随着汉朝土崩瓦解，三国时代到来，《汉书》的尊崇地位受到冲击，《史记》却因此毫无障碍地走进人们的视野，声誉日隆。
首先，在魏晋南北朝学者眼中，《史记》不再是“谤书”。《三国志·魏书·王肃传》有如下记载。
帝又问曰：“司马迁以受刑之故，内怀隐切，著《史记》非贬孝武，令人切齿。”对曰：“司马迁记事，不虚美，不隐恶。刘向、扬雄服其善叙事，有良史之才，谓之实录。汉武帝闻其述《史记》，取孝景及己本纪览之，于是大怒，削而投之。于今两纪有录无书。后遭李陵事，遂下迁蚕室。此为隐切在孝武，而不在于史迁也。”
魏明帝受到汉代人评价《史记》的影响，也认为司马迁“微文刺讥，贬损当世”，十分可恶。大臣王肃听了，立刻纠正他说：“司马迁写《史记》，不过是秉笔直书，并没有故意诋毁汉武帝的意思。倒是汉武帝小心眼儿，觉得《史记》里的《孝景本纪》和《孝武本纪》不合自己的胃口，就删削毁弃，致使《史记》残缺不全，后来又借李陵事件报复司马迁，害他身遭极刑。所以说，心怀怨恨的人是汉武帝，而不是司马迁。”王肃的解释不一定符合历史的真实，但至少，他为司马迁和《史记》翻案的态度是鲜明的。
稍后，南朝刘宋著名史学家裴松之为《三国志》作注时，也反驳了以《史记》为“谤书”的说法：“史迁纪传，博有奇功于世，而云王允谓孝武应早杀迁，此非识者之言。但迁为不隐孝武之失，直书其事耳，何谤之有乎？”裴松之同样认为，秉笔直书本来就是记录史实应当遵循的原则，司马迁没有隐讳汉武帝的过错，并无不妥，而以王允为代表的一些人说汉武帝应该杀掉司马迁，这种看法也太没见识了。
其次，东汉时期，官方有意推尊《汉书》、贬低《史记》，到魏晋时期，这种格局有所改变，甚至颠倒过来。譬如，西晋学者傅玄从人品上比较班固和司马迁说：“班固《汉书》，因父得成，遂没不言彪，殊异马迁也。”（《傅子》）《史记》是司马谈、司马迁父子共同完成的著作，这在《太史公自序》里是有所说明的；《汉书》也是班彪、班固父子两代人的心血，但班固在书中却对父亲的功劳只字不提。傅玄认为，仅凭这一点，班固就和司马迁存在很大差距，连做人都成问题，书又怎么能写好呢？
《晋书》卷六十则记载了另一位西晋学者张辅对班固和司马迁的评价：
迁之著述，辞约而事举，叙三千年事唯五十万言；班固叙二百年事乃八十万言，烦省不同，不如迁一也。良史述事，善足以奖劝，恶足以监诫，人道之常。中流小事，亦无取焉，而班皆书之，不如二也。毁贬晁错，伤忠臣之道，不如三也。迁既造创，固又因循，难易益不同矣。又迁为苏秦、张仪、范雎、蔡泽作传，逞辞流离，亦足以明其大才。故述辩士则辞藻华靡，叙实录则隐核名检，此所以迁称良史也。
张辅说，司马迁比班固强的地方有三处：第一，《史记》叙述三千年历史只用了五十万字，《汉书》叙述两百年历史却用了八十万字，可见《史记》精简，《汉书》啰唆。第二，一些无关于惩恶扬善的小事，司马迁不予记载，班固却都记下来，说明班固不如司马迁懂得取舍。第三，班固在《汉书》中诋毁西汉文景时期的政治家晁错，有伤忠臣之道，司马迁不会做这样的事。此外，司马迁作《史记》是首创，班固作《汉书》是因循，难易不同。司马迁又在《史记》中表现出高超的文采，所谓该平实的地方平实、该潇洒的地方潇洒，的确是良史之才。
这种褒扬司马迁、贬抑班固的思潮，自魏晋兴起，影响深远。到宋代，学者郑樵甚至在《通志·总叙》里直接说：
班固者，浮华之士也。全无学术，专事剽窃……如此人材，将何著述……自高祖至武帝凡六世之前，尽窃迁书，不以为惭；自昭帝至平帝凡六世，资于贾逵、刘歆，复不以为耻；况又有曹大家终篇，则固之自为书也几希，往往出固之胸中者，《古今人表》耳……迁之于固，如龙之于猪，奈何诸史弃迁而用固？
郑樵这个评价毫不留情，“迁之于固，如龙之于猪”的比喻也堪称经典。班固当初一定没有想到，千载之下，自己会遭到如此差评：“全无学术，专事剽窃”——汉高祖至汉武帝一段剽窃司马迁，汉昭帝至汉平帝一段剽窃贾逵、刘歆，还有一些是妹妹班昭的作品，班固自己原创的篇章实在很少，恐怕就只有《古今人表》吧。
《史记》地位抬升的另一个重要标志是注解它的著作不断涌现。从魏晋至隋唐，学者研究和注解《史记》蔚然成风，见于《隋书》及新旧《唐书》记载的就有十余家。这些注解作品中，流传至今的有三部，被称为“《史记》三家注”，分别是南朝刘宋裴骃的《史记集解》、唐代司马贞的《史记索隐》和唐代张守节的《史记正义》。
裴骃是裴松之的儿子，有着深厚的史学底蕴。他以汉晋时代的《史记》注说成果为基础，博采经、史、子诸书，对《史记》进行集注，所以叫作“集解”。裴骃的集解详于先秦而略于西汉，引用前人旧注，一律说明，严谨不苟。他遵守汉儒“注不破经、疏不破注”的旧例，对《史记》原文有疑问时，只客观征引其他学者的意见，自己并不妄下断语。司马贞的《史记索隐》则与裴骃《史记集解》的风格不同，他以裴骃《集解》为底本，既注释《史记》原文，又注释裴骃《集解》，打破“注不破经、疏不破注”的旧例，直接对《史记》原文中的疑问进行论断，并对裴骃《集解》予以驳正。司马贞还在《史记》每篇结尾撰写“索隐述赞”，表现出一定文学才华。张守节生活的时代稍晚于司马贞，他花费三十余年精力撰作《史记正义》，体例仿照《史记索隐》，既为《史记》原文作注释，又为《史记集解》和《史记索隐》作疏正。《史记正义》的特点是详于历史地理，凡《集解》《索隐》未注、或错注、或注而不详的地名，《正义》都做了补充和辨正。
日本影刊南宋建安黄善夫本《史记·扁鹊仓公列传》。黄善夫本《史记》是现存最早的“三家注”合刻本
“《史记》三家注”各有所长。《集解》长于旁征博引、校订文字；《索隐》长于探幽发微、辨正讹误；《正义》则长于历史地理。这三部书最初各自有单行本，到北宋年间才合刻在一起，并且依次分散到《史记》原文之下，成为《史记》“三家注本”。
注释作品的大量出现，说明《史记》已经成为人们心目中的经典。当然，以“三家注”为代表的学者主要是将《史记》奉为“史学经典”，事实上，在唐代，《史记》也同时成了一部“文学经典”。
唐代散文家韩愈、柳宗元积极倡导古文运动，反对六朝华而不实的骈俪文风，以《史记》为两汉古文的优秀范本，从而奠定了《史记》在中国文学史上的地位。在《柳宗元集》中，我们可以看到当时古文家对《史记》文学的高度赞赏。
参之穀梁氏以厉其气，参之《孟》《荀》以畅其支，参之《庄》《老》以肆其端，参之《国语》以博其趣，参之《离骚》以致其幽，参之太史公以著其洁，此吾所以旁推交通而以为之文也。（《答韦中立论师道书》）
大都文以行为本，在先诚其中。其外者当先读六经，次《论语》《孟轲书》皆经言；《左传》《国语》、庄周、屈原之辞，稍采取之；太史公甚峻洁，可以出入……（《报袁君陈秀才避师名书》）
退之所敬者，子长、子云。（《答韦珩示韩愈相推以文墨事书》）
韩愈画像
“退之”是韩愈的字。论两汉古文，柳宗元认为韩愈只服两个人——司马迁和扬雄。扬雄本来就是辞赋家，司马迁却没有刻意研究过文学，而在韩愈看来，他的文学成就只在扬雄之上、不在扬雄之下，可见推崇备至。那么，《史记》的文学究竟好在哪里呢？柳宗元用一个字概括，叫作“洁”；用两个字概括，叫作“峻洁”。也就是说，《史记》的文字干净、凝练、风骨卓然，简约而不简单。这是司马迁做文的风格，也是司马迁做人的境界。“文以行为本，在先诚其中”，文章以德行为本，德行以真诚为先。司马迁继承孔子《春秋》之志，秉笔直书，爱憎分明，非怀抱真诚者不能为之。也正因如此，《史记》才高山仰止，千古独步，成就了史学与文学的双重绝唱。
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