1986—1992年期间，在大九湖开挖深沟大渠，大面积开垦人工草场，兴建梅花鹿场和细毛羊场。1995年，政府通过招商引资，吸引外来商人斥资数百万元在大九湖圈地建设。2001年，政府聘请农业专家现场考察充分论证后，认为大九湖湿地自然气候适合推广种植高山反季节蔬菜，并通过招商引资建起万亩高山蔬菜基地。在蔬菜基地建设过程中，进一步开挖人工排水渠，扩大围湖造田面积。数次的开发活动在当时虽然提高了当地居民的生产生活水平，为当地经济增产增收起到积极作用，但同时也带来不良后果：使得湿地水面逐步缩小，各类珍稀植物生存环境遭到严重破坏，多类型沼泽湿地分布急剧萎缩，湿地功能退化的趋势加剧，生物多样性锐减。
2005年，成立大九湖国家湿地公园筹建工作小组，启动大九湖湿地保护与利用工作。2006年，湖北省政协向省政府提出加强对大九湖湿地的保护、恢复和利用的工作建议。2006年9月，大九湖经国家林业局批准建立国家湿地公园。2007年5月，中共中央政治局委员、湖北省委书记俞正声，省长罗清泉率领10多个省直部门的负责人就神农架大九湖湿地保护与利用问题进行实地考察调研，召开现场办公会，研究解决大九湖湿地保护和利用中存在的困难和问题。2008年5月，大九湖国家湿地公园管理局正式成立。从此，全面开展了湖区生态保护与恢复（涉水）工程建设。先后完成了11条生态暗坝及2个人工湖建设，恢复9个亚高山浅水湖泊，营造雨季333.33公顷枯水期200公顷的水面，对湿地内无草地面进行了草皮移植和绿化，退耕还林、还草、还泽333.33公顷，荒山造林266.67公顷。此一系列的举措，使得大九湖湿地生态系统的水源得到保障，各类水生植物群落在湿地环境得以改善之后分布范围增加40%以上。
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