在积极推进改宪的第一次安倍晋三内阁（2006年9月—2007年9月）之后，包括民主党内阁在内的几任内阁未将修宪作为首要政策重心，但包括不少民主党人士在内，政界主要势力也从未放弃修宪意图。短暂成为在野党的自民党于2012年4月提出新修宪草案，其中规定日本国民必须尊重太阳旗、君之代，并增加了“国防军”等内容。2012年12月成立的第二次安倍内阁再次将修宪作为最主要的议题积极推进，从“修改宪法96条”到“解释改宪”再到“解禁集体自卫权”，从干涉NHK、内阁法制局人事到设置“国家安全保障会议”，从强行表决《特定秘密保护法》到强行表决“安全保障相关法案”，《日本国宪法》正面临战后又一次重大危机。对此，日本各政党、国民、知识分子以各种方式开展了相当规模的抗议活动。知识分子护宪运动及其指导思想一方面表现出与之前阶段的延续性，一方面也体现出了一定的新变化。
全国宪法研究会、民主主义科学者协会法律部会、九条会等团体在这一阶段都在以各自的方式积极发出声音，在指导思想上基本体现出原有的特点，但在危机面前普遍对立宪主义、民主主义有了更多的强调。全国宪法研究会仍主要将自身定位为学术研究组织，表示不以学会名义发表声明。但除定例研究集会外，该学会继续在每年5月3日举行宪法纪念演讲会。2014年演讲会听众超1000人；2015年演讲会以思考战后70年、何为宪法的历史精神为题，听众近900人。2015年7月11日，在安倍政府对安保法案进行强行表决前夕，全国宪法研究会组织了题为“从宪法看‘安保法制’”的紧急演讲会，学者们结合“砂川判决”分析“集体自卫权”及“安保法制”的问题所在，批评现政府破坏民主主义、立宪主义的行为。现任代表水岛朝穗表示，全国宪法研究会虽然不会发表声明，但学者们将以每个人的学术生命去努力。[42]总体来看，在各位学者的危机意识下，全国宪法研究会对于捍卫立宪主义的强调在不断增强。
民主主义科学者协会法律部会在这一时期，除指出民主主义与战后初期的关联性和在战后含义的丰富性，也对“民主主义科学者协会法律部会”的任务作出了这样的解释：“‘民主主义’意味着民众的联合、协作、参与，‘科学’意味着在法解释的同时认识法现象的重要性，‘法律’意味着在专业性的基础上对法加以整体性的把握。”[43]近年来，该会发表了《要求特定秘密保护法案废案的声明》（2013年12月）、《抗议变更日本宪法第9条解释、容许行使集体自卫权的阁议决定的声明》（2014年7月）、《反对安保相关法案（战争法案）、要求立即废案的研究团体共同呼吁书》（2015年6月）、《抗议安保相关法案强行表决、要求立即废案的声明》（2015年7月）。其中在主张基本人权与和平主义的同时，也明确指出相关法案的内容及其成立方式都与立宪主义相抵触，是对国民主权原则的践踏。[44]
九条会自成立时起就以捍卫宪法第9条为主要诉求，主要通过建立草根组织体现国民的声音。到2014年，日本各地各界的“九条会”组织已有7500个。2015年2月，九条会发表《阻止从根本上颠覆宪法9条的“战争立法”和改宪暴行——从全国草根层发出主权者之声》[45]的呼吁书，并组织各种学习会、发起请愿署名活动，各种规模的“九条会”也在全国各地的抗议集会中积极发出声音。除了和平主义的一贯诉求，九条会也批评安倍内阁“在国民多数表示反对的情况下进行强行表决，是在双重意义上践踏立宪主义的暴行”[46]。
“宪法再生论坛”除月例研究会外，在2008年、2009年针对当时的政治现状举办了如下演讲会[47]：
第9回2008年6月20日 早稻田大学
讲演：明田川融（法政大学讲师）、井原胜介（前岩国市长）
讨论：明田川融、井原胜介、水岛朝穂（早稻田大学教授）
司会：杉田敦（法政大学教授）
第10回2009年4月11日 法政大学
“民主政治的危机——有责任的政党政治如何建立”
基调讲演：佐佐木毅（学习院大学教授）
讨论：辻井乔（作家）、佐佐木毅、山口二郎（北海道大学教授）
司会：杉田敦（法政大学教授）
其后，虽然宪法再生论坛处于活动停止状态，但“以此为母体形成了‘宪法96条会’”[48]。后来成立的“立宪民主会”中也有许多学者是宪法再生论坛的成员。面对第二次安倍内阁制造的宪法危机，“宪法96条会”“立宪民主会”作为知识分子护宪团体的中坚力量发挥了相当的政治影响力。
2013年1月，第二次安倍内阁成立后不久即抛出意欲降低修宪门槛的“96条先行改宪论”。3月，在野党部分倾向改宪的国会议员（民主党、日本维新会、众人之党）成立了“宪法96条研究会”。5月，国会中的“以修改宪法96条为目标的议员联盟”（自民党、民主党、日本维新会、众人之党等，会长为自民党古屋圭司国家公安委员长）也重新开始活动，成员增至约350人。在此情势下，2013年5月8日，“96条会”的发起学者们召开会议起草声明书，选举东京大学名誉教授樋口阳一为代表，“96条会”正式成立[49]。该会由36名各领域著名学者组成[50]，其中12人都是宪法再生论坛的成员。5月23日，“96条会”在众议院第一议员会馆会议室召开记者发布会。6月14日，“96条会”成立演讲会在上智大学举行，听众达1200人。7月16日、9月28日，该会分别于同志社大学、国际基督教大学举行演讲会。11月16日，冈野八代等学者发起了“京都96条会”[51]，并组织市民与学者的宪法交流会。《朝日新闻》等媒体对这些活动进行了报道。
“96条会”的学者们思想观点多样，但共通一致的是捍卫立宪主义的思想。该会一大引人注目之处是，成员中包括曾长期任自民党学习会教师的“改宪论者”小林节。小林在安倍提出“96条先行改宪论”后表示，“我虽是9条改宪论者，但放宽修宪规则（修改第96条）是邪道。不能接受否定立宪主义的行为”[52]。“96条会”骨干人士表示，虽然自己的立场与改宪派学者不同，但在面对危机的情况下，学者们希望超越改宪/护宪的分界，共同捍卫立宪主义，而这样的“战略”实际取得了很大的成果。
学者们的行动对政界与舆论都产生了切实影响。在“96条会”正式成立之前，自民党干事长石破茂即表示：“坚定的改宪论者小林节庆大教授也持绝对反对的立场展开辩论，深受启发。……若要修改96条，不能不去回应所有的论点，看来有必要进行彻底的相关工作。”[53]日本维新会共同代表桥下彻也对樋口阳一、石川健治等学者在《每日新闻》《朝日新闻》上批评96条改宪论的文章表示了强烈不满。[54]由这些学者联合发起的96条会对议员、官僚、政治家造成的影响可以想见。在舆论方面，媒体人士表示“石川的文章是最近朝日‘观点’栏中反响最大的报道之一”[55]。而关于修改96条的舆论调查结果也在5月前后发生了重大的变化，普遍变为“反对”超过“赞成”。极少数主张修改96条与集体自卫权“合宪”的宪法学者之一、日本大学教授百地章也表示，关于修改96条，“4月9日NHK的舆论调查是赞成28％、反对24％，赞成数较多；4月20日《读卖新闻》的调查也是赞成42％、反对42％，呈对抗之势……其后可能是这些（笔者注：指学者们的行动）发挥了作用，此后的舆论调查中修改96条反对派势力增强了：5月2日《朝日新闻》的调查是赞成38％、反对54％，5月3日《每日新闻》的调查也是赞成42％、反对46％，都是反对派占多数。在最近的调查中也是如此：《读卖新闻》的调查是赞成34％、反对51％（6月11日），共同通讯社的调查也是赞成42％、反对51％（6月16日）”[56]。安倍内阁最终搁置“96条改宪”，转而寻求变更宪法解释，虽与公明党对修宪持慎重态度等因素相关，但学者们的行动在此发挥了不容忽视的作用。
其后，“立宪民主会”作为“发展地再生96条会”[57]的知识分子护宪团体，继续与政府的改宪行为进行针锋相对的斗争。2013年2月，安倍内阁重启“关于重建安全保障法律基础的恳谈会”（简称“安保法制恳”）。该会由14名学者、前官僚组成，但7次正式讨论会均有安倍及内阁官房成员出席，并有内阁法制局、内阁府国际和平合作本部事务局、外务省、防卫省的“观察员”各一名列席。[58]作为首相个人咨询机构，该会的研究结果并无法律效力，但其意在为改宪寻求依据、制造舆论，所扮演的角色几乎可以相当于岸信介政府时期的“内阁宪法调查会”。2014年2月，该会表示将在“4月之后的适当时期提出报告书”[59]。4月1日，安倍政府阁议决定以“防卫装备转移三原则”取代“武器出口三原则”。在此严峻形势下，4月18日，学者们在众议院第二议员会馆召开记者会，正式宣布成立“立宪民主会”，由奥平康弘、山口二郎担任共同代表，发起人包括来自法学、政治学、社会学、人文学科、理科等各个领域约50名著名学者，其中25人都是96条会的成员，12人是宪法再生论坛的成员[60]。学者们主张：“设置各种各样的制动机制，防止为一时民意所支持的当政者为所欲为、轻视个人尊严自由，这才是立宪民主。……当前要务，是在对特定政策表示赞成或反对之前，首先恢复以宪法为依据的政治。……并使议会不再只是多数决的场所，恢复其实质性的议事讨论与行政监督职能。”[61]4月25日，立宪民主会在法政大学举行公开演讲会，听众约600人。
2014年5月15日，“安保法制恳”向安倍提出报告书。5月28日，樋口阳一、小林节、长谷部恭男、最上敏树、爱敬浩二、青井未帆、伊势崎贤治、伊藤真等学者与大森政辅（前内阁法制局长）、孙崎享（前防卫大学教授、前外务省情报局长）、柳泽协二（前防卫省防卫研究所长、前内阁官房副长官助理）共同设立了“国民安保法制恳”，与安保法制恳直接形成对立之势。6月9日，立宪民主会召开紧急记者会，针对安保法制恳及安倍记者会发表见解，批判否定立宪主义的安倍政权是“从‘法治’到任意妄为的‘人治’的倒退”[62]。7月1日，安倍政府通过了以修改宪法解释解禁集体自卫权的阁议决定。7月4日，立宪民主会举行公开演讲会，并于同日在记者会上发表《对安倍内阁解释改宪的抗议声明》，抗议以阁议决定变更宪法解释“是从根本上否定立宪主义的行为”“是对国民主权与民主政治的根本挑战”[63]。9月29日，国民安保法制恳提出自己的报告书，要求撤回7月1日的阁议决定。10月7日，在政府公布新日美防卫合作指针中间报告的前一天，立宪民主会的《我们要容许政治的暴走吗？》由岩波书店出版发行。11月21日，安倍宣布解散众议院重新举行大选，意在以“问信于民”为名摆脱执政危机。11月26日，立宪民主会召开记者会，发表《关于安倍政权的解散·总选举的见解》，敏锐指出该解散意在“在支持率降低之前重新洗牌”，是“解散权的滥用”，在未解决“一票之差”问题的情况下再次进行总选举也是“对司法机关乃至国民的愚弄”，期待国民在选举中深思熟虑，对暴走政权表达反对意见。[64]12月1日，在对防卫指针中间报告问题进行研究后，国民安保法制恳也召开紧急记者会，发表了《关于我国目前被推进的安全保障政策的紧急声明》，指出“该中间报告脱离了宪法及日美安保的范围，是超过了行政府权限的对美公约，可谓我国安全保障政策基本方针的大转换。……事关我国根本的重大问题，在无视民主主义程序的情况下被推进，我们不能不对此抱有强烈的忧惧”，期待“身为主权者的国民的贤明判断”[65]。
2014年12月24日，在投票率创战后最低（52.66％）的众议院选举之后，第三次安倍内阁成立，继续强行推进安保法制。2015年4月29日，在未经国会、国民讨论的情况下，安倍在美国会发表演说时称安保法制“这一日本战后最大规模的改革，将于今夏之前完成”，表示就日美防卫合作新指针已与美国达成了一致。[66]在5月11日与公明党达成一致之后，5月14日，安倍政府再次以“阁议决定”通过安保法案，并于翌日提交国会审议。在自公两党占据众院绝对多数、民主党与维新会等内部意见多样、共产党与社民党议席极为有限的情况下，日本宪法与战后体制面临极其严重的危机。
对此，立宪民主会于5月13日发出题为“立宪主义的危机”的演讲会通知，6月6日演讲会当天听众达约1400人。国民安保法制恳也于5月15日召开记者会，发表了《要求撤回重视美国、轻视国民的新指针·“安保法制”的紧急声明》。6月3日，由爱敬浩二、青井未帆、君岛东彦、水岛朝穗等38名学者发起、173名宪法学者共同发表《反对安保相关法案、要求立即废案的宪法研究者声明》[67]。6月4日，在众议院宪法审查会上，作为参考人的三名宪法学者（自民党、公明党推荐的早稻田大学教授长谷部恭男、民主党推荐的庆应大学名誉教授小林节、日本维新会推荐的早稻田大学教授笹田荣司）全部认为安保法案“违宪”。这在朝野及社会各界都引起了巨大反响，被认为是转变形势的关键事件。此后，在野党士气受到鼓舞，各大媒体纷纷要求政府正视学者的批评，舆论调查也发生了明显的变化。例如，在6月5日《读卖新闻》关于安保法案在本次国会成立的调查中，与前次调查（5月8日）相比，“反对”的由48％上升为59％，而“赞成”的由34％降至30％；安倍内阁支持率也下降了5%。[68]
此后，6月15日，长谷部、小林在日本记者俱乐部、外国记者俱乐部召开记者会，谴责安倍政府的行为。同日，佐藤学、上野千鹤子、内田树、益川敏英等发起以60名各界著名学者为召集人的“反对安保相关法案学者之会”，并发表了《反对迈向“战争国家”的安保相关法案》的呼吁书（赞同学者2413人）[69]。6月24日，立宪民主会召开记者会，发表了《要求撤回安保法制相关诸法案的声明》。7月13日，国民安保法治恳也发表了《要求违宪的安保法案废案的声明》。7月14日、15日，国会前连日聚集着2万—6万抗议民众。但安倍内阁无视在野党及学者的批评，无视6成国民反对、8成国民认为说明不充分的事实，于7月15日再次以强行表决方式通过“安保法案”，激起了各界的广泛愤怒。对此，立宪民主会于同日发表《抗议安保法制在众议院特别委员会强行表决通过的声明》。7月20日，“反对安保相关法案学者之会”召开约150名学者的记者发布会并发表抗议声明。7月28日，“反对安保相关法案的宪法研究者”204人发表抗议声明。同日，立宪民主会学者的宪法问题论集《向安倍式改宪说NO！》由岩波书店出版。7月31日，学者们与学生团体SEALDs共同组织了4000人规模的抗议集会游行。
在学者们与各界国民的积极行动下，形势发生了切实的变化。在众议院审议中，安保法案的违宪性成为焦点之一。在舆论调查中，不但安保法案“反对”大大高于“赞成”，连长期居高的内阁支持率也发生了大幅逆转：[70]
7月27日安保法案进入参议院审议后，法案的违宪性仍是在野党追问的重点，而安倍内阁开始直接以“中国威胁”“周边安保环境”等作为说辞，试图回避违宪批评。但许多学者已在各个场合表示，招致邻国关系、周边事态紧张的正是安倍政府自己。例如，立宪民主会在7月15日的声明中指出，即使出现相关问题，亦属于“个别自卫权”而非“集体自卫权”的应对范畴；而更重要的是，“通过与邻国继续对话、增进信赖，使潜在的威胁逐渐减少，这些才应当是政府的使命。以近邻诸国的威胁为借口，以不明确的形式扩大军力行使范围，反而才会招致邻国的不信任、引发威胁日本安全的事态”[71]。
在政府预计于9月中旬通过法案的情势下，各界抗议达到高潮。8月26日，“反对安保相关法案学者之会”发起“100所大学有志共同行动”并召开记者会。8月30日，国会前聚集的抗议民众达12万人。9月11日，长谷部、杉田敦主编的《安保法制的问题在哪？》由岩波书店出版。NHK舆论调查（9月14日）显示，对安保法案在本次国会成立“赞成”为19％、“反对”为45％；认为国会审议“充分”为6％、“不充分”为58％。[72]但政府仍于9月15日、16日召开公听会，并计划于会后立即总结表决。对此，各界民众强烈抗议。15日，小林节作为中央公听会参考人再次强调安保法案违宪。16日，樋口、长谷部、岛薗进、西崎文子等学者在早稻田大学、东京大学召开紧急演讲会；立宪民主会在参议院议员会馆前举行街头演讲会并参加抗议集会，樋口、长谷部、千叶真、坂口正二郎、青井美帆、石田英敬、中岛彻、石田宪、齐藤纯一、石川健治、广渡清吾、西谷修、山口二郎发表演讲，NHK、朝日、每日等媒体都对此进行了报道。
在国会前连日聚集着数万抗议民众的情况下，参议院最终于9月19日凌晨以执政党多数通过安保法案。但各界行动实际改变了政治议程和社会舆论，而学者与国民早已表示，目前的斗争只是开始，即使安保法案通过也将继续各种运动。截至19日，“反对安保相关法案学者之会”表示将于20日召开“学者之会100人抗议声明”的记者会。小林节表示将由学者等组成100人规模的原告团、1000人规模的辩护团对安保法提起违宪诉讼。立宪民主会发表了《对安保法案强行表决的抗议声明》，表示将为废止违宪法律、恢复立宪民主尽最大努力。
总体而言，目前的知识分子护宪运动组织多样，学者们的立场和出发点也不尽相同，但从护宪思想来看，在此期间知识分子护宪团体最有代表性的是立宪主义的思想。从《“96条会”呼吁书》开始，学者们即表示：“96条能否得到捍卫，并不单纯是手续上的技术性问题，而是事关‘宪法限制权力’的立宪主义本身的重大问题。……在被裁定为违宪的选举中选出的现任议员们本来有资格谈论修改宪法吗？……目前的96条改宪论，是在此前的众议院选举中一时占据多数的势力的暴举，是无视宪法的存在理由、妨害国民所有的宪法修改权应有的行使方式的行为，对此，我们呼吁反对运动。”[73]到目前为止，以立宪民主会的思想为例，此阶段的知识分子护宪思想有以下特点值得关注。
首先，立宪主义、国民主权为护宪的出发点，但其中更为突出强调的是立宪主义。学者们反对“集体自卫权”、安保法案等的首要原因是“安全保障相关法案明显违反宪法。轻视立宪主义、未向国民充分尽到说明责任的政府，不能赋予其事关安全保障重大政策判断的权限”[74]。学者们批评安倍政府解散国会是滥用解散权，是对司法机构和国民的愚弄；批评仅建立在阁议决定之上的“对美公约”是“损害国会这一唯一立法机关的权威、轻视国民主权的行为”；批评首相、大臣在国会审议中奚落议员、贬低宪法是“不尊重以作为国权最高机关的国会为中心的立宪民主政治的行为”；指出“首相自己也承认，对于法案，‘国民的理解未获进展’。而在各种调查中，大多数国民也认为法案在本次国会成立是不必要的。在这种情况下强行表决通过法案，只能说是否定议会制民主主义的行为”[75]。在向国民指出问题所在的同时，学者们也积极参与行动，体现了作为学者和国民的责任感。这些都体现了国民主权的精神。
与此同时，作为一个团体，立宪民主会强调立宪主义是对权力的限制，强调一时在选举中获取多数并不意味着就可以为所欲为，不能随意变更宪法解释，不能凌驾于宪法。“如果在选举中获胜即以万能的为政者自居，认为连立宪主义、议会民主主义的原则都可以随意左右，那只能说是‘选举独裁’。”[76]也就是说，在主张国民主权的同时，“立宪主义与民主主义可能的张力”也是学者们的问题意识。到目前为止，学者们的关注点更多地在于主张通过立宪主义限制权力，对于国民主权的根本性意义、启蒙国民主体性意识等方面尚未充分展开。鉴于现实政治形势的紧迫性，当前以立宪主义为主要强调点有很大的现实意义，但在长期斗争的可能性之下，对国民主权的进一步强调值得期待。
其次，学者们的分析建立在对安全形势的现实思考上，并非基于理想化的和平主义理念。在批判法案违宪的基础上，学者们指出：“首相举出的显示集体自卫权必要性的事例，都是在军事常识上不成立的‘纸上谈兵’。”[77]“如果日本的周边安全环境持续恶化，与将有限的防卫力量扩散到全球相比，集中于专守防卫可能才是合理的判断。而且，政府认为允许行使集体自卫权会增强遏制力量、有利安全保障，但如果日本增强遏制力量，对方也会进一步强化军备，结果可能会使安全环境恶化（安全困境）。如果形成军备竞赛，面临少子高龄化、财政赤字等深刻问题的日本，将会直面更大的危险。”[78]
学者们还具体指出：（1）一旦取消“战斗区域”与“非战斗区域”的区分，日本会更有可能被认为与外国军队“一体”，日本国内将更可能受到攻击，若发生针对核电站的打击将是毁灭性的。（2）“在与他国共同参加军事行动后，日本以超出‘必要最小限’为由单独退出是不可能的。在行使集体自卫权成为可能之后，日本以超出‘必要最小限’为由拒绝美国的行使要求也是不现实的。”（3）日美安保条约已写明，美国实现条约义务要基于本国宪法规定及相关程序，需要联邦议会的承认，因此“对日美安保的过度期待”是有问题的。（4）“在‘集体自卫权’的名义下，许多非正义的武力行使被正当化。考虑到这一情况，允许行使集体自卫权将会使日本被卷入不必要的国际纷争，在中长期来看不利于安全保障。”[79]鉴于以上情况，学者们表示应通过与邻国的对话和国际协调解决紧张局面。可以看到，以上分析的逻辑是相对现实主义的。
最后，护宪思想的出发点和方向性多样，“违宪论”并不一定等于“护宪论”。如前所述，在紧迫局势下，学者们超越“改宪”“护宪”的界限，就捍卫立宪主义达成了一致。但在立宪主义之外的部分，学者们的差异并未消除。主张安保法案违宪的学者对于自卫权、安保政策、修改宪法的态度并不一定完全一致，有些学者明确持改宪论的观点。对于“立宪主义”的含义，以及立宪主义与民主主义、和平主义、基本人权等基本原则之间的关系，学者们的见解也可能十分多样。
例如，立宪民主会2014年6月的见解中称：“自卫队在宪法九条下专以本国防卫为念，除反击侵略之外，不主动攻击他国，这一框架在战后半个多世纪以来的政府宪法解释中是固定的。单凭某一内阁的解释对此进行变更，是超过了负有尊重、拥护宪法义务的阁议决定的界限的。”“行使集体自卫权并非宪法所授权的范围。这是依从迄今为止的政治的‘法’，其所显示的‘方向性’意味着宪法上重大原则的变更。如果要进行如此重大的变更，就必须向国民真诚如实讲述、经过国民的熟虑熟议、通过正规程序修改第九条。”[80]在2014年其他几次声明、见解中，“重大原则转换需要修改宪法”的提法也多次出现。也就是说，政府一贯的宪法解释与个别自卫权在这里是被认可的（至少并未被直接反对），而修改第九条也有可能不是绝对的禁忌（虽然其前提是国民意愿与正规程序）。那么，一旦政府解决了“正规程序”等问题，上述思想是否也有可能与改宪论发生联系？此外，虽然学者们注意到了以“集体自卫权”名义将武力正当化的问题，但“个别自卫权”即便可以成立，是否就不会被用作武力正当化的借口？这些问题在当下尚未成为突出矛盾，但由于事关“如何捍卫立宪主义”“如何避免‘立宪独裁’”的问题，如何处理内部思想的多样性可能也是未来知识分子护宪团体不容忽视的课题。
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