2000年6月24日，国务院发布了第18号文件《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》，规定对国内集成电路企业销售其自产的集成电路产品，在2010年前对实际增值税税负超过6％的部分即征即退。紧接着财政部、国家税务总局、海关总署、信息产业部分别发布了相关鼓励措施。这些政策出台后，美国政府和产业界提出这些政策违反了WTO规则。中美两国也就集成电路增值税问题进行了多次商谈。
2004年3月18日，美国就中国集成电路增值税退税政策提出WTO争端解决机制下的磋商请求。[12]3月26日，欧共体提出加入磋商请求。3月3日，日本提出加入磋商请求。4月2日，墨西哥提出加入磋商请求。4月2日，中国台湾提出加入磋商请求。
2004年4月7日，中美双方在日内瓦举行了WTO争端解决机制下的磋商，欧共体、日本、墨西哥作为本案第三方加入了磋商。中美双方又于5月27日、6月15日和7月1日至2日分别在北京和华盛顿举行了三轮磋商，并于7月2日就谅解备忘录的主要内容达成共识。
2004年7月14日，中国常驻WTO代表团大使和美国常驻WTO代表团大使在日内瓦正式签署了《中美关于中国集成电路增值税问题的谅解备忘录》。
2004年8月31日，财政部和国家税务总局联合发布《关于停止执行国内设计国外流片加工集成电路产品进口环节增值税退税政策的通知》。9月30日，财政部和国家税务总局联合发布《关于停止集成电路增值税退税政策的通知》。
2005年10月5日，中美双方向WTO履行了通报义务。美方表示撤回在WTO争端解决机制下的申诉。至此，中美在WTO争端解决机制下的集成电路增值税争端得到解决。
本案涉及两项措施：国内产品增值税退税政策；国内设计国外加工复进口产品增值税退税政策。
美国认为：1. 中国规定集成电路增值税为17％，但在中国的企业可就他们生产的集成电路产品获得部分增值税退税，使得其产品增值税税率较低。因此，中国使进口集成电路产品承担比国产集成电路产品更高的税，对进口集成电路产品提供了较低的待遇。2. 在国内设计但因技术所限在中国境外生产的集成电路产品，也获得部分增值税退税。因此中国向一成员的进口产品提供比其他成员进口产品更优惠的待遇，歧视其他成员的服务和服务提供者。美国指控，中国以第18号文件为代表的一系列支持鼓励集成电路产业发展的政策规定违反了GATT1994第1条、第3条、第17条以及《中国入世议定书》中的义务。
谅解备忘录的主要内容为：（1）中方将于2004年11月1日前修改有关规定，调整国产集成电路产品增值税退税政策，取消“即征即退”的规定，2005年4月1日起正式实施；（2）谅解备忘录签署前享受上述政策的企业及产品可继续执行“即征即退”政策，直至2005年4月1日；（3）中方将于2004年9月1日前宣布取消国内设计国外加工复进口的集成电路产品增值税退税政策，2004年10月1日起正式实施；（4）谅解备忘录不影响中国和美国在WTO协定下的权利和义务。
本案是中国自2001年底加入WTO以来美国第一次指控中国，也是中国入世以来面临的第一起WTO诉讼。本案尽管以磋商达成妥协而结束，但涉及的法律主张并未得到WTO争端解决机制的检验，因此仍然留下许多模糊之处。尽管我国政府明确我们将继续集成电路的产业发展，但在出台有关政策时一定要注意与WTO规则及中国入世承诺的一致性问题，尤其需注意的是可能引起的违反《反补贴协定》的相关规定。[13]
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