公共政策过程中需要有一系列制度与机制的保障，制度与机制的稳定性与权威性有利于保证规范、科学的决策程序能够得到遵循，并且有益的决策经验能够得到传承。
（一）建立政策价值观引导机制，积极达成合意
公共政策中的价值冲突表现在两个方面：一是政策本身存在不同的价值追求，这些价值观之间存在冲突；二是政策主体的不同政策价值观之间的冲突。公共政策是对社会价值的权威分配，如何分配？是以“功利主义”为价值指导追求“最大多数人的最大幸福”，还是以公平为价值指导，重视被忽视的少数人？公共政策归根结底是由人制定的，政策主体的价值观和态度会在政策中反映出来，不同政策主体之间的价值观存在不一致和冲突体现在公共政策中则会造成政策之间的冲突。
对于政策本身的价值取向冲突，需要政府树立正确的政绩观，政策目标设定既要注重效率又要注重公平，既要考虑社会大多数人的利益，也要兼顾少数群体的利益，在政策追求的不同价值观之间尽量达到平衡。对于一些地方或干部的不正确的政绩观造成的有失公平、以生态环境换经济发展等实行问责，2015年7月中央全面深化改革领导小组第十四会议审议通过了《环境保护督察方案（试行）》《党政领导干部生态环境损害责任追究办法（试行）》，明确要求对因不正确的政绩观造成环境损害的领导干部，不论是否已调离、提拔或者退休都要严肃追责。当然，正确的政绩观的树立需要通过教育、宣传等方式使其内化为领导干部的内心信仰，但在重经济轻环境观普遍盛行的情况下加强追究与问责，加大不正确行为的成本不失为扭转观念的有效措施。对于政策主体之间的政策价值观差异，需要加强相互之间的协调与沟通，了解对方的价值诉求并适当作出妥协退让以达成政策合意。
（二）完善公共政策决策体制，合理配置职权
公共决策体制是决策权力分配的制度和决策程序、规则、方式等的总称。[37]完善公共政策决策体制，合理配置职权，理顺各部门之间的权责关系是预防“政出多门”，治理公共政策冲突的必要措施。决策体制中必须明确哪些职权由哪些机构、人员担当，明确参与人员的权限、能力、知识等的要求等，合理、明确划分各部门的权责范围。我国并没有法律法规对各级政府和相关职能部门的权限作出明确的划分，使各级政府及职能部门的决策具有很大的自由裁量权，易导致决策边界模糊。2014年11月发布的《国务院办公厅关于加强环境监管执法的通知》要求：2015年6月前地方政府必须全面清理、废除阻碍环境监管执法的土政策；2015年底前组织开展一次环境保护大检查、划分若干环境监管网络单元、全面落实执法责任制；2016年底前全面清理违法违规建设项目。2014年12月中国政府网刊发了《国务院关于清理规范税收等优惠政策的通知》，要求全面清理已有的各类税收等优惠政策，统一税收制定权限，坚持税收法定原则，除依据专门税收法律法规和《中华人民共和国民族区域自治法》规定的税收管理权限外，各地区一律不得自行制定税收优惠政策。这是国家治理政策冲突的重大举措，通过废除地方自行制定的各项土政策，把一些重要问题的决策权交给一个部门或统归中央，是完善公共决策体制，防止决策模糊、混乱引发的政策冲突的有效机制。
（三）建立部际联席会议制度
政策主体间的协调交流需要以制度的形式稳定下来，建立部际联席会议制度是我国在解决政策冲突方面新的突破。在办理国务院涉及多个部门职责的事项时各部门共同商定、及时沟通、协调处理，以防止部门间冲突，推动任务顺利进行。部际联席会议制度既有牵头单位，又集合与任务有关的各成员单位，牵头单位起组织、协调各成员单位的作用，在解决某项问题时把各单位集合到一起协商，有利于相互之间的协调沟通，减少矛盾冲突的发生。
在部际联席会议工作机制下各领域中也设立了联席会议制度协调部门间的工作，2009年4月，国务院同意成立打击生产销售假药部际联席会议，以协调打击生产销售假药工作；2013年在《国务院批转发展改革委关于2013年深化经济体制改革重点工作意见的通知》精神的指导下建立经济体制改革工作部际联席会议制度，在国务院的领导下各成员单位协调解决经济体制改革中的重大问题；2014年5月国务院批准由发改委建立的深化收入分配制度改革部际联席会议制度；2015年6月，国务院同意建立国务院口岸工作部级联席会议，统筹协调全国口岸工作等。部际联席会议的设置越来越普遍，在协调解决各类问题中发挥着重要的作用，应该继续发挥各领域建立的部际联席会议的作用，在各成员单位的协调沟通中减少政策冲突的发生。
（四）建立政策监督反馈机制
完善的监督与反馈机制有利于保证有冲突的政策迅速反映到政策部门，及早治理，减少政策冲突带来的影响。我国的政策监督与反馈机制还不健全，作用发挥的有限，主要是同体监督，异体监督中社会公众的参与力度不够，政策接受社会公众监督的主动性与积极性不够。加强政策运行中的监督力度首先需要发挥各种监督方式的作用，使上行监督、下行监督、专门监督、社会监督和舆论监督等都能发挥监督的作用；其次，推进法制建设，把政策监督与评估、反馈等纳入法制化进程，明确各监督与评估主体的权限与职责。完善独立的监督机构的建设，发挥其于政策制定主体之间的相互独立地位，保证监督的客观、公正。同时需要保证独立监督机构的独立性，确保其不受政策部门的影响与控制。
政策反馈是政策过程中一个非常重要的起中介作用的环节，它的作用是把政策执行过程中出现的问题及时地反馈到政策相关部门，以便能够及早发现和处理问题。政策反馈机制是一种事后处理机制，有利于发现问题及时补救。我国目前政策在执行过程中出现的问题多是靠社会的力量发现的，在社会上引起重大反应后才引起相关部门的重视，政策部门主动发现政策执行过程中问题的能力还有待提高。完善的政策追踪反馈需要政策部门建立常态的、稳定的政策追踪反馈机制，积极主动地追踪政策进程的进展情况，并及时向相关部门报告。四川省2014年8月开始开展政策措施落实情况的追踪审计，追踪政策措施的落实情况，发现了政策落实过程中的一些问题。政策追踪审计虽然与政策追踪反馈有所区别，但可以借鉴为政策过程中的反馈，作为发现政策冲突的手段。
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