农民专业合作社法对国家财政支持农民专业合作社提出了明确的政策规定。农民专业合作社法第八条明确规定，“国家通过财政支持、税收优惠和金融、科技、人才的扶持以及产业政策引导等措施，促进农民专业合作社的发展”；第五十条规定，“中央和地方财政应当分别安排资金，支持农民专业合作社开展信息、培训、农产品质量标准与认证、农业生产基础设施建设、市场营销和技术推广等服务。对民族地区、边远地区和贫困地区的农民专业合作社和生产国家与社会急需的重要农产品的农民专业合作社给予优先扶持。”
国家非常重视对农民专业合作社发展的财政支持，在资金投入、税收优惠等方面采取了一系列政策措施，不断加大对农民专业合作社发展的资金支持力度。从2003年开始，中央财政在预算中专门安排用于支持农民专业合作社发展的资金，支持各地区农业、林业、水利等各类农民专业合作组织发展，并逐年增加资金规模。2014年，各级财政扶持农民专业合作社的资金总规模超过85亿元。目前，对农民专业合作社的财政支持主要分为财政部门和农业部门两大块：
一、财政部门对农民专业合作社的扶持。
为提高农民进入市场的组织化程度和财政支农资金的有效性，2004年7月16日，印发了财政部《关于印发＜中央财政农民专业合作组织发展资金管理暂行办法＞的通知》（财农〔2004〕87号），要求各地财政部门要严格执行《财政农业专项资金管理规则》中的有关规定，实行项目管理、标准文本申报、专家评审、择优安排和监督检查等管理。
1.申请中央财政农民专业合作组织发展资金支持的农民专业合作组织应该符合下列条件：
（1）依据有关规定注册，具有符合“民办、民管、民享”原则的农民合作组织章程。
（2）有比较规范的财务管理制度，符合民主管理决策等规范要求。
（3）有比较健全的服务网络，能有效地为合作组织成员提供农业专业服务。
（4）合作组织成员原则上不少于100户，同时具有一定的产业基础。
2.中央财政农民专业合作组织发展资金重点支持的范围：
（1）引进新品种和推广新技术。
（2）雇请专家、技术人员提供管理和技术服务。
（3）对合作组织成员开展专业技术、管理培训和提供信息服务。
（4）组织标准化生产。
（5）农产品粗加工、整理、贮存和保鲜。
（6）获得认证、品牌培育、营销和行业维权等服务。
（7）改善服务手段和提高管理水平的其他服务。
3.农业专项资金的申报程序。
根据财政部《财政农业专项资金管理规则》的规定，农业专项资金的使用应实行项目管理。项目单位应根据财政部门或主管部门批复的项目预算，组织项目实施。农业专项资金的申报部门，是指申报项目所在地的财政部门或主管部门。申报部门应按照财政管理体制或财务关系，以正式文件逐级上报申报项目。农业专项资金的项目申请单位，即项目单位。项目申请单位应符合规定的资格或条件，提供本单位的组织形式、资产和财务状况，对农民收入、农业农村发展的贡献，以前实施农业项目的绩效等有关情况。
为保证项目申报文件的真实、科学和完整，项目申请单位应提交项目可行性研究报告。项目可行性研究报告可以委托专家或社会中介组织编写。接受委托编写项目可行性研究报告的社会中介组织应具备相应的资质条件。财政部门或主管部门应组织有关专家或委托专门的项目评审机构对上报的文件进行评审，出具评审报告。财政部门或主管部门依据项目评审报告，将符合规定的项目纳入项目库管理，择优选择。农业专项资金实行规范化分配，财政部门或主管部门依据专家或项目评审报告对项目资金进行分配。
二、农业部门对农民专业合作社的扶持。
农业部积极推动农民专业合作社示范社建设，以示范项目建设为载体，重点依托部、省、市、县四级工作平台，开展培育农民专业合作社示范社活动。根据当地优势产业或特色产业，结合不同产业发展情况，做大做强一批产业基础牢、经营规模大、质量安全优、品牌效益高、出口能力强、服务设施全、带动农户多、社会效果好的示范专业合作社。农民专业合作组织示范项目内容分为两部分。一是农民专业合作组织示范项目，每年培育100个左右全国农民专业合作社示范社，国家级示范社是从省级示范社中择优选择的；二是农民专业合作社示范社“以奖代补”试点项目。
1.申报扶持条件。
申请项目的农民专业合作组织需符合以下条件：
（1）经县级以上有关部门登记注册满1年以上。在当地县级工商行政主管部门依法登记，取得《农民专业合作社法人营业执照》的农民专业合作社优先考虑。
（2）成员人数100人以上，其中农民成员达到80%以上。所从事的产业应当符合农业部优势农产品区域布局规划和特色农产品区域布局规划，已经带动形成了当地主导产业，成员年纯收入比当地非成员农民年纯收入高出20%以上。
（3）运行机制合理。有规范的章程、健全的组织机构、完善的财务管理制度等；有独立的银行账户和会计账簿，建立了成员账户；可分配盈余按交易量（额）比例返还给成员的比例达到60%以上。工商登记为农民专业合作社的，组织运行应符合农民专业合作社法的有关规定。
（4）服务能力较强。与成员在市场信息、业务培训、技术指导和产品营销等方面具有稳定的服务关系，实现了统一农业投入品的采购和供应，统一生产质量安全标准和技术培训，统一品牌、包装和销售，统一产品和基地认证认定的“四统一”服务。获得无公害农产品、绿色食品、有机食品认证标志或地理标志认证，获得中国农业名牌等知名商标品牌称号，以及产品出口获得外汇收入的，予以优先考虑。
（5）申报农民专业合作社示范社“以奖代补”项目，除了具备以上基本条件外，还必须达到的标准是：取得《农民专业合作社法人营业执照》；获得省（自治区、直辖市）级示范社称号；主产品具有注册商标和知名品牌；执行统一的生产质量安全标准；获得无公害产品或地理标志以上认证以及省级以上名牌农产品证书、著名商标证书或博览会奖项等。
2.补助标准和资金使用方向。
对每个列为补助对象的农民专业合作组织和农民专业合作社示范社补助或奖励15万—25万元。为了保证示范项目补助资金集中使用，最大限度地发挥资金使用效益，示范项目申报单位应针对生产经营服务中最迫切需要解决的困难，在以下五项中选择1—2项作为补助资金的使用方向：
（1）发展生产改善基础设施建设。
（2）成员教育培训。
（3）组织实施农业标准化生产。
（4）开展农产品质量标准与认证。
（5）市场营销和农业技术推广。
3.申报材料。
申请项目的农民专业合作组织在按以上程序报送项目申报书的同时，须报送以下材料的复印件：
（1）合作组织章程。
（2）营业执照（注册登记证书）、组织机构代码证及工商登记机关登记在册的成员名单。
（3）管理制度（包括财务管理制度）。
（4）上一年度的资产负债表和收益分配表。
（5）产品注册商标证书，获得的名特优产品证书，无公害农产品、绿色食品、有机食品或相应生产基地认证证书，地理标志认证证书，中国农业名牌等知名商标品牌证书，执行的生产质量安全标准文本，获得的省、市级示范专业合作组织（合作社）表彰的相关文件等。
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