张元济在与商务印书馆之间的业务往来中，与夏瑞芳相识，夏瑞芳经常向张元济虚心求教编译日文书等事宜。1901年，商务印书馆改组为有限公司，夏瑞芳邀请张元济入股，张元济欣然应允。伴随着新教育的兴起，商务印书馆编译所于1902年下半年开始筹建。“君（按：夏瑞芳）以为国民教育，宜先小学，而教科书为尤亟。乃于印刷所外，兼设编译所。”[18]1903年正月，张元济因厌恶南洋公学中严重的官场习气，辞去译书院院长的职务，接受了夏瑞芳的聘请，开始主持商务印书馆编译所。王云五在《商务印书馆与新教育年谱》如是描述：“自是厥后，商务印书馆始一改面目，由以印刷业为主者，进而为出版事业。其成为我国历史最长之大出版家，实始于张君之加入。”[19]张元济带领商务印书馆以优良的教科书在激烈竞争的出版业中位居群雄之首。
1.推出三大套具有划时代意义的现代教科书
张元济进入商务印书馆之后，与夏瑞芳相约“吾辈当以扶助教育为己任”[20]，邀请蒋维乔、高梦旦、杜亚泉等加入编译所，以学制变更为契机，大举编撰出版“最新教科书”系列，该系列成为中国第一套现代意义教科书。这套教科书从1903年开始出版，是第一套按照现代学制而编辑（译）出版，第一套配套有教授法，第一套附有彩色插图，第一套每册都印有英文书名的教科书……“实开中国学校用书之新纪录”，[21]影响极大。如1904年4月8日（光绪三十年岁次甲辰二月二十三日）《最新国文教科书（初等小学堂用）》第一册一经出版便势不可当，“不及两周，便销出五千余册，未及数月，行销十余万册”[22]。蒋维乔在《编辑小学教科书之回忆（1897—1905年）》写道：“一、此书既出，其他书局之儿童读本，即渐渐不复流行。二、在白话教科书未提倡之前，凡各书局所编之教科书及学部国定之教科书，大率皆模仿此书之体裁，故在彼一时期，能完成教科书之使命者，舍《最新》外，固罔有能当之无愧者也。”[23]张元济在给好友汪康年的信中说：“弟近为商务印书馆编纂小学教科书，颇自谓可尽我国民义务。平心思之，视浮沉郎署，终日作纸上空谈者，不可谓不高出一层也。”[24]1907年夏，“最新教科书”就已出版初等小学堂用教科书16种54册、高等小学堂用教科书19种41册、中学堂用教科书40种54册。[25]“最新教科书”奠定了商务印书馆在中国现代教科书发展进程中的领先与权威地位。
1912年初，在革故鼎新的重大历史转折时期，商务印书馆最初虽然略显被动，但张元济带领商务诸君迅速推出全新的“共和国教科书”，这是继“最新教科书”之后第二套最完善的教科书。这套教科书真正实现了“格致”到“科学”的转变，具有思想解放意义，全新界定了“人”的基本属性，强调“公民”作为现代人的身份意识；积极展现了“共和国”的乌托邦憧憬，诠释出知识分子的政治关怀。[26]同时，“共和国教科书”创造了中国百年历史上版次最多的出版神话，如《共和国教科书新国文（初等小学春季始业）》第2册1926年7月2358版，而《共和国教科书公民须知（国民学校修身科学生用）》于1917年1月初版，到同年10月就已经第45版了。1916年4月，商务印书馆已出版初等小学（国民学校）教科书及教授书20种140册（含挂图24幅）。[27]1915年4月，已出版高等小学教科书及教授书25种118册。[28]1925年7月，已出版中等教育适用教科书及参考书36种53册，[29]为了既适应新学制秋季始业的规定，又照顾老学校一时难以放弃旧学制春季始业的做法，还将修身、国文、算术、图画、唱歌、体操6种教科书分编为春季始业和秋季始业。“共和国教科书”开风气之先，为现代教科书及现代社会发展奠定了一个全新的基础。
伴随着1922年新学制改革，商务印书馆推出了新学制教科书共计三大类166种527册：第一大类别是依据《新学制课程标准纲要》编撰的“新学制适用教科书”，小学既有初（高）级小学用也有新法后期小学用教科书，初中部分既有“混合编辑”教科书也有“分科编辑”的“现代教科书”。第二大类是用“文言文”编辑的“新撰教科书”。第三大类是“适合新学制中等教育段课程，取材至现代为止”的“新著教科书”。这套教科书被商务印书馆称为“最完备的教科书”，达到了20世纪中国现代教科书编辑出版的最高峰。[30]全新的名称与编制展现出教科书的多样与完备，教科书围绕“儿童”及其生活展开凸显教育之人性意义，“问题”设计及探究引导建构儿童智能之发展，满足多种教学之需求……从《国文》到《国语》《作文》，从《修身》到《社会》《公民》，从《理科》到《自然》《常识》，从《体操》到《体育》，从《唱歌》到《音乐》，从《手工》到《公用艺术》，从《图画》到《形象艺术》《卫生》《社会问题》《人生地理》《人生哲学》《科学方法》《公民生物》《医学常识》《论理学》《心理学》……“新学制教科书”成为中国现代教科书发展成型的标志。
2.各级各类不同品种的教科书
20世纪初叶的中国风云突变，各种教育思潮竞相激荡，张元济带领商务印书馆在激烈的教科书市场竞争中为满足各级各类教育实践的需求，编撰出版大量各具特色的多样教科书。1903年开始编撰出版学堂用“问答书”及“新撰中学教科书”。1906年开始针对寒素子弟或学龄已大不及入学堂者而编撰出版“简易教科书”。1907年开始针对《最新教科书》材料太深的弊端编撰出版初等小学用“简明教科书”。1907年开始为适应女子教育发展需求编撰（译）出版女子中小学教科书（晚清民国时期唯一出版有中小学女子教科书的机构）。[31]1907年开始编撰出版“中学新教科书”。民国初年，以实用主义和自学辅导主义为代表的新教育思潮风行一时，为了解决国民普及教育实践中出现的问题，商务印书馆1913年开始推出“单级教科书”“民国新教科书”，1915年开始推出“实用教科书”“普通教科书”，1918年开始推出“实用主义教科书”等。在新文化运动的影响和普及教育呼声的直接推动下，商务印书馆1919年推出“新体教科书”，是中国第一套系统的白话教科书，教育部批语称此书“椎轮大辂，实开国语教科之声”[32]。1921年商务印书馆推出的《新法国语教科书》所有生字旁注国音字母并采用新式标点。此后，伴随着党化教育的确立与实施，商务印书馆1927年开始推出“新时代教科书”，1931年开始推出“基本教科书”。1932年1月29日遭遇日军轰炸之后，战火中成为废墟的商务印书馆在激愤中喊出“为国难而牺牲，为文化而奋斗”[33]的口号，利用劫后余存旧纸型，推出“复兴教科书”的计划。在抗日战争全面爆发后，国立编译馆开始推出“国定本教科书”，而商务印书馆一方面不断修订其他学科教科书，一方面在国定教科书发行中一直处于第一的位置。
3.亲自编撰与校订多种教科书
茅盾认为：“在中国新式出版事业中，张菊生确实是开辟草莱的人。他不但是最有远见、最有魄力的企业家，同时又是一个学贯中西、博古通今的人。”[34]在繁忙的工作中，张元济不仅与蒋维乔、高凤谦一起编纂了《最新高等小学国文教科书》8册，还按照康熙字典将部首依次编入《初等小学堂习字帖》第1—2册，并在版权页说明：“此范本由简而繁，最便儿童之用。初学者既经习熟，则部首之次序，偏旁之分合，庶了然胸中，异日检字查字典，自然不难，白纸红字，极便描写之用。”[35]此外，张元济参与了落款为“商务印书馆编译所”的教科书编撰出版，还校订《最新国文教科书（初等小学堂）》（1904年）、《最新国文教科书教授法（初等小学堂）》（1904年）、《最新笔算教科书教授法（初等小学堂）》（1904年）、《最新笔算教科书（初等小学堂）》（1904年）、《最新修身教科书（初等小学堂）》（1905年）、《最新地理教科书（高等小学堂）》（1905年）、《最新理科教科书（高等小学堂）》（1906年）、《最新中国历史教科书（高等小学堂）》（1906年）、《中国历史教科书（本朝史讲义）》3编（1909年）、《简明国文教科书（初等小学）》（1912年）、《共和国教科书新国文（初等小学）》（1912年，甲、乙两种）、《共和国教科书新国文（高等小学）》（1912年）、《共和国教科书新历史（高等小学）》（1912年）、《女子新国文》（1912年）、《简明中国地理教科书》、《（订正）女子国文教科书》8册（1912年）、《共和国教科书修身要义（中学用）》上下卷（1913年）、《共和国教科书国文读本（中学校用）》4册（1913年）、《小学教科书历史课本（高年级）》4册（1923年）、《简明中国历史教科书》（1927年订正33版）等。张元济在工作中严于律己，包天笑在《钏影楼回忆录》中就曾记载1912年前后张元济在编译所的工作情形，并称其像一个学校里的课堂：“这个编译所规模可大了，一大间屋子，可能有四五十人吧？远不同我从前所游历过的那些编译所。每人一张写字台，总编辑的那张写字台特别大，有一个供参考用的书库。既不像叶浩吾那个‘启秀编译所’的杂乱无章，又不同蒋观云那个‘珠树园译书处’的闭户著书的形式。虽然这个大厦聚集许多人，却是鸦雀无声，大有肃穆的气象……张菊生似一位老师，端坐在那里，披阅文稿，也难得开口；编译员似许多学生，埋头写作，寂静无哗，真比了课堂，还要严肃。”[36]
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