新制度经济学的企业理论通常被认为是现代主流的企业理论。以科斯为首的新制度经济学派由于引入“交易成本”的概念，企业研究在主流的新古典经济学之外获得关注。企业理论将研究视角深入企业内部，在节约企业交易成本的总原则下，对企业所有权归属问题、内部人员激励问题等进行了抽丝剥茧般的分析，对于我国国有出版企业的改革具有极强的理论指导作用。在企业理论的众多分支中，产权理论和委托代理理论与国有出版企业产权改革的联系最为紧密。
产权理论以科斯定理为核心，阐述了产权、交易成本和资源配置的关系，主要由科斯和其他一些产权学家的论述构成。科斯指出，在存在交易成本的情况下，“合法权利的初始界定会对经济制度运行的效率产生影响”[1]。市场交换的实质是产权的交换，清楚界定的权利才是市场交易的关键前提。企业要在市场上交易和竞争，必须要有归属清晰的产权。虽然界定产权要花费成本（资源），但这是市场经济机制正常运行所必需的前提。巴泽尔（Barzel）还特别强调，从法律上界定一项资产的所有权比在事实上界定它，花费的成本通常要小。企业产权又称作企业所有权，它包含了四种权利：使用权、收益权、处分权和转让权。对企业而言，所有权是订立合约的必要前提。企业所有权的关键在于剩余权利（包括剩余索取权和剩余控制权），因为它难以通过合同进行事前的约定。体现在剩余权利上的企业所有权真正决定着企业的效率。按照德姆塞茨（Demsetz）的观点，长期投资经费的提供者应该是剩余收益的索取者，监督者也是剩余收益的索取者，提供劳动力的只是工资的获得者。阿尔钦（Alchian）和德姆塞茨的团队生产理论不仅提出了“偷懒”和“搭便车”的概念来解释所有权分割的必要，而且指出所有权划分的目的是生产成本和度量成本的节约。
委托代理理论将激励问题带入企业研究，从而对企业进行了更现实的描述。委托代理问题产生于资本所有权与控制权的分离，其核心问题是委托人（股东/管理者）如何设计一个最优激励约束机制，从而促使代理人（管理者/工人）从自身利益出发选择对委托人最有利的行为。从掌握信息的角度来看，代理人在交易中占有信息优势，委托人则处于劣势。合约关系确立之前的信息不对称会造成委托人的逆向选择；合约确立之后，信息的隐藏则使委托人面临道德风险。阿尔钦等人研究了企业的激励作用问题，他们认为，对企业成员必须进行激励和监控。要让企业成员努力，就要按边际生产力给予报酬。而且，每个人都有各自的信息和利益，只要不被发现，就会偷懒，因此必须进行监控。詹森（Jensen）和麦克林（Meckling）认为，理解代理问题的关键是要认清合同的各方都要承担合同关系带来的代理成本。所以，给定活动的规模，利益最大化的个体一定会最小化任何合约关系的代理成本。[2]在现代企业的委托代理关系中，如何对企业家进行最优激励引起了经济学家们的广泛关注。例如，吉泊斯（Gibbons）和莫菲（Murphy）在已有的企业家报酬与某项产出挂钩的显性激励合同基础上，重点考虑了引入企业家对职业关注因素后的最优激励，认为企业家的当前表现将影响对企业家个人能力的评价，进而影响其今后职业生涯中的报酬决定，所以企业家会采取市场观察不到的行为提升企业业绩，提高个人能力的评价水平，这形成了企业家的隐性激励。最优的激励合约应是显性激励和隐性激励总和的最优化。[3]
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