作为一个合法的市场主体，一个由多个成员组成的组织系统，其内部要设置相应的组织机构，以保证组织的正常运行。前面已经谈到，农民专业合作社设有成员（代表）大会、理事长和理事会、执行监事以及监事会等组织机构。这些组织机构在合作社中分别承担不同的职责。
（一）成员（代表）大会
农民专业合作社实行成员大会制度，成员大会是最高权力机构，有权决定农民专业合作社的一切重大事项。成员大会以会议的形式行使权力，而不采取常设机构或者日常办公的方式。
1.成员（代表）大会的召开 成员（代表）大会每年至少召开一次，由理事长召集。有些情况下也可以召开临时大会，下列情况出现，需召开临时成员（代表）大会。
（1）百分之三十以上的成员提议。
（2）执行监事或者监事会提议。
（3）章程规定的其他情形。
2.成员大会参会人数及议事表决 农民专业合作社召开成员大会，其出席人数应当达到成员总数三分之二以上。而且其议事表决也是有规定的，对于一般事项，应当由本社成员表决权总数过半数通过；重大事项应当由本社成员表决权总数的三分之二以上通过。所谓重大事项主要指对合作社成员利益关系重大的事项，如章程修改、重大财产处置、对外投资、对外担保等。
3.成员大会的职权 《农民专业合作社法》第二十二条规定，成员大会行使下列职权：
（1）修改章程。随着农民专业合作社生产经营活动的开展，原来没有遇到的一些问题可能会出现，这时也许原来章程中没有约定好，于是就要涉及章程的修改。修改章程必须在成员大会召开期间才可进行，而且需要由本社成员表决权总数的三分之二以上成员通过。
（2）选举和罢免理事长、理事、执行监事或者监事会成员。理事会（理事长）、监事会（执行监事）分别是合作社的执行机关和监督机关，其任免权应当由成员大会行使。
（3）对重大财产处置、对外投资、对外担保以及生产经营中的其他重大事项是否开展进行表决。而且也必须由本社成员表决权总数的三分之二以上成员通过。
（4）批准年度业务报告、盈余分配方案、亏损处理方案。年度业务报告是对合作社年度生产经营情况进行的总结，对年度业务报告的审批结果体现了对理事会（理事长）、监事会（执行监事）一年工作的评价。盈余分配和亏损处理方案关系到所有成员获得的收益和承担的责任，成员大会有权利对其进行审批。经过审批，成员大会认为方案符合要求的则可予以批准，反之则不予批准。不予批准的，可以责成理事长或者理事会重新拟定有关方案。
（5）对合并、分立、解散、清算作出决议。合作社的合并、分立、解散关系到合作社的存续，关系到每个成员的切身利益，也属于重大事项。因此，这些决议也应当由本社成员表决权总数的三分之二以上通过。
（6）决定聘用经营管理人员和专业技术人员的数量、资格和任期。农民专业合作社是由全体成员共同管理的组织，成员大会有权决定合作社聘用管理人员和技术人员的相关事项。
（7）听取理事长或者理事会关于成员变动情况的报告。成员变动情况关系到合作社的规模、资产和成员获得收益和分担亏损等诸多因素，成员大会有必要及时了解成员增加或者减少的变动情况。
（8）章程规定的其他职权。除上述七项职权，章程对成员大会的职权还可以结合本社的实际情况作其他规定。
（二）理事长和理事会
理事长是农民专业合作社的法定代表人，是合作社的必设职位。而理事会可设可不设，要根据各个合作社的实际，由合作社自己确定是设立还是不设立。理事长、理事会分别具有相应的职权。
1.理事长的职权 作为理事长，可以由章程规定行使以下职权：
（1）主持成员大会，召集并主持理事会会议。
（2）签署本社成员出资证明。
（3）签署聘任或者解聘本社经理、财务会计人员和其他专业技术人员聘书。
（4）组织实施成员大会和理事会决议，检查决议实施情况。
（5）代表本社签订合同等。
（6）履行成员大会授予的其他职权。
2.理事会的职权 理事会的职权可以由章程规定，主要行使如下职权：
（1）组织召开成员大会并报告工作，执行成员大会决议。
（2）制订本社发展规划、年度业务经营计划、内部管理规章制度等，提交成员大会审议。
（3）制定年度财务预决算、盈余分配和亏损弥补等方案，提交成员大会审议。
（4）组织开展成员培训和各种协作活动。
（5）管理本社的资产和财务，保障本社的财产安全。
（6）接受、答复、处理执行监事或者监事会提出的有关质询和建议。
（7）决定成员入社、退社、继承、除名、奖励、处分等事项。
（8）决定聘任或者解聘本社经理、财务会计人员和其他专业技术人员。
（9）履行成员大会授予的其他职权。
（三）执行监事和监事会
无论是执行监事还是监事会，都是可设可不设的，现实中，大多数农民专业合作社都设有执行监事，对于成员众多、事务较多的合作社，才设监事会。
执行监事和监事会是承担监督职责的主体，其职权可以由章程约定，主要行使以下职权：
（1）监督理事会对成员大会决议和本社章程的执行情况。
（2）监督检查本社的生产经营业务情况，负责本社财务审核监察工作。
（3）监督理事长或者理事会成员和经理履行职责情况。
（4）向成员大会提出年度监察报告。
（5）向理事长或者理事会提出工作质询和改进工作的建议。
（6）提议召开临时成员大会。
（7）代表本社负责记录理事与本社发生业务交易时的业务交易量（额）情况。
（8）履行成员大会授予的其他职责。
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