货物清关的后续管理非常重要，涉及资料的留存﹑报关单据的流转﹑运输费用的支付等等。
仓库收货
货运代理送货时，关务部门将校验单交给仓库，仓库仔细核对收货数据，在校验单上注明实收数据并将入库单号码填写在校验单上，如实收数据与单证数据不符，需注明溢短数量。
关务部门在收到仓库校验单的回执后将相应数据录入到货明细中以便日后查询。对溢短装部分，根据溢短装管理办法执行。
资料留存
用于清关的全套报关单证必须留存，要齐全﹑完整，对其编号管理，资料的编号要与到货明细中的编号对应。资料留存后第二年，由关务文员统一装订，交至信息管理中心留存。
退单管理
1）进口货物报关单
进口货物报关单是货物进口后，在一定期限内由海关签发的货物进口的凭证。
一般贸易签发进口付汇联；进料加工签发进口付汇联及加工贸易核销联；来料加工签发加工贸易核销联；外资设备物品签发进口付汇联。
关务部门在接到退单后将进口付汇联签收给采购，将加工贸易核销联签收给加工贸易关务，必须做好签收记录。
关务部门要求代理，进口报关单必须在自货物进口之日起30天退单。
进口货物报关单关务部门留存复印件，归入清关资料档案中。
2）税单
税单是海关签发的缴税凭证，分关税税单及增值税税单（部分商品无关税税单），其中增值税单可以用于财务抵扣。税单自开立日起三个月内，必须到税务局抵扣，逾期税务局不予受理。
税单交给财务时必须做好签收记录，并要确保所有税单自开立之日起二个月内全部签收给财务。
关务部门要求代理，进口税单必须在自货物进口之日起7天内退单。网付也必须在30天内税单，逾期向银行催办。
关务部门留存税单复印件，归入清关资料档案中。
3）入境货物调离通知单
法定商检的货物入境报检后，口岸检验检疫局出具入境货物调离通知单，关务部门凭此向当地检验机构商检。此单证关务留存复印件，归入清关资料档案中。
4）费用支付
货运代理支付的运费凭当初批准的报价单支付。
关务部门提供结算结单格式，代理根据此格式提交收费项目。
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