1993年11月，党的十四届三中全会通过《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》（以下简称《决定》），明确提出建立以“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”为基本特征的现代企业制度作为我国国有企业改革的方向，国有企业改革进入社会主义市场经济微观主体制度框架的创新重构时期。1993年12月，《中华人民共和国公司法》颁布出台，标志着国有企业改革进入了建立“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的现代企业制度的新阶段，大大加快了国有企业规范的公司制改革。
1994年，100户不同类型的国有大中型企业开始进行建立现代企业制度的试点。随着试点的深入，本着《决定》提出的现代企业制度“产权清晰、权责明确、政企分开和科学管理”的要求，各地上千家国有企业参与了改革试点。在试点中，逐步建立了初步的现代企业制度框架，形成了基本的法人治理结构，大多数试点公司同时进行了公司制改造。
1997年，党的十五大报告明确指出，“公有制的实现形式可以而且应当多样化。一切反映社会化生产规律的经营方式和组织形式都可以大胆利用”。这表明，国有企业现代企业制度的改革突破了以前只进行公司制或股份制改革的限制，组织形式多样性的突破是对国有企业改革认识深化的结果，也为国有企业的改革提供了更为广阔的天地。
1999年，十五届四中全会提出，国有企业尤其是优势企业可以通过规范上市、合资等形式进行股份制改造，混合所有制经济的雏形形成。在国有企业进行改革的同时，民营经济也得到了迅速的发展。1995年的十四届五中全会对国有企业实施战略性改组提出了要求，要优化国有资产的分布结构，抓大放小，把小企业直接推向市场。山东、四川、黑龙江等多省市先行一步，在小企业改革上采取多种形式，取得了不错的效果。同时，部分民营企业也积极参与了国有企业改革，他们通过收购、承包等方式，将非公有制经济和公有制经济进行融合，促进了国有资产的优化，国有企业改制日渐盛行。
国有企业要建立现代企业制度，意味着政府不能直接控制和经营企业，但可以通过其代理人参与企业的经营决策，因此，政府对企业的干预将会越来越少，股东的意愿则可以通过企业制度得以体现。因此，这一阶段国有企业要建立现代企业制度，需要寻找多元投资主体，分散政府对企业的控制权。但在当时非国有主体资源的不足，直接导致大中型国有企业在改制中难以达到预期效果，也是此阶段国有企业解困难的主要原因。国有企业改革在本阶段进入了一个非常困难的时期。
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