党的十一届三中全会以后，经过拨乱反正，落实多项政策并把工作重点转移到社会主义现代化建设上来，公共卫生体系及其工作同社会主义建设事业一样进入了新的历史时期。由于体制改革基本模式的转变，计划经济逐渐向市场经济转变，医疗卫生和健康保障逐渐从国家和政府的职能转变为个人责任，这一时期各级公共卫生机构不断适应市场经济的要求，既要履行公共卫生工作职能，又要兼顾“创收”，谋求发展。
1978年9月，在1955年颁布的《传染病管理办法》的基础上又颁布了《中华人民共和国急性传染病管理条例》，加强了卫生防疫体系在预防控制传染病中的责任、地位和作用。其后，卫生部颁布了《全国卫生防疫站工作条例》，下发了《关于加强县卫生防疫站工作的几点意见》等。全区认真贯彻这一系列文件精神，促进了全区卫生防疫体系，特别是其主体机构——卫生防疫站的恢复与发展，不仅在数量上增加，更重要的是工作质量、科学管理、人员素质大大得到了改善与提高，超过了“文化大革命”前的水平。1982年1月，《中华人民共和国食品卫生法（试行）》的出台，使卫生防疫体系从几十年的行政管理开始步入法治管理的轨道，强化了卫生防疫体系的社会职能，并大大提高了卫生防疫机构在社会上的地位和影响。到1985年底全区建立各级、各类卫生防疫机构37个，人员达到1400人，卫生防疫力量得到显著增强。这一时期，在进一步加强传染病、地方病防治的同时，还开展了计划免疫管理，1980年实现消灭天花的目标。卫生监督工作以食品卫生、公共卫生监督为重点，逐步从传统的行政监督跨越到卫生监督执法，公共卫生管理步入法制化轨道，开始引进秦巴项目等国际合作项目，卫生防疫事业加速发展。
改革开放后，全区各级妇幼保健机构陆续恢复，农村建立了合作医疗站，自上而下重新组建了接生员队伍，培养了一批女“赤脚医生”，分发接生用具，部分合作医疗站还办起了产院，新法接生工作逐步开展起来。其间，全区统一制作并分发了《孕产妇、儿童保健手册》，开展了孕产妇保健管理，有效提高新法接生率、住院分娩率等，保障了妇女儿童健康。
20世纪80年代，随着“家庭联产承包责任制”在农村全面铺开，家庭成为农村的基本生产单位，绝大多数行政村变成“空壳村”，集体经济解体，农村合作医疗失去了依托，农村合作医疗制度迅速瓦解，到1985年，宁夏农村合作医疗制度终结。
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