老大死了，老二接上吧，谁上都不忙，国家大事都由吉斯兄弟安排。面对吉斯兄弟专权，儿子被架空，到底美第奇太后是怎么想的呢？
这个一直很淡定的女人比较奇怪，她叔叔是罗马教皇，按道理她应该是非常虔诚的天主教徒。而就是在宗教这个问题上，看出了这个女人的智慧。那就是不必拘泥也不用偏执，一切以王权为重，哪边对自己的权势地位有利，她就支持哪边。如今吉斯兄弟势大，所以太后更愿意扶持与之抗衡的力量。
1562年，吉斯公爵出差返回巴黎，经过香槟省瓦西镇的一个谷仓，当时正好有一群新教徒在里面经行宗教活动，祈祷声、歌声还有吉斯公爵听来非常胡言乱语的声音让他顿时心烦意乱并火冒三丈，他下令立即驱散这群人。打断人家宗教仪式，教徒们当然不干，于是跟吉斯公爵带的人马冲突。吉斯公爵是正规军队，一动手，新教那边近300号男女老幼就灰飞烟灭了。
“瓦西惨案”一传出，新教徒自然要报复。因为新王继位，孔代亲王获得了赦免，所以再次成为首领，组织这场对天主教正式的战争，也就是著名的“胡格诺战争”。
1562～1593年，30多年，打了8次也停了8次，每次都以各种条约停战。基本可以说，每次的条约都是在逐步放宽对新教的限制。所以不管这场战争对法国造成多大的破坏，至少新教在战斗中逐渐站稳了脚跟。
查理九世本来就身体不好，神经也不太健全，这样的内战让他每天“鸭梨”（压力）很大。好在有美第奇太后坚强的扶持，母子俩还到法国各地巡视、参观，了解战争动向。
美第奇太后在战争中起了很重要的作用。她一直尝试在天主教和新教之间做一个平衡的筹码，不过她有时是在灭火，有时是火上浇油。
为了控制和加压吉斯兄弟，美第奇太后扶持当时的海军上将科利尼。科利尼是胡格诺派的，在战争第一阶段，因为科利尼的势力，新教获得了比较有利的条件。科利尼总在宫廷里走动，几乎是查理九世最亲密的阁臣，而科利尼经常鼓励查理九世拿出一个国王的威风，不要总是长不大，什么事都要咨询母后。查理九世显然是很受教，渐渐地，跟太后说话就露出了端倪。
美第奇太后年轻时抓不住老公，年老后不想再抓不住儿子，而且她很享受垂帘听政的状态，如果谁不许她坐在帘子后面，她就会很想杀人。
1572年，战争已经打过三场，双方损失都很大，吉斯公爵和孔代亲王都战死，但是胡格诺的军队步步进逼，几乎逼近了塞纳河。太后再次出面求和，为了安抚两派，摆了个和局，让自己最小的女儿玛格丽特嫁给纳瓦尔的国王亨利。
纳瓦尔的亨利是孔代亲王后胡格诺派的领袖，也出自波旁家族，算算背景，他是卡佩王朝圣路易的后代。亨利预备迎娶的小公主玛格丽特则是美第奇太后存活于世的孩子中最小的一个。这个公主是欧洲历史的大明星之一，大家应该都认识，我们喜欢叫她“玛戈皇后”（好多女“地主”就等这一段呢，不过这段故事要到后面去说）。
1572年8月18日，公主大婚，也算是胡格诺派的一场胜利，所以许多教徒聚集巴黎，为纳瓦尔国王亨利欢呼。8月22日夜晚，科利尼从卢浮宫出来，遇上刺客，好在他只受了轻伤。来参加婚礼的胡格诺派还没离开呢，听说科利尼遇刺，都很激愤，声称要报仇。
查理九世现在非常倚重科利尼，听说他遇刺，也发飙，张罗着要严惩凶手。这时，太后走过来阴沉地说：人是我杀的，你要严惩凶手，难道是让老妈偿命？！查理九世傻眼了。作为一个柔弱的男人，傀儡的君主，他不敢反抗老妈，更不敢想象没有老妈的日子怎么应对。
太后看出了儿子的懦弱，跟他摆事实讲道理：现在的局势，两个选择，要么把老妈和动手的吉斯公爵（新接班的）交出去，平息胡格诺派的怒火；要么趁胡格诺派重要人物都聚集在巴黎的大好机会，一举将他们剿灭。
查理九世经过痛苦的思索，最后选择了老妈。传说忧愤之下，他差点对自己的老妈使用暴力，但是最终，他缓缓地下旨：杀！务必干净彻底！他想，既然横竖要动手，就不如杀干净一了百了，防止以后有人知道这内幕，他落下恶名。
8月24日，吉斯公爵的人马首先进入了科利尼的寓所，老将军一听动静就知道大势已去，非常淡定地接受了死亡。当晚，那些因为婚礼入住卢浮宫的胡格诺派贵族全部遭到屠杀，巴黎市内的教徒当然也没有幸免。几天后，暴力向全国蔓延，没有防备的新教徒们都冷不丁地遭了毒手，屠杀持续了几个月。这就是欧洲历史上著名的“圣巴托罗缪之夜”。
到底这次杀了多少人，历史资料也没有权威的数据，有的说几千人，有的说几万人，还有人说超过10万人，不用深究了。总之，经过这个事件，胡格诺派不再相信任何王室的伪善条件，而天主教阵营既然撕破了脸，索性也就不再寻求和解之道，双方不死不休吧。
死这么多人，新郎官获得了幸免，倒不是因为太后怕闺女守寡，是亨利灵活懂变通，看着形势不对，马上同意了放弃新教，皈依天主教。后来他设法逃出了巴黎，回到胡格诺派的阵营，宣布在巴黎的投降是情势所逼，他还是胡格诺派的信徒。
经过这么多事，本来不太健康的查理九世就更加神经质了，可怜得了神经病并没有让他更精神。1574年，24岁的查理九世死于肺结核。他这样柔弱的人做了那样重大的决定，然后又看到超出他想象的血腥结果，弱小的心灵饱受摧残。所以，他是被吓死的。
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