明代建国之初为巩固内部稳定，防止北元势力再起，实行了海禁政策。禁止私人出海贸易，也禁止外商来华贸易，并作为基本国策，长期保持不变。永乐时期一方面继续实行海禁，另一方面实行比较开放的政策，如派遣郑和下西洋，为后来的开放打开窗口。中期以后海禁时紧时松，嘉靖年间出现倭患。隆庆以后部分地区开放海禁，私人贸易发展，海禁政策基本瓦解。
辽东海上运输事业主要是为了满足军事运输的需要而发展起来的，由于明朝军事形势的变化和“海禁”的实行与开放，海运的规模变化较大。明朝初期东北地区政治尚未稳定，经济条件薄弱，军队需要的粮食、布匹、棉花、武器等绝大部分从山东登州和长江下游运至辽东地区，运输船的规模相当大。永乐以后辽东军屯发展，粮食基本能够自给，所以运往辽东的粮食数量大减，只是在遇灾之年运粮赈济，但是山东供应的布花等大多仍然从登州运送给辽东军士。上举海城牛庄附近的西四乡“布花堡”地名，正是由明代河海码头得名。正德初年前往辽东的海船大多损坏，山东布花“不能转运”，遂“暂解折色”。嘉靖初年沿海倭患猖獗，明朝政府实行海禁，辽东海运几乎完全停止。嘉靖三十七年到三十八年，辽东地区发生大饥荒，政府暂时开海禁几个月，又因为倭患再行海禁。到万历时期辽东官军不堪忍受艰苦的条件逃亡内地，海上交通线路是他们主要的逃亡路线，由此政府实行海禁封堵。万历十四年辽东水灾，政府正式解除海禁。
明代辽宁地区主要的海河港口有三个，即牛庄、凌河和旅顺。牛庄和凌河是河口港，容易浅滩河淤，所以旅顺港的使用率最高。当时海运的成本相对低，但受造船技术的限制和倭寇侵扰，风险较高。陆运相对来说比较安全，但是费用较高，所以采取了海运、陆路联运的办法。
明洪武时期辽东军队所需要的粮饷取自太湖流域，所以运粮海船多自长江口附近的刘家港（今江苏太仓东浏河镇）等地出发，北上进入渤海湾。为便于辽东各卫就近领取和转运，分三处停卸，即“定辽、三万、沈阳、海、盖诸卫于牛庄；广宁、义州诸卫于凌河；金、复二卫于旅顺口”[94]。在牛庄港还采取了海、河联运方式。清康熙时，王一元在《辽左见闻录》中说：“辽左海禁既驰，百货云集。海艘自闽中开洋十余日即抵牛庄。一切海货有更贱于江浙者。”清初的这种海运盛况，实奠基于明代。
当时一部分粮谷“由直隶太仓海运至牛家庄（今辽宁省昌图县昌图镇）储支”[95]。即逆辽河而上，再进入其支流亮子河，以达牛家屯。后来河运终点改为从辽河进入清河，到开原，即所谓“宣德年间……海运直通辽阳、铁岭，以达开原”[96]。海运辽东的辽河口，明代称“梁坊口”，《全辽志》“山川”条记载，梁坊口在“海州（今海城）西南七十里”。故地应在今营口高坎南浑河入海口。在辽河由双台河入海前的明代，这里是辽东河、海转运的重要港湾。由此溯辽河，至“开原城西有老米湾，即其卸泊处也”[97]。老米湾，在今开原西兴隆台辽河岸边的丈沟子村，“古为商船停泊之所”[98]。但是，正统年间筑起辽东边墙后，这段内河航线被放弃。
永乐末至洪熙年间，海船三处停卸一度改为集中停卸于旅顺，因一些卫转运不便，又改为分别停卸于小凌河、六州河、旅顺、牛庄等处。景泰三年（1452），因小凌河等处滩浅河淤，无法停泊，海船再度改为集中停卸于旅顺[99]。
明代通往东北的路线较多，利用率较高的是山东与辽东之间的交通线，其中有两条路线利用最多：
第一条是登州至辽河口转广宁线。这条线海船将粮谷运至牛庄附近东昌堡18里的布花堡，再沿路河水运至广宁制胜堡之东卸载。景泰年间，山东登州“岁运粟一万石赴辽东广宁饷军”[100]。永乐年间，巫凯主持沿路河“备筑泊岸，更设闸几处，时其收泄，庶河道不淤，河水不涸”。后来由于年久失修，河道多淤塞，遂将山东所运布花等改为停卸于广宁前屯（绥中前屯），再由陆路“转至广宁城给军”[101]。嘉靖年间曾两次疏浚路河，试图恢复登州至广宁间的海上与内河联运，但河道很快又淤塞，未获成功。
第二条是登州至旅顺线。旅顺在卑沙城南（今金州大黑山城）120里，“海运舟至此登岸”。从登州至旅顺，“南岸达北岸，共五百五十里水程，两日内风力顺可到”。这条线上，历经羊埚、黄城、钦岛、鼍矶、井岛、沙门等岛，“各岛相接如驿递”，为海运船只提供了很大方便[102]。
另外有几条航线或为辅助，或为临时开辟，利用时间较短。
第一条是登州至大凌河口附近的宁远线，这条航线大约开辟于后金进入辽东之后。史载：“明末征辽海运粮舶皆于宁远登岸，今州南犹存海防五城，即屯粮之所。”[103]据《大明一统志》记载，宁远城南桃花岛（觉华岛）为“登莱海运泊船处”。
第二条是登州至盖州水路。万历四十六年（1618）为辽东用兵，需饷甚急，大开登莱至辽东海运。登州之粮海运盖州套停卸，盖州套离盖州城20里，但“盖州套窄小，浅滩形如半碗，而碗口礁
岈，势同攒剑，必小船方可进入，而所泊仅可二十数只，必坚厚小船方可冒险而入”，每当“秋冬风逆，水落潮低露礁，断乎难行”[104]。由于盖州套较小、路险，所以海船有时又经由盖州套北上120里，至海州娘娘宫停卸[105]。此处的“海州娘娘宫”，即今海城牛庄娘娘庙。
第三条是莱州至三犋牛线。三犋牛距金州城18里，三犋牛港湾较盖州套为宽阔，可泊较大船只，但“地方旷野，并无官民房屋可以积贮”，需要再“自三犋牛剥运旅顺，复转西北，而后至盖套”，往返多走很多里程，而且“自旅顺至三犋牛一带海山险恶，运道险塞”。所以，不久又改为至距复州30里之北信口停卸，“此口稍宽，可容船百余只，而泥底无礁，可以避风”[106]。
第四是天津至辽东的航线。这条航线沿渤海西侧向北行，可以避免风波盗贼，途中可以停泊曹泊店等几个岛，比较安全。嘉靖年间这条航线的重点，最远到达广宁右屯卫的通河泊，卸载后，由陆路到辽阳[107]。嘉靖三十八年（1559）辽东大灾，遂截留通仓漕粮停泊天津的部分，“由天津水运蓟州以达山海”，然后“雇脚陆运至各地方散给”[108]。到万历四十七年（1619），天津运往辽东的粮食增至30万石，多运抵永平（今河北省长城以南的陡河以东地），由永平陆路运至宁远的芝麻湾，再从芝麻湾海运到三岔河等地[109]。今天津市博物馆即收藏明万历年间由天津卫至辽东牛庄的“海运图”。
第五条是成山角（今山东省东端）到辽东的路线。一条是锦州—菊花岛—天津—庙岛列岛—成山角。另一条是金州—旅顺口—庙岛列岛—登州—芝罘岛—成山角。
第六条是长江口的刘家港到辽河流域的牛庄、凌河口和旅顺口。
以上所述虽为明朝政府运粮辽东的海上航线，但当时商民和行旅海船所使用的也大体是这些航线。
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