1996年8月，《国务院关于农村金融体制改革的决定》（以下简称《决定》）明确了农村金融体制改革的指导思想是建立和完善以合作金融为基础，商业性金融、政策性金融分工协作的农村金融体系。改革的重点之一是恢复农村信用合作社的合作性质。《决定》指出，农村信用合作社改革的核心是把信用社逐步改为由农民入股、由社员民主管理、主要为入股社员服务的合作金融组织，按合作制原则重新规范农村信用合作社。根据《决定》精神，中国农业银行不再领导管理农村信用社，对农村信用社的金融监管由中国人民银行承担，农村信用社县联社履行管理、指导、协调、服务基层农村信用社的职能，同时将建立农村信用社自律组织。从该年起，农村信用社改由中国人民银行进行监管，中国农业银行不再对农村信用社进行领导管理，强调要按合作制重新规范农村信用社，县以上不再专设农村信用社经营机构，要加强县联社建设并由其负责农村信用社业务的管理，基本改变了农村信用社“既是集体合作金融组织，又是国家银行基层机构”的组织管理体制，确立农村信用社变成由农民入股、由社员民主管理、主要为入股社员服务的唯一的农村合作金融组织，开始真正按照市场经济的原则进行制度安排。
2000年7月15日，国务院同意江苏省农村信用社改革试点方案；2000年8月，江苏省在全国率先进行农村信用社改革试点探索。
2003年6月27日，国务院就此方案下发《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》（国发［2003］15号），提出了按照“明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，国家适当扶持，地方政府负责”的改革总体要求，实行“国家宏观调控、加强监管，省级政府依法管理、落实责任，信用社自我约束、自担风险”的监督管理体制，共同推进农村信用社的改革，解决两大主要问题和四项支持政策。这两大主要问题为：一是改革农村信用社产权制度，确定不同的产权形式，以解决“谁出资、谁管理、出了问题谁负责”难题；二是改革农村信用社管理体制，明确规定由地方政府负责对农村信用社的管理（包括使农村信用社贷款投向符合国家政策要求、进行人事管理等），由国家监管机构（主要是银监会）依法实施监管，但在微观经营决策上由农村信用社自我约束、自担风险。
2003年底，获得国务院批准的8省（市）农村信用社改革试点实施方案，以国务院《深化农村信用社改革试点方案》为蓝图，主要从管理体制、产权改革、政策扶持、经营机制、支农服务5个方面进行了详细规划并提出了相应措施。2004年8月，国务院决定将深化农村信用社改革试点单位扩大到29个省区市。之后，各地相继启动了申报试点工作。
2004年8月16日，人民日报发表述评文章，总结了农村信用社改革试点一年来的成效。文章中写到，农村信用社改革在国务院下发《关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》的一年试点后，初步预计年底全国农村信用社将实现近10年来首次年度盈余。文章称，截至6月末：8省（市）农村信用社不良贷款比年初下降293亿元，实现经营利润14.4亿元，与上年同期相比增盈减亏18.5亿元；全国农村信用社各项存款余额26724亿元，比年初增加2715亿元；各项贷款余额19585亿元，比年初增加2592亿元；全国农村信用社农业贷款余额8615亿元，比去年同期多增加260亿元，其中农户贷款余额7011亿元，比去年同期多增加120亿元。文章称，据统计，2003年，全国农村信用社不良贷款余额和比例双下降，分别下降87亿元和7.5个百分点，比上年增盈减亏49.7亿元。2004年前6个月，不良贷款余额和比例又分别下降328亿元和5.3个百分点，2004年1～6月累计实现盈余12.4亿元，同比增盈减亏34.3亿元。
这一阶段的深化改革，使农村信用社得到了大的发展，但农村信用社的管理又由农业银行，交由省级政府负责，使具有相对独立利益的地方政府又渐渐加强了对农村信用社事实产权的控制，合作制性质也未较好地体现。
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