在不断健全执法法律依据的同时，海关积极实施海关大监管体系改革以及流程再造。
2009年全国海关关长会议确定了把构建海关大监管体系作为我国海关今后一段较长时期的重要工作，以便在全国海关形成一个整体功能强大，包括科学高效的职能管理体系﹑务实顺畅的通关监管体系和周全可行的监督保障体系在内的“管得住”﹑“通得快”的大通关环境，最终打造出一支高效廉洁的现代化海关队伍，提高通关速度便利进出口贸易，实现海关功能从管制型向服务型转变。
1）海关大监管体系内涵
海关大监管体系是我国海关系统在深入学习实践科学发展观的过程中，以构建科学高效的职能管理体系为基础环节﹑以构建务实顺畅的通关监管体系为目标导向﹑以构建周全可行的监督保障体系为发展后盾的一种创新思想。海关大监管体系在内容构成上主要包括职能管理体系﹑通关监管体系和监督保障体系。
（1）在职能管理方面，我国海关将立足于海关管理的高效运行，理顺三级事权，明确职能定位，在各层级﹑各领域建立起规范有序﹑运作顺畅﹑监督有效的工作运行机制。完善海关决策指挥﹑组织协调﹑督办落实﹑考核评估﹑监督检查﹑责任追究等管理制度，努力形成环环相扣﹑完整有效的内部管理链条。在通关监管方面，我国海关将实行以企业守法管理为基础的分类通关模式，通过拓展监管时空，破解当前海关业务量快速增长与人力资源相对不足的突出矛盾，进一步提高通关效率，改善通关服务，为企业占领和拓宽市场﹑提高竞争能力给予更大的支持。
（2）在监管上着眼提高海关监督管理整体效能，发挥一线监管﹑后续管理﹑打击走私等各方面力量的综合作用，加强与外部的沟通协作，实现各部门各单位的协调配合和有效监控，建立起与“大通关”相适应的具有综合性和整体性的海关大监管体系。
（3）在监督保障方面，我国海关通过建立周全可行的监督保障制度来对海关权力进行监督，保障海关工作不骄不躁﹑高效廉洁。包括国家最高权力机关全国人民代表大会及其常委会的监督，国家最高行政机关国务院的监督，监察机关的监督，审计机关的监督，司法机关的监督，管理相对人的监督和其他社会舆论的监督，重点突出管理相对人和社会舆论对海关工作的监督。
2）海关大监管体系的构建
首先，在纵向职能管理上，全国海关仍然沿用原来的集中统一管理的垂直领导体制从上到下实现高效管理。由海关总署直接管理直属海关，直属海关直接管理所管辖关区内的隶属海关，各海关开展工作只需要对上级海关和相关法律负责，减少多头领导所产生的管理成本浪费。三级海关的事权划分应更趋合理，严格按照各级海关事先被安排的基本任务来履行各项职责。原则上是海关总署作为全国海关工作的归口主管部门，统筹安排全国海关各项方针﹑政策的制定工作，领导和组织全国海关正确贯彻实施《海关法》和国家的有关政策﹑行政法规。直属海关承担着在关区内组织开展海关各项业务和关区集中审单作业﹑全面有效地贯彻执行海关各项政策﹑法律﹑法规﹑管理制度和作业规范的重要职责，在海关三级业务职能管理中发挥着承上启下的作用。隶属海关负责办理具体海关业务，包括现场接单审单﹑查验货物﹑计征税费和现场放行等基本通关环节，是海关进出境监督管理职能的基本执行单位。
在横向职能管理上，海关总署重点突出对海关总署办公厅（口岸规划办公室）﹑政策法规司﹑关税征管司﹑监管司﹑加工贸易及保税监管司﹑综合统计司﹑稽查司﹑缉私局等八大署内机构的功能定位和职能管理，强化这八大机构的内部协调与沟通，既要做到各机构开展工作时各司其职，又能体现海关工作的完整性和整体性。使得更多的海关关员充实到室外核查一线，在规范企业进出口行为﹑促进企业守法自律﹑建立海关与企业的合作伙伴关系﹑保障贸易安全与便利﹑改善海关执法环境﹑提高海关管理效能等方面，均将起到积极而显著的作用。
为有序组织实施全国海关大监管体系建设，海关总署党组公布了了署党发〔2010〕24号《海关大监管体系建设方案（试行）》和《〈海关大监管体系建设方案（试行）〉任务分解》的通知，明确了大监管体系建设的重要意义﹑指导思想﹑基本原则﹑主要内容和实施步骤。
依照大监管体系改革要求，总署各司进行了职能调整，其中与海关估价紧密关联的机构职能调整动向为：将进出境货物﹑物品税收和船舶吨税的管理职责统一归口到关税司负责，审单业务由关税司牵头指导。
对应各直属海关﹑隶属海关机构职能也进行了调整。以下为某关区结合大监管体改革进行的职能调整。
法规处：所有业务参数的管理职责统一归口法规处负责，其它职责不变。
监管通关处：所有物流监控和通关管理的职责统一归口监管通关处负责，将保税货物的物流监控和通关管理职责划归监管通关处负责，进出境物品的税收征管和减免税管理职责划归关税处，其它职责不变。
加工贸易监管处：保税货物的物流监控和通关管理的职责划归监管通关处，保税中后期核查职责划归稽查处，其它职责不变。
综合统计处：所有统计数据的质量控制和管理职责统一归口综合统计处负责，其它职责不变。
稽查处：企业稽查﹑减免税核查和保税中后期核查的管理职责统一归口稽查处负责，其它职责不变。
督察内审处：所有内控监督﹑考核评估指标管理和各类内控考核评估结果发布的职责统一归口督察内审处负责，其它职责不变。
审单处：调整为业务现场，机构性质属于总关派驻机构，原有的报关单删改﹑滞报金减免﹑证明联签发等管理职责划归监管部门，非政策性退税﹑通关事务担保﹑商品规范申报和海关报关单及随附单证审核等管理职责划归关税部门。其它职责不变。
这种调整使得估价专业认定统一归口到关税管理部门管理，有利于统一海关执法口径，有利于良性关企价格磋商机制的发展。
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