（1）内部审计机构的相对独立性。
内部审计机构是单位内设机构，在本单位负责人的领导下开展工作，为本单位实现经营目标服务。因此，内部审计的独立性不如外部审计，在审计过程中，不可避免地受本单位的利益限制。内部审计的组织形式也反映出其独立性的弱化：有的单位把审计机构设在财会部门中；有的单位把审计机构和监察部门合并在一起；有的单位由分管钱财物资及账目的人员兼任审计岗位；有的单位领导既领导财会工作，又领导审计工作。因此，企业的内部审计很难站在客观、公允的立场上对企业的财务状况作出客观、公正的评价。特别是当面对领导参与或法人违规时，内部审计往往无能为力。在这种情况下，作为企业的内部审计部门，如若服从于领导意志，不能对企业的财务状况进行有效监控，不能作出真实、客观的评价，而出具虚假审计报告，就会埋下巨大的隐患。独立性是审计工作的灵魂。不能有效保证审计机构和人员在组织上的独立性及其在业务工作中的自主性和权威性，就不能保证审计质量和规避审计风险。
（2）内部审计对象和内容的复杂性。
随着国有企业改制、重组，内部审计的对象和内容也日益复杂；审计对象逐步发展为企业集团、股份公司和连锁经营店，企业内部机构层次增加，所进行的交易日趋复杂；被审单位与集团公司是母子公司或联营公司的关系，在兼并和收购、改制和改组、联合和剥离及分拆中，给内部审计带来了更多的困难，审计风险也随之增加。另一方面，内部审计的内容从传统的财务审计发展为效益审计、管理审计、经济责任审计、决策审计、风险审计、投资审计等，这对内部审计人员提出了更高的要求，审计人员作出正确结论的难度也就越大，审计风险随之增大。
（3）内部审计法规不健全，人员素质亟待提高。
内部审计法律依据不充分、不健全，或出现空白，使得内部审计人员在进行审计时，只有依据经验和知识进行分析判断，在某种程度上影响了审计结论的权威性，因而增大了审计风险。同时，目前我国内部审计人员整体水平不高，综合素质较低，识别风险、判断正误的能力较差；有些人员职业道德欠佳，不能经受各方面的诱惑；有些人员缺乏计算机审计技能，不能适应新形势的需要。这将给内部审计工作的质量、信誉带来负面影响，从而导致审计风险的出现。
（4）内部审计方法滞后，质量控制制度不完善。
我国内部审计方法仍以账项基础审计方法为主，主要审计目的是“查错防弊”，内部审计人员风险观念淡薄，审计风险控制因素考虑较少，更谈不上运用最新的以风险导向为核心的审计方法来防范和化解风险。内部审计中抽样技术虽已被广泛应用，但是内部审计人员在运用这一技术时，基本上全凭审计人员的主观标准和经验来确定样本规模和评价样本结果，这种判断抽样极易遗漏重要事项，形成审计风险。
同时，目前许多企业内部审计制度不完善，如审计机构缺少事前的审计计划、事中的审计程序和报告期的审计复核；审计工作底稿不完整，一般仅记录审计问题事项，而未记录审计人员认为正确的审计事项，使得审计复核、审计质量控制无从入手；审计报告以协调关系为出发点，以肯定工作成绩为基调，问题定性模棱两可。这都使内部审计质量得不到保证，更谈不上防范风险。
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