一是水利投入稳定增长机制尚未建立，农田水利投入总体缺口较大。在工业化和城市化快速发展过程中，农田水利建设维护成本和资金投入需求总量快速提高，同时农田水利建设任务重、难度大，再加上各地农田水利建设历史欠账多、投入明显不足、各地建设资金总体缺口大的问题比较普遍。一方面，水利在公共财政支出中的比重还不高，波动性较大，1998年以来，中央预算内固定资产投资中，年均水利投资367亿元，水利所占比重在14%～24%之间波动。另一方面，水利公益性强，又缺乏金融政策支持，融资能力弱，社会投入较少。此外，农村义务工和劳动积累工政策取消后，群众投工投劳锐减，新的投入机制还没有建立起来，对农田水利建设影响很大。
要完成现有规划的建设任务，2011～2020年期间，政府年均投入要达到2000亿元，资金筹措任务非常艰巨。按已有规划，今后15年要完成3.65亿亩小型灌区续建配套和节水改造、新建抗旱水源和灌溉设施、新增0.6亿亩有效灌溉面积，需要投资2051亿元，每年平均需投资137亿元，但近年年均投入仅为50亿元左右。
工程规划及布局上缺乏整体考虑的问题比较明显。即便是水利口投资，国家投资也是主要用于骨干工程、“卡脖子”工程，骨干工程与田间工程建设不同步，造成骨干工程改造效果十分显著，田间工程建设落后的局面。
二是水资源管理制度体系还不健全。流域、城乡水资源统一管理的体制还不健全，水资源保护和水污染防治协调机制还不顺，水资源管理责任机制和考核制度还未建立，对水资源开发利用节约保护实行有效监管的难度较大。
三是水利工程运行机制仍不完善。一些地区特别是中西部地区公益性水利工程管理单位的基本支出和维修养护经费还不能足额到位。据2006、2007年全国百家水管单位调查，现行农业灌溉水价仅为供水成本的38%，水费实收率仅为57%，实收水费仅占农业供水成本的22%。在政府投入并不到位的情况下，灌溉水供给主体必然陷入困境，并使得水资源低效利用、浪费的现象普遍存在。
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