儒家的经书，经孔子整理流传的有六种，叫六经（亦称六艺）。《庄子·天运》说：“孔子谓老聃曰：‘丘治《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》六经，自以为久矣。’”《乐》汉初即亡佚，只剩五经，所以汉武帝时只立五经博士。《白虎通义·五经》说：“经，常也。”《说文解字》说：“经，织也。”段玉裁注曰：“织之从丝谓之经，必先有经而后有纬，是故三纲五常六艺谓之天地之常经。”
关于六经的教化，《礼记·经解》中说：“入其国，其教可知也：其为人也，温柔敦厚，《诗》教也；疏通知远，《书》教也；广博易良，《乐》教也；洁净精微，《易》教也；恭俭庄敬，《礼》教也；属辞比事，《春秋》教也。”《史记·太史公自序》代表了西汉早期对六经的看法：“《易》著天地阴阳四时五行，故长于变；《礼》经纪人伦，故长于行；《书》记先王之事，故长于政；《诗》记山川谿谷禽兽草木牝牡雌雄，故长于风；《乐》乐所以立，故长于和；《春秋》辨是非，故长于治人。是故礼以节人，乐以发和，书以道事，诗以达意，易以道化，春秋以道义。拨乱世反之正，莫近于春秋。”《汉书·艺文志》代表了东汉早期对六经的看法：“六艺之文：《乐》以和神，仁之表也；《诗》以正言，义之用也；《礼》以明体，明者著见，故无训也；《书》以广听，知之术也；《春秋》以断事，信之符也。五者，盖五常之道，相须而备，而《易》为之原。故曰：《易》不可见，则乾坤或几乎息矣，言与天地为终始也。”
（一）今文经学与古文经学的斗争
秦灭之后，汉初文籍散失，《汉书·艺文志》曰：“至秦患之，乃燔灭文章，以愚黔首。汉兴，改秦之败，大收篇籍，广开献书之路。”朝廷搜求六经旧典而不易得，于是就依赖于秦之博士口耳相传，并以通行之隶书记录下来，其经传后来被称作今文经。还有一种从地下或孔子家壁中出土的竹简古本经书，是用古文（先秦六国文字）写成，称古文经。据史籍记载，这类古本的发现有好几处，如：鲁恭王坏孔子宅，于壁中发掘出的《礼记》、《孝经》、《尚书》、《论语》、《周易》等；北平侯张苍所献《左传》；河间献王发掘的《周官》、《礼经》等；鲁三老所献《古孝经》；鲁淹中出土的《礼古经》……
这两种六经传本，由于篇幅多寡、章节次序、词句运用存在某些差异，造成师承授受的不同，后来形成了两个政治上互相对立的派别——今文经学和古文经学，二者各立师法，标榜门户。古文源于西汉中期，西汉后期开始流行，东汉与今文并立学官；今文源于西汉前期，盛行于西汉，西汉末演变为谶纬之学，东汉谶纬大行。今文经和古文经传本不同，对经文的解释以及对古代制度的说法亦多有不同。
今文经学家认为六经皆手定于孔子，有孔子然后有六经，六经体现了孔子托古改制的思想；以孔子为“素王”（具帝王之德而不在其位者），而以六经为致治之道，故偏重于阐发“微言大义”。古文经学家认为“六经皆史”，孔子之前就有六经，孔子只是删订了六经，为万世立法；以孔子为奉守先王之道的圣人，继承了尧舜之道，保存了文武周公的典章制度。今文经学兴起较早，将经学阴阳五行化，讲灾异祥瑞以劝谏帝王，后来流于谶纬；古文经学家则重于名物训诂，学风朴实，学术上提倡实事求是，政治上推崇上古三代的礼乐制度。
在六经排列次序上，今文经学以六经为教材，故按六经内容深浅排列，以《诗》、《书》、《礼》、《乐》为普通教育课程排前，而《易》、《春秋》为哲学、政治和社会思想所在，一般学生不易掌握，故列于后。古文经学则以“六经皆史”，故按其产生的时代先后排列：《易》最早为伏羲画卦，列第一，《书》中最早为《尧典》，故排第二，《诗经》最早为《商颂》，列为第三，《礼》、《乐》相传为周公所作，依次为四、五，《春秋》为鲁史官所编，经孔子整理，故置之于末。
从西汉末到东汉，今文学和古文学之间的论争，主要经过了四个回合：第一次是西汉末刘歆和太常博士的斗争。后来因王莽称制而古文经为尊，古文经学开始崛起并首次向今文经公开挑战，却以王莽的快速败亡而被取消。第二次是韩歆、陈元等与范升的论争，光武帝虽欲立古文经博士，却终于没能成功，但古文经学已势力大盛。第三次是贾逵与李育之争。今文学势力江河日下，章帝立古文博士，授官职于贾逵门生弟子，古文经学取得决定性胜利。第四次是东汉末年郑玄与何休之争，至此《公羊》之学已是夕阳西下，回天乏力。
从西汉末到东汉，古文学经过卫宏、郑众、杜林、贾逵、马融、许慎等古文学大师的大力倡导，终于压倒了今文学而占据优势。其中被誉为“五经无双”的许慎，是当时人们公认的古文学派大师，他所撰著的《说文解字》和《五经异议》，有力捍卫了古文经学的地位。马融地位尊崇，学识渊博，门下弟子数千，对古文经学的发展也起了很大的作用。
郑玄是东汉末又一位经学大师。他遍注群经，基本立场是古文经学，但注经时兼采今、古文经说法。从此集两汉今、古文经学于一身的“郑学”盛行于世。今、古文经学的对立暂告平息，经学上出现了统一局面。但这种统一使习经者拘守“郑学”一家之言，却又限制了经学的发展，经学生命日渐萎缩。东汉以后，与汉代经学相对立的玄学思潮以及佛教、道教的思想迅速发展，终于取经学而代之。东汉经学的没落，固然是经学本身支离烦琐、刻板教条的结果，也是以士族为代表的经学势力遭到皇权、宦官、外戚的镇压（具体表现为东汉末年的党锢之祸）的结果。
盛行于两汉的今文经学与古文经学，都对后世的政治和学术产生了深远的影响。东汉以后，今文经学衰落，到了清末，又重新抬头，康有为是其代表。古文经学盛于东汉，而六朝隋唐儒学的总体观点与其基本一致，直到宋代理学出现，古文经学暂告衰竭。到了清代，古文经学复兴，乾嘉之际是它的全盛期，章太炎是其殿军。
（二）谶纬之学的兴盛
谶纬之学是两汉时期一种把经学神学化的学说。“谶”是一种隐秘的预言，假托天神圣人，预决吉凶，告人以天命转移和圣王出现等政事。伪造谶言，原来是方士所长，汉以前燕、齐一带方士中就有造“谶语”者。秦始皇时，方士卢生入海求仙，带回《图录》一书，中有“亡秦者胡也”的谶语。“纬”是相对“经”而言的，纬书之作者往往为文化程度较高的儒生，纬书主要指以神学命定论为核心，融合今文经学，构建了象数宇宙生成图式，并附会以古代圣人神异传说的神学解经著作。《四库全书总目提要》云：“纬者，经之支流，衍及旁义……盖秦汉以来，去圣日远，儒者推阐论说，各自成书，与经原不相比附，如伏生《尚书大传》，董仲舒《春秋阴阳》，核其文体，即是纬书；特以显有主名，故不能托诸孔子。其他私相著述，渐杂以术数之言，即不知作者为谁，因附会以神其说，迨弥传弥失，又益以妖妄之词，遂与谶合二为一。”汉武帝以后，独尊儒术，经学地位提高，就有了依傍、比附经义的纬书。后来图谶、纬书逐渐合流，谶纬成了一切有关图谶、纬书、符应等内容的著述的总称。东汉之后，谶纬之学成为一股神学经学思潮。
汉武帝时，董仲舒第一次将儒家的价值观落实到现实政治的操作层面，其基本方案就是“屈民而伸君，屈君而伸天”。为了弥补“屈民而伸君”环节的偏失，董仲舒搬出了古老的天命神学来限制君权。他企图通过上天喜善罚恶的恐吓作用，来震慑专制君王，以迫使其服从社会的共同利益，达到“屈君而伸天”的目的。汉武帝所关注的问题可以分为社会政治和个体生命两个层面，这两个层面问题的解决，在董仲舒那里都有赖于天命意志。自然而然，这种倾向便导致了儒生方术化及方士儒学化的出现，方士化的儒生大量造作谶纬，谶纬之学自此泛滥。
东汉刘秀以图谶起兵，即位后，崇信谶纬，“宣布图谶于天下”（《后汉书·光武帝纪》），计有《河图》九篇，《洛书》六篇，还有托名伏羲到孔子演绎的三十篇。图谶在东汉时期地位显著提高，因为这是光武帝加强君主专制统治的一项重要措施。官方禁止私人制造、更改谶纬著述，垄断了谶纬颁布、阐释权力，使得天命解释权牢牢控制在君主掌中。由于汉光武帝的提倡，图谶成为消融今文经学最合适的工具，并最终成为东汉官方的意识形态。
东汉时期，谶纬号为“内学”，尊为“秘经”，凡经说上的分歧，甚至国家的礼乐制度，都要以谶纬决断，因而具有神学法典的性质。
谶纬内容甚为庞杂，有西汉今文经学解经的论述，有古代神话传说，有天文、地理及历法知识……但其核心则为神学。在谶纬中孔子就被认为是能知过去、未来的“神圣”，是“为汉治法”的神人。谶纬神学的理论基础是天人感应论。“天”即上帝，是最高的神，有意志、思想、感情，能赏能罚。天的意志通过阴阳五行的天象变化表现出来。从阴阳五行的天象变化，就能占验吉凶祸福，了解“天意”。天人感应论在谶纬中广泛应用，十分缜密而系统。谶纬诸篇中也保存着一些珍贵的古代科学史料。如《河图》说：“地恒动不止。”“阴阳相薄为雷。”《春秋·元命苞》说：“阴阳激为电。”谶纬之学大部分社会政治与哲学思想与今文经学是一致的。只是今文经学侧重于为儒学德治思想寻求天道的根据，根本目的在实现、加强道德教化；谶纬之学侧重于渲染神学命定论，根本目的在论证君权法统天命神授的绝对权威性。
（三）神学经学的权威——《白虎通义》
东汉章帝建初四年（公元79年），皇帝亲自主持和召集当时著名的博士、儒生在白虎观讨论五经之同异。这场大讨论的由来，是由于古文经学出现之后，在文字、思想、师说各方面都同今文经学派发生分歧，双方展开了激烈的斗争。自西汉武帝时占统治地位的今文经学派，为保住自己的地位，急需利用皇帝的权威制成定论，以压倒对方。而当谶纬之学盛行起来之后，由于统治者的支持和提倡，迅速弥漫于学术思想领域。为了巩固皇权统治的需要，汉章帝亲自出面，组织一场大讨论，以便使谶纬之学和儒家经典更好地结合起来，使神学经学化，经学神学化。
在白虎观，博士、儒生纷纷陈述见解，章帝亲自裁决其经义奏议，后由班固等人整理编撰成《白虎通义》，又称《白虎通》、《白虎通德论》。这部书是今文经学的政治学说提要，广泛解释了当时一切政治制度和道德观念，继承了《春秋繁露》“天人合一”、“天人感应”的神学目的论，并加以发挥，把自然秩序和社会秩序紧密结合起来，提出了完整的神学世界观，成为当时朝廷思想统治的经学权威。
《白虎通义》发扬《春秋繁露》类比的手法，将封建制度下君臣、父子、夫妇之义与天地星辰、阴阳五行等各种自然现象相比附，用以神化专制统治秩序和等级制度。它认为：“子顺父，妻顺夫，臣顺君，何法？法地顺天”（《白虎通义·天地》，以下只注篇名）。照它看来，君臣、父子、夫妇之间的关系，犹如天在上、地在下一样，是永远不能改变的。天之地位高，地之地位卑，就是君臣、父子、夫妇之间的尊卑等级关系神圣的理论依据。它还将太阳比做君主，月亮星辰比做臣民，用日月星辰的自然现象来论证和神化君主的权威。“君有众民，何法？法天有众星也”（《五行》）。《春秋繁露·阳尊阴卑》曾说：“君不名恶，臣不名善，善皆归于君，恶皆归于臣。”《白虎通义》对此进一步阐述道：“臣有功归于君，何法？法归月于日也”（《五行》）。月亮本身不发光，它的光源于太阳的照耀，照此而推论，“臣有功归于君”则是合情合理的。
《白虎通义》的认识论是依附于神学之上的。它所要认识的，不是客观事物及其规律，而是由“天”所决定的“道”，由圣人发现，与天有密切联系的“道”，就是“天不变，道亦不变”中的“道”，即专制统治秩序、伦理纲常。因此，宣扬维护统治者利益的“三纲”、“五常”、“六纪”是《白虎通义》的主要内容。文中说：“三纲者何谓也？谓君臣、父子、夫妇也。……故《含文嘉》曰：君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲。……人皆怀五常之性，有亲爱之心，是以纲纪为化，若罗网之有纪纲而万目张也”（《三纲六纪》）。从三纲出发，它进一步提出三纲之纪，即六纪：诸父、兄弟、族人、诸舅、师长、朋友。三纲六纪与自然法则是相通的：“三纲法天地人，六纪法六合。”具体而言：“君臣法天，取象日月屈信（伸），归功天也。父子法地，取象五行转相生也。夫妇法人，取象六合阴阳，有施化端也”（《三纲六纪》）。由于伦理纲常关系取诸天道和阴阳，因而它就是普遍而绝对的真理。君权、神权、族权、夫权束缚普通百姓的四条绳索亦以皇帝钦定的形式而成为“法典”，成为完整的束缚普通百姓的精神枷锁。在强调臣绝对服从君的前提之下，《白虎通义》在《五行》一篇中也提出臣对“无道之君”可以推翻的思想。当然，这一思想并未超出董仲舒的改制思想。
《白虎通义》进一步发展和引申了董仲舒的思想，用阴阳五行说为皇权至上的中央专制集权制服务。它特别突出和发挥了“土居中央”的观点，把土列为五行之首，其他的金木水火都依赖土而存在。“土在中央，中央者土，土主吐，含万物，土之为言吐也。”“木非土不生，火非土不荣，金非土不成，水非土不高”（《五行》）。这一解释将金、木、水、火、土明确划分出等级尊卑贵贱，并以此来比附社会，将专制等级制度合理化，从而神化君权，巩固皇权统治。
《白虎通义》问世以后，由于是由皇帝亲自审定的，因此产生了很大的社会政治影响。《白虎通义》内容包罗万象，在政治、思想、伦理、风俗、制度等各个方面，都为人们规定了行为规范。《白虎通义》融合今文经学、古文经学与谶纬之学于一体，企图统一经学，建立神学经学，并将其奉为永恒的真理，要人们习之、诵之，世代奉守，不许怀疑和批判，这对学术的更新、思想的解放无疑是一种致命的桎梏。经学一旦发展为神学，它的生命力也就接近枯竭了，可以说《白虎通义》是经学走向衰落的标志。
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