元代棉花传入江南之后，高乡转而以棉花种植为主，该时期高乡干田化的地理环境变化正好促成棉花推广的契机。顾清泰《棉花十二咏》序曰：“棉花遍栽云间、娄东滨海之区。”[50]可见在古代云间、娄县故地的基础上，后来往东扩展出的土地均为棉花栽种区，自明初以后出现棉田不断增长的趋势。清光绪《重修华亭县志》证明了这一事实：“向惟浦北朱家行、浦南沿海等处田高土燥，多种木棉，其余各乡只于沟塍隙地种之。自遭兵灾，民生日蹙，无力买牛、养猪及购农具，于是改禾种花者比比焉。今六磊塘北种花已十之三，再东北十之七焉。”[51] 当然，除地理环境的因素外，宋元之后江南人口的快速增长与土地资源紧张的矛盾，也是促成以棉花产业为中心的商品经济进一步发展的推动力。
高乡缺水易旱的自然条件与潮汐带来的泥沙使土壤变得疏松，透气性强，适合种棉，这在新开发的滨海平原表现得尤为明显，正如清光绪《松江府续志》所云：“郡东奉、上、南三县，地形较高，种棉豆多于粳稻，而棉尤盛。妇女与男子共作苦。盛夏秉锄耘草于棉田，俗谓脱花……其种稻者不过十之三四，迟种易获，八九月已无遗秉，盖田土高厚，冬无积水，太阳之气晒入土中，一经冬雪，土尤松美，故易长发，非若西北各县地势洼下者比，然其戽水亦差难云”。[52]
但明清时期高乡以植棉为主，并不意味着水稻种植被抛弃，而是形成了棉稻轮种的格局。也就是说，在原来植稻的基础上，人们对经济作物的重视后来者居上。徐光启《农政全书》云：“高仰田可棉可稻者，种棉二年，翻稻一年”；“种棉二年，翻稻一年，即草根溃烂，土气肥厚，虫螟不生，多不得过三年，过则虫生。”在清代的南汇县，则“今岁稻，来岁花、豆者曰翻田”[53] 。清代宝山县罗店镇共四十二图，其种亦宜木棉，而不宜禾，但“久种棉花，又苦蔓草难图，故三年种花必须一年种稻，所谓七分棉花三分稻也”[54] 。可见棉花与水稻轮种，有助于恢复土壤肥力和减少草病虫害，体现了民间对土壤生态的理解和把握，但民众生计依靠的主要还是棉花商品化所带来的收益，水稻产量相对较小，不足的口粮由售棉所得来兑换。
高乡之人不放弃种稻，与长期以来在吴地形成的以稻米为主食的生活习惯有关，在民间认同的食物结构中，小麦等旱作物只是作为米食不足时的口粮补充。尽管宋元时期随着北人南迁的潮流，小麦也在江南人的食物中占有一席之地，但佃农向业户缴租、业户向政府纳赋依然以稻米为正粮。在棉花推广种植之后，人们以售棉所得收入购入稻米以为食用，只有在荒欠年份或青黄不接之时，麦类食物才作为应急之用。例如清《月浦志》曾记载乾隆二十年发大水，米贵布贱，有食观音粉致死者，当时政府倡导播种荞麦以为救荒之策，认为“其性无毒，南人食之，亦可养生。设令五、六月间，花稻俱荒，急令播种荞麦，至八九月间，即可收获”[55] 。东乡人虽种植元麦、小麦等麦类，但这些作物从来是作为稻米的辅助食物，麦子的地位与番薯、玉米等杂粮一样，从未逾越稻米之上，权且以如下两则史料为证。清上海县《法华镇志》云：“元麦，有赤、白二种，种植与大、小麦同，获较早。磨粉，堪作饭。食之耐饥，土人赖饱以力耕。”[56] 清光绪上海县《二十六保志》云：“农耕者最勤苦，植木棉多于秔稻，秋冬种菜麦，小麦以为面，圆麦磨粞，杂米食之。”[57]
棉稻结合的种植模式逐渐塑造了具有高乡特色的聚落形态。棉花生长的需水量比水稻要小，适合高乡河道窄小缺水、戽水不易的特征，但一方面植棉毕竟还是要经常灌溉；另一方面，虽然水稻的种植量小于棉花，但对灌溉与河道的距离却有更高的要求。这就使得高乡农田与河道的依存度仍然很高，河浜必须深入田间，以保障农田灌溉用水。所以从外在形态来看，高乡水网整体上类似于低乡，但河道与房屋的关系却相对疏离，住宅可以建在离河道稍远的地方，因为在船只交通并不占主流的情况下，河道稍远并不影响取水和洗涤。
在高乡地带，具有蓄潮功能的小泾小浜即可满足棉花种植的一般需要，泾浜呈现出弯曲、杂乱、长短不一的格局，亦由蓄潮的需要和微观的地势所决定。对于住宅来说，泾浜主要起蓄水池的作用，所以屋宅在哪里，浜就开在哪里，随着村落的扩大，泾浜也可以随之延长并改变形状。所以在明清时期的高乡，泾浜在整体景观中的地位有所下降，泾浜规模也趋于缩小，可称泾浜者，一般为“特小之者尔，广不过四五尺，不能容舟楫”[58]。
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