细菌的分类与命名

第五节　 细菌的分类与命名

细菌种类繁多，性质各异。为了便于认识细菌，对细菌进行了分类和命名，并形成了既定的体系和公认的准则。

一、细菌的分类

《伯吉氏细菌鉴定手册》最初由美国细菌学教授D.Bergey编写，1923年出版，后几经修订，1994年面世第九版，描写了细菌各个属的性状及属内各种的简明比较。其姊妹篇《伯吉氏系统细菌学手册》是目前公认的细菌分类体系参考书籍。该书由美国细菌学家Holt主编，1984～1989年陆续出版4卷，2004年第二版面世。第1卷记录了医学及工业上有重要性的G^－菌，第2卷记录了医学与工业上有重要性的G^＋菌，第3卷收载了古细菌和蓝细菌，第4卷描写了放线菌。《伯吉氏系统细菌学手册》及《伯吉氏细菌鉴定手册》建立了细菌分类的公认体系。根据表型特征建立了一套动物致病菌检测程序，商品化的快速鉴定系统已应用于常规细菌学鉴定。

（一）细菌的分类单元

细菌的分类单元与动植物一样，也有纲、目、科、属、种的划分，有时在种下再分变种或型。其中最重要、最基本的分类单元是种，其次是属。科及科以上的划分在细菌学不太完善，而且随着研究的深入，科、属的划分会发生变动。例如，里氏杆菌原属巴氏杆菌属，现已独立建属；弯曲菌原属弧菌科，现已划出原来的科。

属是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显差异。不同属之间的16S rRNA序列有较大的差异，一般认为属间差异应大于7％。

种是生物在一定演化阶段，具有相对稳定性状特征的菌株群。凡属于同种的生物，均具有共同的基本性状特征。根据16SrRNA序列的异同，可作为定种的依据。凡是16S rRNA序列同源性在97％以上的菌株，即可确定为同一种。种是细菌分类的基本单位。

菌株表示不同来源的某一种细菌的纯培养物。具有典型特征的菌株为代表株，可供鉴定对比、研究和生产等使用。菌株是实际应用的基本单位。

参考菌株是首先被研究的菌株，其特征比其他菌株知道的多，一般具有代表性。参考菌株均由适当的菌种保存机构保存。

（二）细菌的分类方法

细菌的分类方法主要有4种。

1.传统分类法：选择较为稳定的生物学性状，如细菌的形态结构、染色特性、培养特性、生化反应、抗原性等，对细菌进行分类。

2.数值分类法：采用多项分类依据，如形态、染色特性、有无鞭毛及芽胞、生化反应、营养要求、致病性等数十个特性，依据等重要原则，将各实验结果转化成数字，通过电子计算机进行复杂计算，比较每一株与其他类同株，测定其相似度。根据相似度，区分细菌的种群，并确定各种细菌的亲缘关系。

3.化学分类法：应用电泳、色谱质谱等方法，对菌体组分、代谢产物组成与图谱等特征进行分析，从而对细菌进行分类和鉴定。

4.遗传学分类法：以细菌的核酸、蛋白质等组成的同源程度不同进行细菌的分类。目前较为稳定的遗传学分类方法有DNA的G^＋Cmol％测定、核酸同源性测定及核糖体RNA碱基序列测定。通过比较分子序列的同源性分类构建进化树是目前比较常用的方法。进化树是由相互关联的分支线条做成的图形，分支线条代表着属或种等分类单位。树还有时间尺度，其分枝长度代表着已经发生在两条线间的分子进化时间距离。

二、细菌的命名

依据《国际细菌命名法规》的规定采用双名法进行细菌的命名。每一种细菌的名称由属名和种名两部分构成，属名由拉丁文或拉丁化的名词构成，放在前面，且第一字母大写；种名用拉丁文或拉丁化的形容词或名词所有格表示，放在属名之后，所有字母均小写。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。将细菌的拉丁文名称译成中文时，中文译名顺序与拉丁名正好相反，种名在前，属名在后。

当属名首次出现时，需用全称；之后只用第一个或前两个字母代表即可，如用M.tuberculosis表示结核分枝杆菌，S.typhi表示猪霍乱沙门菌等。

细菌的拉丁文学名在翻译为中文时，由于译者不同，往往同物异名，造成不必要的混乱。为此，应尽可能采用公认的译名，一般教科书的名称均比较规范，此外可查阅《原核生物系统学》（陶天申等主编，化学工业出版社，2007）。

按照《国际细菌命名法规》，属以下（包括属）无统一词尾，属以上等级的名称，则往往采用不同的拉丁字尾来表示其分类级别。科的字尾为“-aceae”，目为“-ales”，纲为“-tes”，门为“-phyta”。