为了加快科学理论的传播和影响，马克思决定分册出版《政治经济学批判》[108]。1859年1月，马克思在贫病交加中完成了第一分册，但是却无法把它寄走，“因为身边一分钱也没有，付不起邮资和保险金”[109]。直到恩格斯寄来两英镑，才将书寄出。随即马克思又补写了《〈政治经济学批判〉序言》。第一分册主要写了第一章“商品”和第二章“货币或简单流通”。《序言》就是对历史唯物主义核心内容的经典表述，而在《序言》开头，马克思则公布了自己的研究计划：“我考察资产阶级经济制度是按照以下的顺序：资本、土地所有制、雇佣劳动；国家、对外贸易、世界市场。”[110]在这里，马克思再一次表述了经济与历史唯物主义的关系，这是《资本论》六册结构的第一次公开表述。
《序言》完成后，为回应卡·福格特对党的攻击，马克思写作了《评卡·福格特》，直到1861年8月才回到《政治经济学批判》的写作上来，这就是《1861—1863年经济学手稿》（1861．8—1863．7）。这一手稿篇幅巨大，共23个笔记本，1472页。分为三个部分，1—5笔记本，主要写“资本的生产过程”；中间的6—15笔记本，转向剩余价值学说史（即以后整理修改成的《剩余价值理论》）；16—23笔记本则是“资本与利润”以及对其他部分的补充。马克思是在研究相对剩余价值，尤其是机器这一内容时转向剩余价值学说史的。
1862年年底，马克思思想发生了一个飞跃，即决定以《资本论》为名出版《政治经济学批判》，而不再出第二分册。1862年12月28日，马克思致路·库格曼：“第二部分终于已经脱稿，只剩下誊清和付排前的最后润色了。这部分大约在三十个印张。它是第一册的续篇，将以《资本论》为标题单独出版，而《政治经济学批判》这个名称只作为副标题。”[111]这部分是因为用《资本论》为题更能突现研究的本质和主题，另一个更重要的原因则是马克思实际上已经不满足于对经济理论的批判，而是转向对社会生活本质的批判。因为经济理论的根源在现实生活，经济理论不过是资本霸权的外在表现，只有从根子上批判资本，才能从根本上瓦解资产阶级经济理论。正是这一思路的转变，才使《资本论》名扬天下，成为最有战斗力的传世之作。
从历史唯物主义角度，《1861—1863年经济学手稿》奠定了现代社会经济发展的最核心内容，第一次站在世界经济的高度论述了劳动、分工、协作、机器、科学在历史上的地位和作用；全面地论述了市场经济，并第一次阐发了自由时间在人类历史上的地位和意义；第一次从完整的意义上讨论了资本的生产性，讨论了生产劳动与非生产劳动，提出了重建个体所有制的设想。
马克思在完成《资本论》第二手稿《1861—1863年经济学手稿》后，马上开始了《资本论》第三手稿即《1863—1865年经济学手稿》的写作。这也是一个庞大的手稿，包括《资本论》一至三卷的主要内容。1866年年初到1867年4月，马克思又写了一个第一卷的付印稿，即《资本论》德文第一版。
《1863—1865年经济学手稿》越来越接近于现在的《资本论》三卷，从哲学的意义讲，马克思在劳动时间与自由时间的基础上，又讨论了生产时间；讨论了资本家劳动的性质，讨论了教师、演员、律师的劳动性质；在研究资本主义所有制局限性的基础上，再一次提出了重建个体所有制的设想；从总体上提出了社会关系再生产的完整理论。
1867年《资本论》第一卷终于出版，这是最高意义上的经济学和哲学著作，然而长期以来，人们仅仅把它看作经济学著作。西方社会许多人不了解马克思，批评马克思是“经济决定论”，其原因也在于把《资本论》仅仅看作经济学著作。《资本论》的真谛是什么？《资本论》是一本关于财富的学说呢？还是关于人的学说？或是关于人与人之间关系的学说？
马克思在世时仅出版了《资本论》第一卷，但是在德文版和法文版的序言和跋中，在《〈政治经济学批判〉导言》和《〈政治经济学批判〉序言》中，马克思始终强调的是理解《资本论》的大视野。在《导言》中马克思讨论了生产、交换、分配、消费之间的关系，既强调了生产的重要性，同时也强调了四者之间的辩证关系。在《导言》结尾所提出的社会结构理论，也强调了内在的辩证关系，显然把马克思思想归结为经济决定论是错误的。在《序言》中，马克思强调了理解《资本论》的历史唯物主义视角。在第一版《序言》中，马克思提出了社会有机体学说，提出了社会关系的有机联系，实际上是对经济决定论的再次批判。最应该引起我们注意的是第二版《跋》，马克思再次强调了理解《资本论》的辩证方法。可惜这些重要的告诫都被我们忘记了。现实再一次证明，离开了哲学，离开了历史唯物主义是不能理解《资本论》的。
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