卫三畏《中国总论》的一个主要目的便是“用真实的叙述还中国一个公道”，如上所述，他对中国政治制度、社会道德、生活习俗、科技发明等方面，在纠正当时西方流行的偏见，并在观察分析的基础上得出了较为客观的认识。但是，在对这些流行偏见的纠正中，卫氏极力想找出西方文化和中国文化中的“相似性”和“相通性”，于是，在某些时候用基督教教义不恰当地比附儒家文化思想。
当时，新教传教士大都以基督教一神教作为判断宗教的唯一标准，根据这一标准，“偶像崇拜和迷信盛行”成了中国宗教的主要特征。
为了纠正这一简单化认识，卫三畏力图在中国宗教中寻找合理化成分。在研究的基础上，他指出中国宗教和别的宗教相比有两处值得称道之处：其一，中国宗教含有人道主义成分。在中国宗教中“找不到教导人们以流血来赎罪的宗教体系，也不存在其他宗教中的残酷性”。其二，中国人的偶像崇拜不存在肉体方面的神化，所以能够适当地节制欲望的放纵。不像“许多其他异教国家那样，以宗教的名义，掩护、鼓励放荡的仪式和狂欢，窒碍崇拜者的思想，污染他们的心灵”。[19]
这里，卫三畏从基督教的视角，观察到了中国宗教中某些不易为我们所看到的面相。佛教主张“万物皆有佛性”，道教强调人与自然的一体和谐，其中都没有血腥的教律，与基督教“十字架精神”相比确实有其人道的一面；在对欲望的节制上，佛教主张六根清净，不仅仅主张节制，而是主张“灭绝”欲望。道教以阴阳调和为旨归，其中确有节制欲望放纵的成分。但是，和其他宗教相比，这两个特征其实只是在教义方面的一些差异。其中佛教、道教教义的深邃、繁复之处实非这两个特征所能概括。因此，卫氏的这种说法已经显得牵强。然而，他对中国宗教方面合理性的寻找远没有到此结束。
如前所言，当时很多新教传教士将在华传教受阻归因于中国民众的文化对抗心理，并认为这一对抗心理和儒家思想中的“崇古”有关联，是因为“崇古”导致中国人向往先王时代而漠视基督教。为了传教，他们否认中国传统文化的价值，进而将“崇古”等儒家思想看作阻滞中国文明发展的根源。
针对当时对于崇古心理的批评，卫三畏从历史的角度看待这一文化心理的由来和实践价值。他认为，儒家思想中的“法先王”是因为圣贤教训（也即先王之制）是先王政治实践中产生的经验总结，并为后来中国社会的发展奠定了政治理论基础。而且，先王之制也是中国“民族一致性和持久的理由”，客观上维护了中华民族文化的悠久传承。卫氏这里能从历史的眼光看待中国文化心理的来源实属难能可贵。
可是为了进一步说明崇古心理的积极因素，卫氏作了过度诠释。他认为先王之制为中国社会以后的发展奠定了理论基础，使得“中国是在纯粹专制政府理论下坚持民主习惯的唯一异教徒国家，这一政府尊重臣民权利，将他们置于法律保护之下，有法令和法庭，在公众心目中君主维持他的同时承认在上的神灵会责罚他”。[20]质言之，中国的先王之制为后来中国的政治奠定了民主、法制的基础。
我们知道，儒家思想中的“先王之制”形成于中国社会从父权制向国家过渡的时期。在宗法社会向国家的过渡中，中国的社会保留了宗法制的残余。尽管宗法社会中确有原始民主制的影子，但向国家过渡的过程中，保留更多的是父权制的色彩。反映在政治理念上，父权家长制的观念远远超过原始民主政治因素，而先王之制正是这种政治思想的体现。其中有父权制下的民本思想，但民本和民主大不相同，所以，中国的先王之制中并不存在卫氏所说的为以后的民主政治奠定基础的成分。
再者，卫氏认为中国是在纯粹专制政府理论下坚持民主的唯一国家也与史实不符。因为，中国传统社会尽管带有宗法制的残余，但是国家机器建立后，政府与民众的对抗成为社会的主要矛盾。在中央集权制加强的同时，君主的权力也在无限制地扩大，到明清时期，君主专制达到顶峰，严重阻滞着民主政治思想的萌发与成长。因此，中国社会根本找不到卫氏所说的那种专制政府下的民主。而卫氏此处将先王之制与民主政治相比附，实际意图是想在承认儒家文化价值的前提下，凸显西方文化和中国传统文化之间的相似性，以此说明儒家思想实际和基督教教义无本质上的不同，进而消弭中国民众对基督教的文化抵触心理。
在看待中国社会道德时，卫氏反对当时流行的简单化批评，并从道德法则和道德实践两方面客观地分析了中国道德的实际情况。但是，紧接着，卫氏将中国传统文化中的敬重亲长和基督教教义中的第五诫[21]联系起来，认为“中国人民和中华帝国长期以来就是遵从上帝律法的良好的了不起的标记，他们只是将其铭刻在心，而不是用手写下来”。[22]
这里卫氏又是在用基督教教义来比附中国传统文化，认为中华民族的传统美德和《圣经》中摩西十诫的第五诫是一致的。客观地说，卫氏这里认识到尊老爱幼是东西方也是全人类的道德要求。但是，如果我们作进一步的分析，卫氏之意并不在于说明中西之间道德要求的相通性，而是要说明中国传统是在遵从上帝的旨意，即认为中国文化实际上也是由基督教衍生出来的。其实际目的还在于说明儒家思想和基督教义不相冲突。事实上，中华民族尊老爱幼的传统美德和上帝的第五诫都说明远古时期，中西先民文化中重视文化传承，敬奉亲长是他们的共同性。但中国文化中的敬老爱幼是中国民族文化的传统，和上帝的第五诫并无关联。但卫氏的此类比附实即开启了19世纪后半期新教传教士“中西会通”的先声。
在肯定中国文明某些方面的时候，卫氏除上述这类用基督教教义不甚恰当地比附儒家传统文化之外，对某些方面的认识还带有夸大、溢美甚至失实之处。
在有关中国政治制度的介绍中，卫氏认为中国的科举制“使中国再次免于分裂成许多王国。可以恰当断言，这样的考试比其他任何单一的原因在维持中国政府的稳定并说明其连续性之上已经做出更大的贡献”。因为科举制“对每个人的最高才干和精力开放，但它对世袭权力完全中立。因为世袭权力或迟或早成为既得利益的寡头统治集团或占有土地的封建贵族”，实际上打击了世袭贵族集团，有效地维护了中央集权制。此处，卫氏观察到科举制度对维护中央集权制的重要作用，尤其是敏锐地察觉到科举制对世袭贵族集团的打击。中国隋唐时期的科举制正是出于打击六朝以来世家大族所采取的措施。但是，卫氏接着就走过了头，他推崇科举制度，进而认为科举制度“将一切人置于平等的基础之上，据我们所知，人类本质还没有这样的平等”。[23]
中国传统社会的科举制是中古时期重要的政治制度，其主要目的如卫氏所认识到的是为了解除六朝以来世家大族对统一帝国的潜在压力。和此前的门阀世族政治相比，科举制使得庶族阶层也得以参与政治管理，客观上打击了世族制度的残余，也扩大了参与政治的社会群体。但传统社会的科举制并不能达到卫氏所说的“人类本质上还没有的平等”，因为这一制度尽管扩大了参与政治的社会范围，可是其中本身就对参与选拔的对象有限制；再者，科举取士需要士子有坚实的经济后盾，走卒贩夫的贫寒之家是无法承受这一费用的。因此，卫氏这里实际上只看到了科举制度的表层而没有深入到制度的实质，或许这与他反对当时美国南部种植园主经济有一定的关联。
卫氏在述及中国的社会习俗时也提到中国的婚俗。在卫氏看来，中国的婚俗非常完美，包办婚姻“强迫青年人履行父母订下的婚约，使青年在最易于放荡之时有了保障，在引诱最强烈之时结婚了事”；而女性不能参与社会事务在他看来“消除了罪恶的主要起因”。[24]实际上，包办婚姻、歧视女性是中国传统社会中父权制残余的负面表现，是传统社会的毒素。卫氏对此赞不绝口显然是异想天开。
在谈到中国文字时，卫氏一反当时传教士对中国文字的偏见，但卫氏在纠正这些偏见之时，对中文的认识又显得失实、夸大甚至溢美。他认为中文拥有惊人之美。“在熟悉其组合部分之后，这种文字的表现特色，句子的含义能够使人触目生情，从简洁而生锐气，全然没有西方语法的词尾变化，偏于使用语助词，为其风格增添气势，这是任何拼音文字难以达到的”。他引用马礼逊的话，认为中文佳作以一种生动的闪光冲击人心，有一种力量，有一种美，都是拼音文字做不到的。因此，和其他语言文字相比，中文更适合于作为全球的交往媒介。[25]
我们知道，汉语没有词尾变化，中文句子可以使人触目生情，这是和西方文字相比的特点，因为任何一种语言文字都有其独特之处，而独特之处却未必就是优点。至于卫氏说到中文更适合作为全球交往的媒介，真不知缘何而来。这或许是卫氏汉语研究而产生的对汉语独有的一种偏爱。
从以上论述看来，卫三畏在纠正当时西方流行的对中国的偏见时，其中既有不恰当的比附，也有夸大、失实和溢美之处。这些实际上都偏离了客观、如实反映中国的出发点。
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