的未经发酵的粪便，也是传染病的原发性来源。
2）次发性来源：发病池塘的池水、底泥、饵料，对病鱼使用过的养鱼工具和网具等，在发病鱼池中使用后，又去接触没有病的鱼池，使无病的鱼池遭受污染而导致鱼病，这些都是次发性来源。
（2）传播方式：
1）病鱼或带菌鱼直接与健康鱼接触，或前者排出大量病原体到周围水体中，而感染健康鱼群。
2）带有大量病原体的病鱼尸体，可将大量病原菌、病毒散布于水体中，感染健康鱼群。
3）未经发酵的草食动物的粪便及其他动物的粪便，将大量细菌带入鱼池，引起烂鳃病等细菌性病的发生。
4）次发性来源的池水、饵料、养殖工具等，不经过消毒也可引起鱼病的传播。
5）许多水生动物和食鱼动物，如水生昆虫、两栖类、爬行类和鸟类等经常来往于病鱼池塘和健康鱼池塘之间，也能成为病原体的传播者。
2.侵袭性鱼病的来源和传播方式
许多水生寄生性的原生动物、蠕虫、软体动物幼虫、甲壳动物以及水蛭等，都能侵袭鱼体体表和内部各器官，引起鱼病。
在原生动物引起的鱼病中，凡带有寄生虫的鱼和病鱼的尸体，是疾病的主要来源，称之为第一性来源。鱼类多有集群的习性，活动时常常相互靠拢在一起，因此，鱼体皮肤上的口丝虫、斜管虫和车轮虫等，很容易从一条鱼传播到另一条鱼体上去。而很多鞭毛虫、纤毛虫都有暂时离开寄主自由游动的能力，这样就更增加了传播的可能性。此外，小瓜虫等在寄主死亡后，具有离开寄主进行繁殖的习性，如不立即把尸体捞去，就会扩大传播的机会。
凡携带第一性来源的物体，如被沾染的食料、养鱼工具、池水、池泥和水生动植物等，都是原生动物病的间接来源，也叫第二性来源。如球虫和黏孢子虫成熟后，孢子不断地自鱼体进入水中，沉落于池底污泥里，污泥就变成侵袭性鱼病的第二性来源。
关于蠕虫病方面，像指环虫和三代虫等，水体就是传播这些病原体的来源，它们的幼虫在水中，找到合适的鱼类寄主并进行侵袭。又如草鱼吞食了水中寄生着原尾蚴的刘氏中剑
（中间寄主），就间接感染了九江头槽绦虫。
寄生桡足类只有雌性成虫寄生到鱼体上，所产出的卵在水中孵化、成长，所以水体就成为这一类病原体的来源。
由鳃尾类鱼鲺寄生引起的鱼病则和寄生桡足类不同，鲺既能牢固地寄生在鱼体上，又能在鱼体上随时移动，并且还能脱离鱼体在水中自由游动。鲺将卵产在水生植物或池中较硬的物体上，因此，水和带有鲺卵块的水生植物及其他物体，就成为鲺病病原体的来源。
如果养鱼池的水源来自养殖鱼类的湖泊、水库和河道等，水源本身就可能带有侵袭性的病原体，因此将此水源引入安全的鱼池中去，往往会引起流行病的暴发。
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