在我国，由于小额信贷公司不能吸收公众存款，其经营资金主要来源于股东缴纳的资本金、捐赠资金，以及来自不超过两个银行业金融机构的融入资金，因此小额贷款公司不存在银行业的系统性风险。在这个意义上，政府对于小额贷款公司的营运监管与对金融机构的营运监管存在着本质的差别。一般认为，那些吸收公众存款的金融机构应该接受审慎监管，只发放贷款者仅需非审慎监管。即使在很多发展中国家，由于这些国家金融市场的特殊性，对于小额信贷机构也只是采用相对审慎监管的原则。审慎监管是商业银行风险监管的根本，它涵盖了内部控制、资本充足率、资产质量、风险集中度、资产流动性等多方面的内容。相对审慎监管则说明对于小额贷款公司的监管不需要像监管银行一样面面俱到，而是要基于小额贷款公司的现实，确立监管的重点。该监管重点就是对小额贷款公司风险集中度和内部人借贷的监管。这是因为“控制风险过度集中，限制内部人借贷和防止所有权集中，对于小额贷款机构保持稳健经营、权衡消除贫困与利益最大化之间的冲突非常有必要”。[12]
（1）风险集中度。相对于商业银行，小额贷款公司资本额较低，其风险的承受能力较弱，因此对于小额贷款公司风险集中度的监管必须要严于商业银行。《指导意见》规定同一借款人的贷款余额不得超过小额贷款公司资本净额的5%，这一指标要比《商业银行法》第39条规定的“商业银行贷款，对同一借款人的贷款余额与商业银行的资本余额的比例不能超过10%”的要求严格了很多。
（2）限制内部人借贷。《指导意见》以及很多地方的管理办法都没有对此作出任何规定，这可以说是一个缺憾。因为小额贷款机构虽然由于贷款规模小且有上限规定，似乎对内部人吸引力不太大，但由于公司治理相对薄弱，内部人交易所造成的危害可能更甚于传统银行。[13]即使有的地方管理办法对限制内部人借贷作了规定，但是对于内部人和关联人的界定范围也宽窄不一。如浙江省规定小额贷款公司仅不得向股东发放贷款。而黑龙江省则规定小额贷款公司不得向股东、董事和高级管理人员发放贷款。深圳市则对内部人和关联人的界定范围最大，规定小额贷款公司不得向以下关系人发放贷款：①公司的董事、监事、高级管理人员、主要股东和核心工作人员。②前项所列人员投资或者担任高级管理职务的公司、企业和其他经济组织。对于内部人和关系人界定范围应当适当扩大，这有利于规范小额贷款公司的经营，防范经营风险的产生。
（3）所有权集中控制。所有权过于集中会导致一股独大。在一股独大的情形下，投资者权益得不到保障，大股东利用关联交易侵吞公司资产的行为也缺乏有效的制约。因此《指导意见》对小额贷款公司的所有权集中做了控制，规定了单一自然人、企业法人、其他社会组织及其关联方持有的股份，不得超过小额贷款公司注册资本总额的10%。但是各地的管理办法却突破了这一规定，如北京市规定单一最大股东（包括其关联方）持有的股份不得超过公司注册资本总额的30%，其他单一股东及其关联方持有的股份不得超过公司注册资本总额的20%，且不得低于公司注册资本总额的1%；还有很多省份则规定主发起人及其关联方持股比例不得超过小额贷款公司注册资本总额的20%。为了吸引企业充当主发起人，地方的管理办法违反作为上位规范的《指导意见》，不当提高了小额贷款公司的所有权集中度，在某种意义上是扩大了小额贷款公司的经营风险。
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