客观上讲，备案本身不直接触发违法犯罪。企业备案信息不准确或者故意虚假备案，一旦据此发生真正的进出口行为，在核销环节也根据备案信息核销，将有可能直接触发违法犯罪行为。
“备案”与“准备作案”
备案不小心就可能演变为“准备作案”，可见该环节的重要性和风险性。
海关对企业从事保税货物加工实行登记备案制。备案经过海关审核后，以纸质手册﹑电子账册﹑电子手册﹑电子化手册形式体现出来。后期企业的所有进出口业务围绕着备案数据展开。平衡分析和核销作业时，需要依据企业申报单耗数据和进出口报关作业情况核碰备案数据。简言之，备案是企业进出口通关的基础。保税进口的料件必须是已经备案的料件；保税复出口的成品﹑料件也必须是已经备案的。
对加工贸易走私违规行为进行客观分析，发现其最显著的特点是走私违规时间的“前推后移”，即其违规﹑走私行为可先于进出口行为，如备案环节；也可发生在进出口行为后，如合同的核销环节。
备案过程中企业常见的问题
1）“备案是报关部门的事情”和“我只管申报”
有些企业研发﹑制造﹑采购﹑销售部门人员对保税加工过程管理和海关监管要求认识不清，错误地认为“海关备案作业是报关部门的事情”。因此，在向关务部门人员提交备案支撑数据（进出口商品的成分﹑组成﹑功能原理﹑生产工艺﹑用途等，成品所耗用料件情况，进出口商品的数量﹑金额等信息）时，没有给予足够的重视，随意提供参考数据，造成备案失实。
而某些报关人员也对备案的重要性认识不足，没有对相关业务部门提供的参考数据进行仔细研究﹑分析，也没有认真灌输海关监管要求，没有有计划地促进企业内部备案协作流程的建立，只是一味简单地照抄这些参考资料。事后，也没有对企业经营过程的实际进出口情况﹑实际耗用和工艺损耗进行有效跟踪，造成备案与实际情况出入很大。
2）被动滞后备案
许多企没有建立有效的进出口业务统筹计划体系，备案的随机性强。在进行备案时，其料件﹑成品的数量﹑金额﹑原产地等信息，只是粗略地估算。这样，导致备案信息与实际业务之间相差甚远。如果采购部门﹑销售部门没有预先就采购和销售数量﹑金额给出较为准确的计划，同时又不能够在实际进出口业务发生环节提前知会关务作业部门，就会导致关务部门备案作业滞后于业务部门。有些企业甚至出现货物已经到港而料件尚未备案或者货物已经准备发运而成品尚未备案的情况。
被动滞后备案的另一种负面影响是由于没有足够的时间对备案商品进行仔细研究，导致归类﹑归并工作仓促，造成归类错误﹑归并不当，这样可能导致企业频繁更改备案信息﹑通关不畅﹑背负申报不实的风险。由于频繁变更，也容易造成企业账务混乱，业务部门与关务部门数据难以核碰。
3）平衡备案
一些经验丰富的关务作业人员针对诸如因单耗申报不准等原因造成的企业库存账与关务账不平衡的情况，“研究”了一种另类方法：在备案作业时，人为地在下一本手册调整单耗（或者人为调整电子账册的单损耗版本），人为地通过调整备案单耗来“平衡”历史账务差异。
这种做法是实际上也是相当错误的。其置企业真实单耗于不顾，单纯地从账务处理上均衡库存账与关务账差异，势必造成企业物流﹑生产耗用数据﹑单证与报关申报数据﹑单证在时间节点上的不一致性，使得企业背负海关稽查核查的风险。
4）归类不准﹑归并不合理﹑数量和价格信息不符
许多企业关务部门得不到确切的备案数据支持，一味地凭经验﹑凭估计对料件﹑成品的属性﹑数量﹑金额等信息进行测算，造成商品归类不准﹑商品归并关系不合理﹑数量和价格信息与实际不符，这种备案脱离企业实际情况，势必造成潜在的风险。
5）多本手册，多种归并
由于许多企业缺乏对商品归并的足够认识，没有建立归并作业的管理体系，造成多本手册﹑多种归并关系的存在，给企业的部门协作﹑保税加工过程管理和数据核对﹑平衡分析带来相当的困难。
6）单耗申报错误
在备案作业中，最为困扰企业的问题莫过于单耗申报，也是风险最大的环节之一。
许多企业在申报单耗过程中，只是简单地依据内部BOM或者是财务提供的成本数据进行单耗数据计算。而忽视了内部BOM﹑成本数据与备案申报净耗﹑工艺损耗之间的本质区别以及海关单耗管理的制度要求。
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