农民专业合作社管理机制的核心是实行民主管理，理事会作为合作社的日常运行管理机构承担着重要作用。农民专业合作社理事会由章程载明的确定数量的理事组成，是合作社的业务执行机构，同时也是合作社的常设机构之一。对于合作社是否一定要设立理事会，农民专业合作社法并未作强制性规定，一般由合作社章程规定。如果合作社规模较小，成员人数很少，没有必要设立理事会的，由全体成员共同选举出一个理事长来负责合作社的经营管理工作即可。
1.理事会（理事长）的产生。理事会（理事长）是成员（代表）大会的执行机构，由成员（代表）大会从本社成员中选举产生，依照农民专业合作社法和本社章程的规定，行使职权，对成员（代表）大会负责。召开成员大会，出席人数应当达到成员总数三分之二以上，成员大会选举理事长、理事会成员应当由本社成员表决权总数过半数通过，如果章程对表决权数有较高规定的，从其规定。理事长、理事的资格条件等，由合作社章程规定。但是，合作社的理事长、理事不得兼任业务性质相同的其他合作社的理事长、理事、监事。另外，农民专业合作社法明确规定，不管合作社的规模大小、成员多少，也不管合作社有无理事会，都要设理事长，理事长为本社的法定代表人。
2.理事会的职权范围。农民专业合作社理事会行使的职权通常有：组织召开成员大会并报告工作，执行成员大会决议；制订本社发展规划、年度业务经营计划、内部管理规章制度等，提交成员大会审议；制订年度财务预决算、盈余分配和亏损弥补等方案，提交成员大会审议；组织开展成员培训和各种协作活动；管理本社的资产和财务，保障本社的财产安全；接受、答复、处理执行监事或者监事会提出的有关质询和建议；决定成员入社、退社、继承、除名、奖励、处分等事项；决定聘任或者解聘本社经理、财务会计人员和其他专业技术人员；履行成员大会授予的其他职权。
农民专业合作社的具体生产经营活动由理事会聘请的经理或理事会负责。合作社可以聘任经理，也可以不聘任经理；经理可以由本社成员担任，也可以从外面聘请。是否需要聘任经理，由合作社根据自身的经营规模和具体情况而定。农民专业合作社法第二十八条规定，农民专业合作社的理事长或者理事会可以按照成员大会的决定聘任经理。经理应当按照章程规定和理事长或者理事会授权，负责农民专业合作社的具体生产经营活动。因此，经理是合作社的雇员，在理事会的领导下工作，对理事会负责。经理由理事会决定聘任，也由其决定解聘。农民专业合作社的理事长或者理事可以兼任经理。理事长或者理事兼任经理的，也应当按照章程规定和理事长或者理事会授权履行经理的职责，负责合作社的具体生产经营活动。如果合作社不聘请经理，则由理事长或者理事会直接管理合作社的具体生产经营活动。
3.理事长、理事利用职务便利损害合作社利益的处理办法。根据农民专业合作社法第二十九条规定，农民专业合作社的理事长、理事和管理人员不得有下列损害合作社利益的行为：
（1）侵占、挪用或者私分本社资产。这是因为，理事长、理事和管理人员利用自己分管、负责或者办理某项业务的权力或职权所形成的便利条件，将合作社资产侵占、挪作他用或者私分，必然会造成合作社资产的流失或者影响合作社正常的经营活动。
（2）违反章程规定或者未经成员大会同意，将本社资金借贷给他人或者以本社资产为他人提供担保。这是因为，这种个人行为往往给合作社的生产经营带来风险。法律禁止此种行为是对理事长、理事和管理人员的强制性约束。
（3）接受他人与本社交易的佣金归为己有。法律作出此项禁止性规定，是因为理事长、理事和管理人员代表合作社出售农产品或购买生产资料等，是履行应尽的职责，因此接受他人支付的折扣、中介费用等佣金应当归合作社所有。
（4）从事损害本社经济利益的其他活动。法律作出此项禁止性规定，是因为合作社的理事长、理事和管理人员享有法律和合作社章程授予的参与管理合作社事务的职权，同时也对合作社负有忠实义务，在执行合作社的职务时，应当依照法律和合作社的章程行使职权，履行义务，维护合作社的利益。农民专业合作社法规定，理事长、理事和管理人员违反上述四项禁止性规定所得的收入，应当归本社所有；给本社造成损失的，应当承担赔偿责任；情节严重，构成犯罪的，还应当依法追究刑事责任。
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