马克思在科伦筹办的新报，定名为《新莱茵报》，这既表明了与他原来主编过的《莱茵报》的区别，又表明了它们之间的联系。
白手起家地创办一份大型日报，谈何容易。资金的筹集是他们首先遇到的最大难题。为了解决这个问题，马克思和恩格斯四处奔波筹措。恩格斯甚至回到了故乡巴门向父亲开口要钱。这位工厂主对儿子所做的事情非常恼火，他声言宁可让恩格斯吃1000颗子弹，也不会送给他们1000塔勒。最后，马克思把父亲留给他的遗产余下的7000塔勒贡献出来，再加上恩格斯的生活费用和一些革命同情者的支持，报纸才得以出版。
《新莱茵报》于1848年6月1日创刊，在报头下标明：“民主派机关报”。实质上，《新莱茵报》并非德国某一民主派组织的机关报，它是代表着民主派中无产阶级观点的报纸，是共产主义者同盟的机关报。
《新莱茵报》的总编辑是马克思。他要拟定每天的编排计划，撰写社论，编审大部分稿件。既要同国内外的通讯员联系，又要同国内的进步报刊交往；既要同自由派报刊的诽谤作斗争，又要时刻对付反动当局的威胁和纠缠。恩格斯和其他几位共产主义者同盟盟员担任编委。恩格斯知识渊博、思维敏捷、文笔流畅，是马克思最得力的助手。
《新莱茵报》一经诞生，便以叱咤风云之势，很快成为革命年代德国最著名的报纸。而在这之前或之后，还没有一家德文报纸像《新莱茵报》那样有威力和有影响，。它时常一天出两次，总能以最快的速度把那些最新的消息传达给人民群众，鼓舞他们的斗志。它在将近一年的历程中，始终围绕自己明确的政治纲领，在指导无产阶级的革命斗争过程中发挥了重要的作用。
《新莱茵报》不仅将斗争的矛头指向公开的反动政府，而且指向隐藏的敌人—大资产阶级，指导着德国各地反对封建专制制度的斗争。报纸针对三月革命后人们对各级议会的幻想，及时揭穿了大资产阶级同国王进行的种种妥协活动，抨击了他们在各邦政府已经举起屠刀的时候，却把议会变成“清谈馆”。报纸用每天发生的大量事实，揭露反动势力为夺回他们在三月失去的阵地而施展的种种阴谋，提醒民主势力要提高警觉。
《新莱茵报》对各国革命运动也表示了极大的关注。1848年6月巴黎工人再次起义，马克思通过报纸向德国民众报道了巴黎的有关情况。六月起义失败后，马克思还专门写了《六月革命》一文。其开篇的第一句话是：“巴黎工人被敌人的优势力量镇压下去了，但是并没有向他们投降。工人被击溃了，但真正被打败的是他们的敌人。”①《马克思恩格斯全集》第5卷，人民出版社1958年版，第153页。马克思初步总结了法国革命几个月来所经历的过程，他指出，法国资产阶级以它的全部政策推动工人举行起义。而正当陷于绝望的工人行动起来的时候，资产阶级却用他们的鲜血洗涤了巴黎的街道。他以血的事实对资产阶级进行了无情的揭露。
《新莱茵报》还十分关心波兰、匈牙利人民的民族解放运动和意大利人民争取独立的斗争，给予他们有力的声援。
巴黎六月起义失败后，欧洲各国的反革命开始反扑。普鲁士也不甘落后。7月，科伦工人联合会的领导人被捕。马克思随即在《新莱茵报》上发表《逮捕》一文，揭露普鲁士反动政府镇压人民革命的阴谋。
《新莱茵报》“真正像手榴弹一样地打击敌人”，赢得了人民的信任。它在三个月内印数达到5000份，这是其他报纸可望而不可即的，也是德国封建势力和大资产阶级所不能容忍的。于是，迫害有一次降临到马克思头上。法院传讯了马克思、恩格斯和《新莱茵报》的发行负责人，随后编辑部也遭到搜查。科伦当局竟否认马克思的普鲁士公民权，企图驱逐他出境。
在处境如此险恶之时，马克思的斗志仍丝毫未减。他在以主要精力办报的同时，还始终积极地参加科伦工人联合会和民主协会的活动，并在其中发挥了重要的作用。他还动身前往柏林和维也纳开展工作。当时的大学生卡·叔尔茨回忆了自己在一次会上见到马克思的情景：“那时他才30岁，但他已经是公认的社会主义派的领袖了。他个子不高，体格结实，前额宽大，黑头发，大胡子，眼睛又黑又亮。他很引人注意。人们谈到他的专长时，说他是一位杰出的学者……马克思的言谈切实而有内容，清晰而合乎逻辑……我到现在都还记得他说到‘资产者'这个字时的尖刻讽刺的声调”。①苏共中央马克思列宁主义研究院编，胡尧之等译《回忆马克思恩格斯》，人民出版社1957年版第315页。马克思当时的战斗风采可略见一斑。
马克思卓越的政治活动和《新莱茵报》所做的大量革命宣传工作，对欧洲各国革命产生了极大影响，也使普鲁士和各国的反动势力深感不安，他们一计不成又生一计，想方设法地对马克思和《新莱茵报》进行打击陷害。9月26日，《新莱茵报》被反动政府勒令停刊。经过马克思、恩格斯等人的一再努力，经过民主进步人士的鼎力相助，《新莱茵报》才于10月12日复刊。在随后爆发的维也纳十月起义中，刚刚复刊的《新莱茵报》又发挥了重要的宣传和指导作用。
反动政府对《新莱茵报》怀恨在心，多次密谋要将其搞垮。1849年2月，他们再次将马克思、恩格斯和《新莱茵报》的发行负责人科尔夫推上法庭，强加的罪名是因发表《逮捕》一文而侮辱国家官吏。然而，令反动当局没有想到的是，他们“偷鸡不成反倒蚀把米”。马克思和恩格斯从容不迫地把法庭作为开展斗争和宣传革命理论的阵地，以敌人无法相比的才智和渊博的知识同他们展开了斗争。马克思无懈可击地剖析了起诉书，逐条批驳了起诉书中所依据的刑法典的条文。他的雄辩的发言促使陪审员只得宣判他们无罪。
反动当局岂能善罢甘休，第二天，马克思又因“煽动叛乱罪”，再次出庭受审。马克思在法庭上所作的长篇发言比第一天更为精彩，以至于深深地打动了陪审员，马克思再次被宣告无罪。不仅如此，首席陪审员甚至还代表陪审员对马克思富有教益的发言表示感谢。
反动当局迫害马克思的阴谋暂时未能得逞，但他们在暗中仍在策划新的阴谋。科伦要塞司令认为马克思是“莱茵省骚乱的主要祸根”，因而在庭审失败后建议驱逐马克思。这个建议虽经当局同意，但由于认为时机不成熟而没有马上实施。1849年4月和5月初，内务大臣又多次提出要把《新莱茵报》的编辑送上法庭。为此，有关方面竟制造了二三十次以《新莱茵报》编辑为被告的诉讼案，但都因检察机关心有余悸而未能成讼。
复刊后的《新莱茵报》愈战愈勇，恩格斯在后来的回忆中写到：“在整个德国，人们都因为我们在普鲁士的头等堡垒里敢于面对着八千驻军和岗哨做出这一切事情而感到惊讶；但编辑室内的8支步枪和250发子弹，以及排字工人头上戴着的红色雅各宾帽，使得我们的报馆在军官们眼中也成了一个不能用简单的奇袭来夺取的堡垒。”①《马克思恩格斯选集》第4卷，人民出版社1972年版，第184页。
1849年5月，普鲁士政府相继镇压了德累斯顿、爱北斐特的人民起义后，立即把矛头指向《新莱茵报》。马克思于5月16日收到限他24小时内离开普鲁士的驱逐令。《新莱茵报》的其他编辑也相继接到驱逐令和通缉令。反动当局终于按捺不住下手了。
这是一个悲壮的时刻。5月19日，《新莱茵报》在尚未度过一周岁生日之前，使用红色油墨印发了它的最后一号——第301号。从1848年6月1日创刊到1849年5月19日终刊，《新莱茵报》共出了301期，马克思、恩格斯在上面发表了350多篇文章。
编辑们在给读者的告别书中宣告：
“《新莱茵报》的编辑们在向你们告别的时候，对你们给予他们的同情表示感谢。无论何时何地，他们的最后一句话始终将是：工人阶级的解放。”②《马克思恩格斯全集》第6卷，人民出版社1961年版，第619页。
随后，马克思在处理报纸停刊的善后问题过程中，再次展现了崇高的自我牺牲精神。为了贴补报纸停刊后工人和编辑人员的生活，马克思将从订户处得到的收入和出卖快速印刷机的钱全部发给了排字工人、印刷工人、纸商、通讯员和编辑。由于钱不够，还另外借了300塔勒。这样做的结果是使他再次陷入经济上的绝境，以至于燕妮只得把刚刚赎回来的银制餐具再次当掉。
在《新莱茵报》最后一号刊出后，马克思便离开科伦。他在此后的一段日子里先后辗转于莱茵河畔的法兰克福、巴登、普法尔茨、宾根等德国西南部的一些地区，与恩格斯一起从事革命活动。
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