自2002年大兴、怀柔开展新农合医疗试点工作以来，北京的“新农合”工作发展迅速，连续实现了几次大的发展跨越。
一是全面实行“新农合”制度。2003年8月，北京市农村卫生工作会议后，各区县积极开展“新农合”工作。根据北京市“新农合”工作评估报告，到2004年8月，北京市13个涉农区县全部实行了“新农合”制度，实行了区县统筹或乡镇村统筹方式参加“新农合”人数达2375万人，其中农业人口231万人，占全市农业人口数的71.88%；参加“新农合”的非农业人口3万多人，占参加“新农合”总数的1.28%。2004年北京市涉农区县“新农合”的统筹方式见表1-9。
表1-9 2004年北京市涉农区县“新农合”的统筹方式
由于经济发展水平不同，各区县建立“新农合”之初的筹资标准就不相同。各区县财政和乡镇财政对“新农合”给予定额补助，少数区县明确乡村集体经济组织的出资标准，大部分区县没有作硬性规定。海淀、丰台两区筹资情况相当复杂，不同乡镇和村的标准都不一样。具体见表1-10。
表1-10 2004年北京市涉农区县“新农合”筹资标准 单位；元
根据医院分级管理办法，我国医院按功能和任务不同划分为一、二、三级。一级医院是直接向一定人口的社区提供预防、医疗、保健、康复服务的基层医院和卫生院；二级医院是向多个社区提供综合医疗卫生服务和承担一定教学、科研任务的地区性医院；三级医院是向几个地区提供高水平专科性医疗卫生服务和执行高等教学、科研任务的区域性以上的医院。一般乡镇卫生院为一级医院，区县医院为二级医院，市级医院为三级医院。“新农合”统筹资金支付原则实行分级、分段、分项按比例报销。各区县均明确了定点医疗机构，一级医院的报销比例最高，三级医院的报销比例最低。
各区县自行确定“新农合”报销政策，确定了起付线、报销比例和最高封顶线。2004年住院报销的起付线在0～1000元；封顶线在8000元～17万元；报销比例在5%～70%之间。门诊报销的起付线在0元～5000元；封顶线在30元～35万元；报销比例在5%～70%之间。2004年北京市各区县“新农合”住院和门诊报销政策见表1-11—表1-14。
表1-11 2004年北京市各区县“新农合”住院报销政策（1）
（续表)
表1-12 2004年北京市各区县“新农合”住院报销政策（2）
（续表）
表1-13 2004年北京市各区县“新农合”住院报销政策（3）
表1-14 2004年北京市各区县“新农合”门诊报销政策（4）
二是实行区县统筹，建立“新农合”筹资增长机制。2005年6月13日，北京市政府办公厅转发市卫生局等部门《关于进一步做好本市新型农村合作医疗工作的意见》（京政办发〔2005〕25号）。同年6月27日，北京市召开新型农村合作医疗工作会议，会议总结了北京市新型农村合作医疗的经验，并对下一阶段工作进行了部署，将北京市的“新农合”工作向前推进了一大步。
首先，明确提出“新农合”实行区县统筹。《关于进一步做好本市新型农村合作医疗工作的意见》提出区县是“新农合”举办的主体，农民大病医疗统筹应以区县为单位进行。到2006年，全市实行了以区县为单位的统筹形式。
其次，加强了“新农合”机构建设。将“新农合”管理机构、经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算。按照“政事分工、管办分开”的要求，将“新农合”的管理机构与经办机构分开设置。各区县“新农合”管理机构设在区县卫生局。
再次，建立“新农合”筹资长效增长机制。各区县逐步提高农民个人出资水平，划出若干档次，让农民自愿选择。到2008年，农民个人出资标准达到不低于当地农民人均纯收入的1%，村集体按占村经济组织利润额2%左右的标准出资。市、区县和乡镇政府要逐步提高补助标准。市财政重点加大对经济困难地区的转移支付力度，并逐年增加人均补助标准。
到2006年，对远郊山区半山区年人均补助35元，对远郊区县平原地区年人均补助25元，对近郊地区年人均补助15元；2007年，在上年基础上年人均增加补助5元；到2008年，达到对远郊区县山区半山区年人均补助45元，对远郊区平原地区人均补助35元，对近郊地区年人均补助20元。各区县、乡镇财政支持比例由区县政府确定，原则上不低于每人每年35元。
三是统一筹资标准，统筹住院与门诊双重保障。2007年7月，北京市政协对“新农合”的调查报告显示，大部分参加新型农村合作医疗的农民未能享受到门诊报销，住院报销的比例也偏低。
2007年8月23日，北京市政府办公厅转发市卫生局等部门《关于调整和完善本市新型农村合作医疗筹资标准和补偿政策意见》（京政办发〔2007〕55号）提出“四个统一”的工作要求，使北京市“新农合”制度迈上个新台阶。
第一，统一筹资标准。13个涉农区县从2007年开始统一人均筹资标准，即：2007年220元，2008年320元，2009年420元，2010年520元。每年增加100元，形成了以政府投资为主的基本格局。新型农村合作医疗制度建设的性质由互助共济逐步转变为政府主导的农村居民基本医疗保障，统筹模式由侧重大病统筹为主逐步过渡到住院与门诊医疗费用统筹兼顾，制度设计定位由侧重减缓“因病致贫、因病返贫”过渡到扩大参合人员医疗补偿受益面。
第二，统一制度框架。全市统建立“基本统筹”“二次补偿”和“村级基本用药”的制度。基本统筹是指住院加门诊的补偿模式，以前，区县以保大病为主，部分门诊不给报销，自2008年起，各区县都开展了门诊报销，扩大了参合农民的受益面。二次补偿是指在当年基金结余超过15%，累计基金结余超过25%的情况下，区县酌情制定二次补偿方案，利用结余资金给农民再次报销，提高了参合农民的受益水平。村级基本用药目前处在摸索试点阶段，试点区房山选取了高血压、糖尿病、脑卒中和冠心病四种慢病开展村级基本用药试点工作。
第三，统一补偿项目。参照城镇职工基本医疗保障范围确定新型农村合作医疗的补偿项目，将新型农村合作医疗资金纳入区县社会保障基金财政专户，实行收支两条线管理，坚持专款专用，坚持监督审计。
第四，统一工作目标。到2010年，初步建立起覆盖农村居民的基本医疗保障制度，使参加新型农村合作医疗的人员住院补偿率达到60%，门诊补偿率达到40%。
到2008年，北京“新农合”制度在全市实现了“四统一”和学生儿童补偿政策与城镇医保衔接的制度设计。2009年，北京又进一步规范管理，统一规范特殊病种的门诊补偿范围，统一试行乡镇卫生院“零起付”补偿政策，统一住院补偿“封顶线”18万元，统一推行“出院即报和随诊随报”。
至此，北京市“新农合”制度从以大病统筹为主转变为住院与门诊兼顾的基本医疗保障制度。
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